Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_00119 LG1 2932263 2935410 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 66
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, translation, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   located in   P-body, cytoplasmic stress granule, cytoplasmic stress granule, P-body, chloroplast
Molecular Function   enables   RNA binding, protein binding, protein binding, DNA-binding transcription factor activity, protein binding
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 2932434 intron_variant
A/C 2932448 intron_variant
T/A 2932810 intron_variant
G/T 2932819 intron_variant
C/T 2932941 5_prime_UTR_variant
T/A 2933036 synonymous_variant p.Ile29Ile
T/A 2933071 missense_variant p.Leu41Gln
G/T 2933280 missense_variant p.Ala111Ser
T/A 2933322 missense_variant p.Ser125Thr
A/G 2933329 missense_variant p.Glu127Gly
G/A 2933405 synonymous_variant p.Leu152Leu
C/A 2933411 synonymous_variant p.Val154Val
G/A 2933415 missense_variant p.Val156Met
A/G 2933421 missense_variant p.Asn158Asp
T/A 2933426 synonymous_variant p.Ser159Ser
G/T 2933427 missense_variant p.Val160Phe
G/A 2933448 missense_variant p.Val167Met
C/T 2933488 missense_variant p.Ala180Val
C/T 2933497 missense_variant p.Thr183Ile
C/G 2933582 synonymous_variant p.Pro211Pro
T/A 2933963 synonymous_variant p.Ser338Ser
A/T 2933967 missense_variant p.Ile340Phe
C/T 2933970 missense_variant p.Pro341Ser
C/G 2933977 missense_variant p.Pro343Arg
T/A 2934107 synonymous_variant p.Pro386Pro
A/T 2934251 missense_variant p.Gln434His
T/G 2934275 synonymous_variant p.Ser442Ser
A/G 2934428 synonymous_variant p.Leu493Leu
G/A 2934459 missense_variant p.Ala504Thr
G/A 2934579 missense_variant p.Val544Ile
T/C 2934611 synonymous_variant p.Ala554Ala
G/A 2934622 missense_variant p.Arg558Lys
G/A 2934627 missense_variant p.Ala560Thr
A/T 2934701 synonymous_variant p.Pro584Pro
T/A 2935234 3_prime_UTR_variant
C/T 2935241 3_prime_UTR_variant
G/A 2935354 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_00119.1
MCCVSKGKPSQMGLLMEDECAKEEMHHRISALLEFSAADDLIGFKDAVEKEAQDVDGVGLWYGRRAGSKKISYEERTPLMVAATFGSLDVSAYILGTGGVDVNRASRSDGATALHCAVAGGSAASVEVVKLLLDASADVSAVDADGNRPIDLIVSVANSVFSPRARVLQALLEGTCDAAADQTYFSLPQVIDQIEEQRQEMTTSRVSKDYPIDLSLPDIKNGIYGTDEFRMYTFKVKPCSRAYSHDWTECPFVHPGENARRRDPRKYHYSCVPCPEFRKGSCSKGDACEYAHGIFECWLHPAQYRTRLCKDESGCTRRVCFFAHKPEELRPLYASTGSAIPSPRSYSAGASALEMGSISPIALGSPSVLIPTSSTPPLTPSGASSPITGSIWSQSNASIPTLLLPKSRLKTASTARDIDLDFELLGLEAHRRRQQLMMDDMSGLSSPNWKNSMPNSPSFRVSMSDHIGELNRLSGVKPSNLDDSFGSLEQSILSKFHGISLDVAGPQLQSPTGIQMRSNMNQQLGGYSSGLSTSNMVGSRSFRVDPSAEGASVALNPRAAAFAKRSHSFIERSMVNHHSEVPSPKVSTFTNWGSPDGKLDWTINGDELNKLRKSASFGFRSSNSPLTKDSTKMPANVDDEPDVSWVNSLVKDAPPESGVEDQRKQCHNGTEAIPAWLEQMYLDQEQMVA*


CDS Sequence:
>Vu_00119.1
ATGTGCTGTGTTTCCAAGGGGAAACCTTCTCAAATGGGTCTACTGATGGAGGATGAGTGTGCAAAAGAAGAGATGCATCATAGAATTTCTGCTTTGCTTGAGTTTTCTGCTGCGGATGATCTAATTGGCTTCAAAGACGCGGTTGAAAAGGAGGCTCAGGATGTTGATGGGGTGGGGTTGTGGTATGGAAGGCGTGCTGGCTCAAAGAAAATTAGTTATGAAGAGAGGACTCCTCTCATGGTTGCTGCTACGTTTGGAAGCCTTGATGTGTCTGCTTATATTCTTGGCACGGGTGGTGTTGACGTTAACAGGGCCAGTAGGTCAGATGGGGCTACTGCTCTTCATTGTGCTGTTGCTGGGGGTTCTGCTGCTTCTGTTGAGGTTGTCAAGCTTTTGCTTGATGCATCTGCTGATGTTAGTGCTGTTGATGCTGATGGTAACAGGCCAATTGACTTGATTGTCTCTGTGGCTAATTCTGTCTTCAGTCCAAGGGCCAGGGTGCTACAGGCCCTCCTGGAGGGTACCTGTGATGCTGCTGCTGATCAGACATATTTCTCACTTCCTCAAGTGATTGACCAAATTGAGGAACAAAGGCAAGAAATGACCACATCTCGTGTTTCAAAAGATTATCCCATTGATCTCTCCCTTCCAGACATAAAGAATGGGATATATGGCACTGATGAGTTTAGGATGTATACATTCAAAGTGAAGCCTTGTTCCAGGGCCTATTCTCATGACTGGACCGAATGCCCCTTTGTTCATCCCGGGGAGAACGCTAGGCGACGTGATCCAAGGAAGTACCATTACAGCTGTGTCCCTTGTCCTGAGTTTAGGAAGGGATCTTGCAGCAAAGGGGATGCCTGTGAGTATGCTCATGGTATTTTTGAGTGCTGGCTTCACCCTGCCCAGTACCGGACAAGGCTCTGCAAGGATGAGAGTGGATGCACAAGGAGAGTTTGCTTCTTTGCACACAAGCCAGAGGAGCTTCGCCCCTTGTATGCTTCTACTGGTTCTGCTATTCCTTCTCCAAGGTCCTATTCTGCTGGTGCTTCTGCATTGGAGATGGGTTCAATTAGCCCAATTGCCCTTGGTTCTCCATCTGTCTTGATACCAACTTCCTCAACACCACCTTTGACTCCATCTGGAGCATCTTCTCCTATTACTGGTTCCATTTGGTCTCAATCTAATGCTTCGATCCCCACCCTGCTGCTGCCCAAAAGCAGATTGAAGACTGCTTCAACTGCAAGAGACATTGATTTGGATTTTGAACTGCTTGGACTTGAAGCTCATCGGCGTAGACAACAGCTGATGATGGATGACATGTCTGGTCTTTCCTCTCCTAACTGGAAAAACTCCATGCCTAATAGTCCATCTTTTCGTGTTTCTATGAGTGATCACATTGGGGAGTTAAACAGGCTTTCAGGGGTGAAGCCATCAAACCTTGATGATAGCTTTGGATCTCTTGAACAATCAATTTTATCTAAATTCCATGGAATCTCACTTGATGTTGCAGGACCTCAGTTACAATCTCCAACTGGAATCCAAATGCGTTCAAATATGAACCAGCAGCTGGGGGGCTATTCCTCGGGCCTTTCCACCTCAAACATGGTTGGATCAAGATCCTTCAGGGTTGATCCATCTGCTGAAGGAGCCTCGGTGGCTTTGAATCCAAGAGCTGCTGCTTTTGCTAAGCGTAGCCATAGCTTTATCGAGCGAAGCATGGTGAACCATCATTCTGAGGTTCCTTCTCCAAAGGTCTCTACTTTCACTAACTGGGGCTCACCTGATGGAAAACTTGATTGGACCATAAATGGAGATGAGCTGAATAAGCTGAGGAAATCTGCTTCCTTTGGGTTTCGAAGCAGCAACAGTCCTCTTACAAAGGATTCAACCAAAATGCCTGCAAATGTTGATGATGAGCCAGACGTGTCTTGGGTTAACTCACTCGTTAAGGATGCTCCACCAGAATCTGGAGTCGAAGATCAGCGAAAACAATGCCATAATGGAACAGAAGCAATTCCAGCGTGGTTGGAGCAAATGTACTTGGATCAGGAGCAAATGGTGGCATGA


Promoter Sequence:
>Vu_00119::LG1:2930263-2932263(+)
AAAGAAAATTTAATGAAATAATGGATTATTTTAAAAATCACATAATGAAATTGAATTTTTAGAAAAATTAGAAAAAAGACTTTAACCTTAAATAAATAATTTATTATATAATATTATGTAATTAAATATTAATTATTTTAATTTGTATTGTTAACTTTTTTTAGTTTAAACTGCATTAAAGTAATTAAACAATTTAAAAAGTAATACAATAACTAATTATATTTATAAAATATAAGTAATAATAATTAAAAGAAACAAACAAATGATAAAATATAAATAATAATAAATTAAATTATATATATATATATATATGGTTTGTTAATTTATATAACTTTTTAAAGTATATCTTAATTGATAAAAAAAAATTATTTATAAAAAAGTATATTTTAAATATATGATTATTTTAATAACTTTTACTTTTAATTTAAAATAAAAAAATAAAAAAAATAAAAAATTATTTTAACCTTAAAACTTAAAATTTATAATATATAAAAATATTTTTATTAACTAAAATTTAATACACTTTAAAAGGTTACTTAATAAACGCTTCTATATATTAAAAACTCACAGATAAATTATTTTAAAATATTTATAAAATAAAATATTAATCAAACTATCTTATAAATTACATAAATAAATTAATAACACTTTAAATTGATTTATTCTTCGTAAAAATATAATATTCGATGAACTTCGTCAGGTAGCTACGTCGTTTAAAAAATAATAAATAATTATAAATCTTGAGTTTATGAAAAAGTAAACAAAAAAGACTAACATGTACTGTTTTTATAAAAAAATAAGATGTTAGTGAACTTTTGAAAAATAGAAGTACAATTTTGAATAAATCTTATGAATCGAGGAACCAAAATAGATATTAAACCTTTTTTTATTCACTCATATAAATATTCACTATTATTTAAAAATAAATAAAGCTTTGTTTTTTTTTTACTTTTGTTTCTCTCTCCTCCTTCATTATTTATCTTTATCTTTTATTAATATTATTATAAAAGAACTTTAATTTTAGAAGAAATAGCATGACAGGTGGTTTCCTGTTGAGTTTCTAGATTTCATGAAATCAGATTATTTTGAACAAATCTACCACTCAAGATATATTAGATGACACTCATTTTCTTAAATTTAAGAAAAGTCTGTTTTTCTAAAGTGTTTCTTTAAAGCATAAATACTAATTTTTAAGTAAAGCAAAATCAATTTCAAGCATAATTTATTTTAGACATTATTAACTGAAATAAATAATTATAAAAATATAAATATTTGTTCTAAAACAAAACTGTGCACTAATTTTTTTTTAAAAAAAATATATGACATCATGAAGTGACAAAACTACTGCAAAAATAAAAGAAAATGGTTTAGAAAATTCTGGTAAGAAATTTCTATTGAAAATGTTTCAGTTTTTTATTTATTTGAAAAGTAATATAAGAAAAAGTAATTTACTTTTTACATGTTTTTGAAAAGTAAAAGTGGAAAAACTATTTTGTTTTATTTTTTAATGTTTAAAATAAAAATAATGATGCTTTGATAACATTTTTTAACAGCATTTTAATATTATCTAAATGTTATTAGTTTAAAATTATTTCACGATCAATAATAATAATCATAAACATTAATATGAATCAATAATAAAATGATACGTAAATAGTATTAAAATATTATTAAAATATATTGTAAAAGTATCATTATCTTTAAAATAAACGTTTACATAATTTGTTTTTGTTAGAAATATTCAAAGCAATCTCTTAAAATAATTAATATTTATTTATTTTCTTTCAAATTGTTTAAATGTTTAAGCCAGCACACCAAGATCATCTAAAAAGGTTTTTCTAGTAAATAAAAAGAGAAACTAATACAACCATAAATGAAGTAGCAAAGCAAGAAGAGGAACTGGTGACTGGTACTAAGCCAGGTGGGGTCCACTTTTTTGACCCAAATATTAAAGAGAAATAAAATAAATAAAAATAAGAACAAGGGTAGCAGAAAAGTCT


Gene Sequence:
>Vu_00119(+)
TTCCACTCTCTAAAAAGCTTTGCAAGTATTAAAGAGCAGGCACAAAACCAGAGTCTGCCTTCCTTGTTTTGTGTGTTTCTGTCTCCAGAGGTATGTTTTTCCTGTTCTTGTTCCTTCTCTTCTCATGTTCAGGCTGATGGGTCTTCGAGTTTCTGTTAAAAAATGAATCATTTCTAGTTTTTGAGACTACTGTGATTTTCCCTTGCTTGTCAAGAAAAATTCTGAAGATGGTGGGAGATTTTTTGCCTGAGAGGGATGATTGGTGGTGGAAATTCATGTGAACCATGTTAAAAATTTGTGTTTTTTTTTTGTTGTCTCTGACAAGGAAAAAAAAAGGACAGGTTGTACATGCCATTCTGTTTCTGTTTGCCAGGATTTCTCATTTTTGTTACCTGGATTGCGCTAATTTTTATAGCTGTTCCTACCTAATTGTAAAGTACTATCAATCTTTATCAATTTGATGTATGCCTGTTGTAAATAGCTTTCAAAGTCGTTTCTTGTCTCTCAAATTGGAGAGAATCTGCCTCTTAGTTTGCATTCATCTGTTTTTATTTTTGCTATCTTAGATTGAGTTTTCCGTGGCTTAAACTTGAATTTGTTTTCTGGTGCATAGCATGTTAAGCCTGTGTTTGTGCTGTGATTTTTCAGATTCTGCTGAGGTTTTAGGGGAATATATTACATAACTCCATGTGCTGTGTTTCCAAGGGGAAACCTTCTCAAATGGGTCTACTGATGGAGGATGAGTGTGCAAAAGAAGAGATGCATCATAGAATTTCTGCTTTGCTTGAGTTTTCTGCTGCGGATGATCTAATTGGCTTCAAAGACGCGGTTGAAAAGGAGGCTCAGGATGTTGATGGGGTGGGGTTGTGGTATGGAAGGCGTGCTGGCTCAAAGAAAATTAGTTATGAAGAGAGGACTCCTCTCATGGTTGCTGCTACGTTTGGAAGCCTTGATGTGTCTGCTTATATTCTTGGCACGGGTGGTGTTGACGTTAACAGGGCCAGTAGGTCAGATGGGGCTACTGCTCTTCATTGTGCTGTTGCTGGGGGTTCTGCTGCTTCTGTTGAGGTTGTCAAGCTTTTGCTTGATGCATCTGCTGATGTTAGTGCTGTTGATGCTGATGGTAACAGGCCAATTGACTTGATTGTCTCTGTGGCTAATTCTGTCTTCAGTCCAAGGGCCAGGGTGCTACAGGCCCTCCTGGAGGGTACCTGTGATGCTGCTGCTGATCAGACATATTTCTCACTTCCTCAAGTGATTGACCAAATTGAGGAACAAAGGCAAGAAATGACCACATCTCGTGTTTCAAAAGATTATCCCATTGATCTCTCCCTTCCAGACATAAAGAATGGGATATATGGCACTGATGAGTTTAGGATGTATACATTCAAAGTGAAGCCTTGTTCCAGGGCCTATTCTCATGACTGGACCGAATGCCCCTTTGTTCATCCCGGGGAGAACGCTAGGCGACGTGATCCAAGGAAGTACCATTACAGCTGTGTCCCTTGTCCTGAGTTTAGGAAGGGATCTTGCAGCAAAGGGGATGCCTGTGAGTATGCTCATGGTATTTTTGAGTGCTGGCTTCACCCTGCCCAGTACCGGACAAGGCTCTGCAAGGATGAGAGTGGATGCACAAGGAGAGTTTGCTTCTTTGCACACAAGCCAGAGGAGCTTCGCCCCTTGTATGCTTCTACTGGTTCTGCTATTCCTTCTCCAAGGTCCTATTCTGCTGGTGCTTCTGCATTGGAGATGGGTTCAATTAGCCCAATTGCCCTTGGTTCTCCATCTGTCTTGATACCAACTTCCTCAACACCACCTTTGACTCCATCTGGAGCATCTTCTCCTATTACTGGTTCCATTTGGTCTCAATCTAATGCTTCGATCCCCACCCTGCTGCTGCCCAAAAGCAGATTGAAGACTGCTTCAACTGCAAGAGACATTGATTTGGATTTTGAACTGCTTGGACTTGAAGCTCATCGGCGTAGACAACAGCTGATGATGGATGACATGTCTGGTCTTTCCTCTCCTAACTGGAAAAACTCCATGCCTAATAGTCCATCTTTTCGTGTTTCTATGAGTGATCACATTGGGGAGTTAAACAGGCTTTCAGGGGTGAAGCCATCAAACCTTGATGATAGCTTTGGATCTCTTGAACAATCAATTTTATCTAAATTCCATGGAATCTCACTTGATGTTGCAGGACCTCAGTTACAATCTCCAACTGGAATCCAAATGCGTTCAAATATGAACCAGCAGCTGGGGGGCTATTCCTCGGGCCTTTCCACCTCAAACATGGTTGGATCAAGATCCTTCAGGGTTGATCCATCTGCTGAAGGAGCCTCGGTGGCTTTGAATCCAAGAGCTGCTGCTTTTGCTAAGCGTAGCCATAGCTTTATCGAGCGAAGCATGGTGAACCATCATTCTGAGGTTCCTTCTCCAAAGGTCTCTACTTTCACTAACTGGGGCTCACCTGATGGAAAACTTGATTGGACCATAAATGGAGATGAGCTGAATAAGCTGAGGAAATCTGCTTCCTTTGGGTTTCGAAGCAGCAACAGTCCTCTTACAAAGGATTCAACCAAAATGCCTGCAAATGTTGATGATGAGCCAGACGTGTCTTGGGTTAACTCACTCGTTAAGGATGCTCCACCAGAATCTGGAGTCGAAGATCAGCGAAAACAATGCCATAATGGAACAGAAGCAATTCCAGCGTGGTTGGAGCAAATGTACTTGGATCAGGAGCAAATGGTGGCATGATTGAAATTCTCTTTCCCGTAGTAGCAGCTCCTTATTACAACTCAAAAGTTTATTTATTTAATGATTTGTTTTTTGAATTTTATAGAATTTACTTAGACGGTGACAATTTGCAAAAAGAACGGTGAAATGGTCTACCAAGGCTAGGATATAGAAAATGGGCAGGACGCAAGTTTGCTGCTTCAGTAACTACCCGTTACTGGGTTAATTGATTCCATTTTTTCCTGATCTCTTTTTCTTATATATGTTCCATTGAGTTGTATGTTGTAACTTTCCATTGACTGAATCACAACAATGTAGTGGGGGGGGATATAGTATTCAATATTATGAGACTGGAGATGTAATAATCTTATTTATGCCCATTCTAAATTTGCATATCTTGTATTCATGGCCT