Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_03212	LG1	44989308	45000406	PREDICTED: cyclin-dependent kinase E-1 isoform X1	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	protein phosphorylation, protein phosphorylation, protein phosphorylation
Cellular Component	is active in	nucleus, mediator complex
Cellular Component	located in	nucleus, nucleus
Molecular Function	enables	cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity, protein binding, RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity, cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity, kinase binding, RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity, protein binding, cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity, RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity
Pathway	B 09181 Protein families: metabolism	C 01001 Protein kinases [BR:ko01001]

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/C	44989369	5_prime_UTR_variant
G/T	44989376	5_prime_UTR_variant
T/A	44989488	missense_variant	p.Phe33Tyr
T/C	44989489	synonymous_variant	p.Phe33Phe
C/A	44989508	missense_variant	p.Pro40Thr
G/C	44989614	upstream_gene_variant
G/A	44989698	synonymous_variant	p.Glu77Glu
C/T	44989728	synonymous_variant	p.Ile87Ile
T/C	44989837	upstream_gene_variant
C/T	44990065	upstream_gene_variant
T/A	44990167	upstream_gene_variant
A/T	44990168	upstream_gene_variant
T/C	44990177	upstream_gene_variant
T/C	44990196	upstream_gene_variant
C/A	44990197	upstream_gene_variant
T/A	44990207	upstream_gene_variant
C/T	44990420	upstream_gene_variant
T/G	44990542	upstream_gene_variant
G/A	44990543	upstream_gene_variant
A/C	44990545	upstream_gene_variant
T/A	44990712	upstream_gene_variant
C/G	44990827	upstream_gene_variant
G/C	44990955	intron_variant
T/C	44990991	intron_variant
C/A	44991063	intron_variant
T/A	44991114	intron_variant
G/T	44991283	intron_variant
A/G	44991302	intron_variant
G/A	44991446	intron_variant
T/A	44991460	intron_variant
A/C	44992110	intron_variant
G/C	44992130	intron_variant
A/T	44992224	missense_variant	p.Lys249Met
T/C	44992499	intron_variant
C/T	44992547	intron_variant
T/A	44992890	intron_variant
A/G	44992970	intron_variant
T/C	44993090	intron_variant
A/G	44993222	intron_variant
A/C	44993240	intron_variant
G/T	44993265	intron_variant
C/A	44993288	intron_variant
G/C	44993290	intron_variant
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T/C	44993414	intron_variant
C/T	44993524	intron_variant
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C/A	44994170	intron_variant
G/T	44994350	missense_variant	p.Gly363Trp
T/A	44994388	intron_variant
A/G	44994397	intron_variant
G/T	44994423	intron_variant
A/G	44994528	intron_variant
G/T	44994703	intron_variant
A/G	44994740	intron_variant
A/G	44994759	intron_variant
C/T	44994877	intron_variant
A/G	44994948	intron_variant
A/C	44995188	intron_variant
T/C	44995190	intron_variant
A/T	44995191	intron_variant
G/A	44995225	intron_variant
G/A	44995294	intron_variant
A/T	44995649	intron_variant
A/G	44995661	intron_variant
T/C	44995808	intron_variant
A/G	44995946	intron_variant
C/T	44996064	intron_variant
T/A	44996165	intron_variant
A/T	44996191	intron_variant
T/C	44996402	intron_variant
A/C	44996521	intron_variant
T/A	44996533	intron_variant
T/A	44996637	intron_variant
A/T	44996700	intron_variant
C/T	44996701	intron_variant
G/A	44996925	intron_variant
A/C	44997017	intron_variant
C/A	44997250	intron_variant
C/T	44997309	intron_variant
G/A	44997321	intron_variant
G/A	44997329	intron_variant
A/G	44997486	intron_variant
A/G	44997547	intron_variant
A/G	44997597	intron_variant
A/G	44997609	intron_variant
T/C	44997630	intron_variant
C/A	44997708	intron_variant
T/C	44997710	intron_variant
A/T	44997828	intron_variant
T/A	44997933	intron_variant
C/A	44997942	intron_variant
C/T	44997999	intron_variant
A/G	44998016	intron_variant
G/A	44998086	intron_variant
C/T	44998099	intron_variant
G/T	44998439	intron_variant
A/G	44998668	intron_variant
T/A	44998769	intron_variant
T/C	44998771	intron_variant
T/G	44998779	intron_variant
A/G	44998780	intron_variant
T/G	44999037	intron_variant
G/A	44999276	intron_variant
A/G	44999566	intron_variant
A/T	44999570	intron_variant
G/A	44999642	intron_variant
A/G	44999681	intron_variant
T/G	44999689	intron_variant
T/A	44999714	intron_variant
T/C	44999855	intron_variant
T/C	44999950	intron_variant
A/G	44999988	3_prime_UTR_variant
G/A	45000051	3_prime_UTR_variant
A/T	45000053	3_prime_UTR_variant
G/A	45000057	3_prime_UTR_variant
A/G	45000320	3_prime_UTR_variant
T/A	45000356	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_03212.1

MGDGSGSRWSRAEWVQQYDLLGKIGEGTYGLVFLARTKTPSPSKSIAIKKFKQSKDGDGVSPTAIREIMLLREITHENVVKLVNVHINHADMSLYLAFDYAEHDLYEIIRHHRDKLNHSINQYTVKSLLWQLLNGLSYLHSNWMIHRDLKPSNILVMGEGEEHGVVKIADFGLARIYQAPLKPLSDNGVVVTIWYRAPELLLGAKHYTSAVDMWAVGCIFAELLTLKPLFQGAEVKATSNPFQLDQLDKIFKVLGHPTLEKWPSLASLPHWQQDVQHIQGHKYDNTGLYNVVHLSTKSPAYDLLSKMLEYDPRKRITAAQALEHEYFKIEPLPGRNALVPCQLGEKIVNYPTRPVDNTTDLEGTTNLPASQAVTAVSGSMPGAHGSNRSVPRPMNVVGMQRMPAQPMAAYNLTSQAAMGDGMNPGNISKQRGVPQGHPQQLRRKEQMGMPGYPSQQKSRRI*

CDS Sequence:
>Vu_03212.1

ATGGGTGACGGAAGTGGGAGCCGGTGGAGCAGGGCGGAGTGGGTGCAGCAGTACGATCTGTTAGGGAAAATCGGCGAAGGCACTTATGGCCTCGTTTTTCTTGCAAGAACCAAAACCCCCTCTCCCTCCAAATCCATAGCTATCAAGAAGTTCAAGCAGTCCAAGGACGGTGACGGGGTCTCCCCCACCGCCATCCGAGAAATCATGTTGTTGAGGGAGATTACGCACGAGAACGTCGTGAAGCTCGTCAATGTCCACATCAACCACGCCGACATGTCGCTCTACCTCGCCTTCGATTACGCCGAACATGATCTTTACGAAATTATTAGGCATCACAGAGACAAACTCAACCATTCTATTAATCAATACACGGTCAAGTCTTTGCTCTGGCAGTTGCTCAATGGATTAAGTTATCTGCACAGTAATTGGATGATACATCGAGATTTGAAGCCATCAAATATATTGGTTATGGGCGAAGGAGAGGAACATGGAGTTGTTAAGATTGCTGACTTTGGACTTGCAAGGATATATCAAGCTCCTCTGAAGCCGCTATCTGATAATGGGGTTGTTGTAACTATTTGGTATCGTGCACCAGAGTTGCTTCTTGGAGCAAAACATTATACCAGTGCTGTTGATATGTGGGCTGTGGGATGCATTTTTGCCGAGTTGTTGACCTTGAAGCCACTATTTCAAGGGGCAGAAGTCAAAGCTACATCAAATCCCTTTCAGCTTGACCAACTTGACAAGATATTTAAGGTTTTAGGCCATCCCACATTAGAGAAGTGGCCTTCGTTGGCAAGTCTTCCACATTGGCAACAGGACGTGCAACATATACAAGGACACAAATATGACAACACCGGTCTCTATAATGTTGTGCACCTATCTACAAAAAGTCCTGCATACGACCTCCTGTCAAAGATGCTTGAATATGATCCTCGGAAGCGTATAACAGCAGCACAAGCTTTGGAGCATGAGTATTTCAAAATCGAACCATTACCTGGACGGAATGCTCTTGTACCATGTCAACTTGGAGAGAAAATTGTAAATTATCCCACTCGTCCTGTGGACAACACAACTGATCTTGAAGGGACAACCAATCTGCCAGCTTCACAAGCGGTAACTGCAGTTTCTGGCAGCATGCCTGGTGCTCATGGATCTAATAGATCTGTTCCTCGGCCAATGAATGTGGTTGGAATGCAAAGAATGCCAGCTCAACCAATGGCGGCTTATAATCTCACATCTCAGGCAGCCATGGGAGACGGAATGAATCCTGGGAATATTTCAAAGCAAAGAGGTGTTCCACAGGGCCATCCGCAACAGTTGAGAAGGAAAGAGCAAATGGGGATGCCGGGATACCCTTCACAGCAGAAGTCAAGACGAATATAA

Promoter Sequence:
>Vu_03212::LG1:44987308-44989308(+)

GATTCTGATGTTATAGACTAGATGAAAGGTAAAAATCTGGATGAAATGGGTTTATGAGAAAGTTGAGTGAAGTATACTGGTTGTTAGGTAAGTTTCAAGGAAGTGGAGTAGTGAAATTTTGAATTAGGAGTTATAGGTTGTATTAGTAAGTTAGAATAGGTTAGATAGGTCAATTAGGACTTGCTTAAGTCCTTAAGTGGCAGAAAATAGTGCCAAAAGTGGTACAATGGGATTTGAGTCTCTAACTTGATATATTTGATGTTTTGAAGTAGCATTTGATCCATAAACACTATAGATTGAGGTTAGGAAGGTTTAGAATCACTTAGACAAGTCTAATTAGGTATATAATACAATTTAGGAGTGTTAGAAGTTGGGAAAAATATATAGAATTGGTAATTGGGGTCTGAGTTGCATAATTTTGGAGATTTTCGTTTTGCAGATTATGCAGACTCACTGTGCGAATAGATTCGCATAGCGAGTCACTCTGGCCAGATACCCTCTGCTAAGGGCATTCGTATAACGAATTGGTGCACTATGCGAATGACTTGAGAGGTTTGCTCTCTGCTTGGACATTCGCGCAACGAGTTGGGTCGTTGTGCGAATTATTGAGGAGGGTTGCTCTCTGTCTAATGATTCACATGGCGAATCAGGGCGCCATGCGCCTGGTTGGGGTCTGGGACTACTGCCAATTTTTATTCGAATAGCAAAAAAAGGGCGCACAACGAGTGAGTTGGGATGATTGATATCTGTCTAGGTTTTCGCATAGCGAACTAGGACGTTATGCGAGGAGTTGAGGTCTGGTACCTCTGCAAGTTAATTCGCACAGCGAGATAAGTCGCTATGCGAGAAACTCCTAGTTTCGCCTTGCGAATAAGATGCGCGGAGCGACAGGTCTGAGTTAGTCTACTCTTTATTTCTTTGTCTTGAGTTGAATTAAGTTAAGTGTTGTATGCATGGTGAAGTATGTTTGAGGGTATATGATATTATATAATTGAGTATTATTATGAGTAAATTTACAATTAAAAGTATGTGATTCAAAGTGGTGAATGTAAGTTTCAGTGTAGAATCTCTTGGTGAGATTTCATGTTGTTTAAAATGAATGCAAGAGCTCGTGAGGAGTAGTAGGAGGTCTTAGTCTTGGGGGCTTCCAGTATGCCTCAAGGCCCGGAACAGACTAACCTTGTGAGGGTGGTAGGGTGAAACTCATTGGCAATGACTTTGCAAAGCAATAGAGGCCACCACGAGTGCATGACCCGTCATAACTCGACAATCATTCTAAGTCCGGACGAGTTAAGTCTAGAATATAATATGCTAGGATGTGTGATTTAGTTACTTTGCTTGAATTATCTGGTGTATGTTATATGCTATTATAATGTGTGTTTTCTTGTGTATCTAGTTTACCCTTCTACTTGTGTTTGTATTTTGTATGTGTGGTGTTTTTCTTTTGCCATGATCATTCTATGGATGTGAGTAGAGGGAGATGAAGTGTCTCTGGAACAGACTTTGGAGGGAGATGATGTGACTTTCTAGTTTAGTTAGGCTGTCCATTGTATTTGTATAAGTTTTGAAATACTCCACTGTATATAAAGTTTTAAATTTTATAGACATTTTGAATGACTATAAAATTAACTCTTTATCTGTCAGTCTTTAACCGTTCTATAATATTATGACTACTATTTTATATAGTTTAAACTATATATTTTAGGATGTTACAATAACAAAATACAAAATTAATTTTATTTAATCAAATTTTGATACAGAGTAATTTATTTTTATTCTATAATTTATATATGTTTTATAGTTTAACTTTATTTATATATTATTTATTAAATTAAATTTTGAAATCCAAGACATACATCATTAAGAGAAATTGAATACTAAACAGGAGGAGTAATTATAAAACGGAAATTTGTTTTTGTCATAATAAGGGTAATTAAGATATTAAAAAAAAGTTTCGAAGTGCATAGATAAACTTTAATTGAAGGGAGAAGCGCCCGTGT

Gene Sequence:

>Vu_03212(+)

TATAAATAAACAGAAACCATATTGTGAAATTCGCTTTATCCCTTGCGATCGAACAAAGAGTATTCTTCGTCGTCGTCGTCGTCATGGGTGACGGAAGTGGGAGCCGGTGGAGCAGGGCGGAGTGGGTGCAGCAGTACGATCTGTTAGGGAAAATCGGCGAAGGCACTTATGGCCTCGTTTTTCTTGCAAGAACCAAAACCCCCTCTCCCTCCAAATCCATAGCTATCAAGAAGTTCAAGCAGTCCAAGGACGGTGACGGGGTCTCCCCCACCGCCATCCGAGAAATCATGGTATCACTTCTTTCCGGTCCCTTCACTTTCACTTTCACTTTCAATTTCTATTTCCTCTCATTCCTCTTTTCTTGCAGTTGTTGAGGGAGATTACGCACGAGAACGTCGTGAAGCTCGTCAATGTCCACATCAACCACGCCGACATGTCGCTCTACCTCGCCTTCGATTACGCCGAACATGATCTTTACGTCGGTATTCCGTTCCTTCGAGGGCGTTTTTCGCCCTTTTTTCTTCTTCATTGTGAAATAATAAATTGTGGTGTTAAACGTCGCAGGAAATTATTAGGCATCACAGAGACAAACTCAACCATTCTATTAATCAATACACGGTCAAGTCTTTGCTCTGGCAGTTGCTCAATGGATTAAGTTATCTGCACAGGTCCGAATTACTGAATTTTAAACATCACTCTTTTTCTTTTTTTCTTTCTTTATTTTTTTATACTTTTTTTAATAGACTTGGTATTTTTGCATTCCCCCTGTAGTAATTGGATGATACATCGAGATTTGAAGCCATCAAATATATTGGTATGGTTTTGGCTACCTCATTGCTGTTTGTACATTGACTACTTTTATTGCAATATATGTGTAGTTTTTTTTTTTCAAAAAAAAATTAACTTTGTTGCTCAAGTTTTGATCAGTGCATTGGCTTTTTTAGTTAAATGAACTTTCTTTGGTCAGGTTATGGGCGAAGGAGAGGAACATGGAGTTGTTAAGATTGCTGACTTTGGACTTGCAAGGATATATCAAGCTCCTCTGAAGCCGCTATCTGATAATGGGGTATGATTTGGGCCATGTCTAGAAATTTGGAGGCCTTTAGCATAATCTGTATTTGAGGCCTAGAATTGTTTAATATAATTGATTTTTTGCCATTTTATTTTTCTAACTTTTTTGAGCTGCTAAATTATTGATCGAAGTATTACATGGTCAAATATATTTGATATATTTTGCAATGTATTTAATCTTAGATAGGATTTAATTAACTTTAGTTCCTTATTTTACATGACCCCAACCACTTTAATTCCTTTACAAAATGTCATTCTCTTTAGTCCTTCTTCCAATGTAAAACCCTCATCCAAAATTTGTAATTCCTGTGAATCACATAAAAAACAGGTATTTATTCTAAAAGTTGTTGAAGTCGGTTCTCAATAGAGGAAATAAACTAACCTAATATGTATATGAAAGAACCAGAATTGAAAGAACCTTCTATTAAATGTGTGATCTGCTACACTTCTCACTAATAATTTAAATTAGGAATAAATGATTTTGTTGAAGCCTTAAATGATTGGTGACTGTAGACAACTGCCAGTTTAGTCTAAAAGCCTCATCTGGTCCGTGTATGTGAGTGCAAAACTCCTTTAGTATGACCATATGATGCATTTTTTCATTTTCATCCATATGTATTATATCTGATATTTCATTGGTGTATTTAAGAAATCTTTATCTGTATCTGCATGTGTACGCACATACATGCATGGTATTCTTTGGATTTATGAAACCAGAGCCGGACTAAGTATATATTATAGACAAATCATTGATTAAAAGGTGTTACTACCCCAGCTTTCTTCTACAAGCAGAATGATGGATATGTTGGTTTCAAGTTTACCTTCTTTTGCTGCCTATCGTGTGTTGGAATTACCATTAGGAGATAAAAAAAGGGCGTTTATACTTTCGTAGGCAGAAAAAGGAGAATGAAGACTCTCCTTTTATTGGCTGAGTGACCATTTGTGTTGGGTCCAACTTTTTACAAACACACCCTTAGTCTGCTGCTATCATTCTCTAGTGTTTTGTTTTCCCACACAAGGGTTGCCCAAATTGTCTGTTCTCTTCTGTTGTTCTCATTCATCAGCTTGTCATGTGTTTTGATTATCTGGTTTCCTGAATATAAGAGTTACTGACTTGCAGGTTGTTGTAACTATTTGGTATCGTGCACCAGAGTTGCTTCTTGGAGCAAAACATTATACCAGTGCTGTTGGTATCCCTTGAAGTTTTACTTTCTTTTAAAGTATAGGGTATCAAGTTAATATTTTTTTATATTTTCCTGCCAAGGAATTTCTGTGCTGTGCAATATCTAGCTTCAGTTGCATGTTTTGTGGTTCTGTTGTTGTCTCTAGTTTTACTTGAGATGCCCACTTCAATGAGTTATGATTTCACTGAATTGGTGATTTCCACAAGATTGAAATAATATTTACATTTTAATTTATCCTGTGGGTGTTTGGGGCTTATCACTATGGTATATGTAATCCAAAGTTAAACTTGTCCACAGTGTATATTAACTGAATGTCTGTAGCATTTTTCCTTGGGTGGGATAACATTTTTCCACTCTTCTAAAAATGGTCTGTATGCATTTTTCCTTAAATATACATTTAGATATGTGGGCTGTGGGATGCATTTTTGCCGAGTTGTTGACCTTGAAGCCACTATTTCAAGGGGCAGAAGTCAAAGCTACATCAAATCCCTTTCAGGTACTTGATGCAATAAGTTATAGCTTTCTGATTCTGTAGTTGAATACTGTGATAGAGATTTAGTTTTCTTTGGGTTTGTGTTGAAATATATATATTAGTGCCAGCTTTGCCTTTTTGGATTTTTCATAATTATTGTTCCACCTGTGCAGCTTGACCAACTTGACAAGATATTTAAGGTTTTAGGTAATTATCTGCATAATGTTTTTTATTTTCCCTGCTGGTGGACATTCATTCTGTTGATGAATATTCTAGAGCTATATCACAGGACATTGTTAATGTGCCAGGCCATCCCACATTAGAGAAGTGGCCTTCGTTGGCAAGTCTTCCACATTGGCAACAGGACGTGCAACATATACAAGGACACAAATAGTAAGATCTTTTGATATTATTGTTGGTGGTGCTGTCAATTTTCATTATTAATGTGATTATACACTTGTATGTAGGAAGGATATTTTCCTTTAATATGTAGTCCTTCTTTACTTACCCTTCATTCTTTAAATTTTAAAATTAAATTGATTTATTTCTACTGTGAAATTAATGGATTTTCATCTGTTTTTCATGGCTGTTAAGTGACAACACCGGTCTCTATAATGTTGTGCACCTATCTACAAAAAGTCCTGCATACGACCTCCTGTCAAAGATGCTTGAGTAAGTTTGTTCCTGGATTTAATTTTTTTTTATTGTTCTATGCCTACACAAAACATTAAAAATGATGTGTTTCACTTTCCATTTAATACAAATTTGGACCCTAGGTGTTGTACAATAACTTCTGTACATTTGTGATTTTAGCGCTCCCAAATAGTGATAGAGTGGATAAGTGAGCCAAAACATTTCTTTTCCTTACTGTGTGTTGATATGTAAAAAGTAGGCTTGAGGATTTTATTTCTTTTACTTGTAATTATATTAGTATCACATACCATATGAAGTCAGTTTTTTTTAGTGTTTTGAGTGTCTTTGTTTCCTTTTCCTTCGTCTTCCTAAAACTTCAGAGTTTCAACACAAAATTCCCTTTTTTAGTTTTCTTTTTAAGATGATGGGGGATATCATAAACCAACCATCCCCAATCCTTAAGTTTTATTTTACACTCTCCAAACAAGTCCTTTGGCTTTGAAGTGTGGGTCATGCACAAGTCAGCCTACCTTTATCTATGTTGGAGATTCTACATAGACTAGAGATAAGGTAGATTTTGCTTTATAGTATATAAGTGGATGGAAACCTCATCTTACAAACTGATTTTGTAAGGTTGAATCAGGCTTAAATATTTAGTCTCATGCTCGAGATGTGTATGCTTTGGCATGAGGAGGTGTGTAAGACTAGAAATAAGACAATTTTACAATATATAAGTAGGTGCAAACTTCATAAGGTGGTTTTATTGGGTTGAGTTAGATTTAAAGTTTACTTTTTAATAATCTAGTTTCAACTTTTTTACTTGTAAGTGTTGGAGTGACATTGCTTGGACTCTAGACTACTGGACCATTGATGCTCTAATAGTATGTTATAAACTGACTATTCAAAAAGCCTAAGCCTTACTATGAAGACACATTAGTGATTTTAAATTTAATATCAGTTTGTGGATTTATGTGCAGATATGATCCTCGGAAGCGTATAACAGCAGCACAAGCTTTGGAGCATGAGTAGGACTTTTTTCTTCTCCTTCTTTGTTCTTGTGTACATTATGTGTATCTAACCTTAAAAGTATGATTTTGCATTTATTTAGTTATTGGTTTTTCTTTTTACTGAAATTTTCACGTAGTTCTATCTTTATTTTTCCTTCTATTTCTTGATATGACTTACCGTGCACTGAAAATATGTTCTTGTGTACATCTTGTTGTATCAATATAATATAGTTAAGACTGCGTTGTGAATTTAGTTATATTAGTTACTTTTTGTAGTTCAGCTGTTATCTGACAAGCATCCCTATACTCTGTTTTGCCAGGTATTTCAAAATCGAACCATTACCTGGACGGAAGTGAGATTCTTTCTTACCCCTTTTGATTATTCTGGGTTGGCCTTTATTCTAAATTCAAAAAATAAAACCTGGTTGTACCATTCTCGATCCCTTTTACTATGTTAATTTTTTGTTGGAAGATTTATAAACAAAAATATTAATGCTGTTATTTTTTGTTTTTCATAAAATTGTAGTCCCTTTGAAGTCCATATTCCACCAATGTTTATCTTCTTTGACTGAACATTTCTATTAAATCATTATCAGTGCTCTTGTACCATGTCAACTTGGAGAGAAAATTGTA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