Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_03322	LG1	46063712	46068702	"PREDICTED: shikimate kinase 1, chloroplastic-like "	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	chorismate biosynthetic process, shikimate metabolic process, chorismate biosynthetic process, shikimate metabolic process, chorismate biosynthetic process
Cellular Component	is active in	chloroplast
Cellular Component	located in	chloroplast, chloroplast, chloroplast, chloroplast, chloroplast, chloroplast, chloroplast, chloroplast
Molecular Function	enables	shikimate kinase activity, shikimate kinase activity, shikimate kinase activity, shikimate kinase activity, shikimate kinase activity, shikimate kinase activity
Pathway	B 09105 Amino acid metabolism	"C 00400 Phenylalanine

SNP	Position	Effect
T/C	46064270	intron_variant
C/A	46064542	intron_variant
A/T	46064544	intron_variant
T/A	46064555	intron_variant
A/G	46064556	intron_variant
A/T	46065426	upstream_gene_variant
T/C	46065610	upstream_gene_variant
T/A	46065706	upstream_gene_variant
A/T,*	46066389	upstream_gene_variant
T/C,*	46066396	upstream_gene_variant
G/A	46067402	upstream_gene_variant
G/A	46067573	upstream_gene_variant
T/C	46067582	upstream_gene_variant
G/A	46067659	upstream_gene_variant
T/A	46068521	splice_region_variant&intron_variant
C/T	46068526	upstream_gene_variant
C/G	46068532	upstream_gene_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_03322.1

MDVKAARGLQLSAVVQHEKIGRRPRAGRLGMSPEPQRIRLFVSTRLSSTVTRRRTTSLEVSSSYDNVSASILESGHVRSPLDEELILKNRSQEIQPYLNGRCIYLVGMMGSGKTTVGKIMSQVLGYSFCDSDTLVEEEVGGNSVADIFKHHGEPFFRNKETEVLRKLSLMRQLVISTGGGAVIRPINWKYMHKGVSVWLDVPVEALARRIAAVGTNSRPLLHYEAGDPYSRAFMRLSAIFEERGESYANANARVSLKSIAIKLGKRDVSELSPTDIAIEALDQIDNFLKGEGDSYAEC*

CDS Sequence:
>Vu_03322.1

Promoter Sequence:
>Vu_03322::LG1:46061712-46063712(+)

AACTAAATAATTTTTTTTATTGTAAACTATATACACGTATGTATGTATATATGTTTAAAAACGTATACATGTAAATCAACCGTTGATATGATTTAAAGAATAACTTGACGCTTTATCCTTCATGAACGCGAATAAAAAATTTAAAACAAAAATTATAAAAAGGAGTATTAAACACCATGGGATAGTATTGAGCAATAAAAAAAATCATTTAAAACATAAAGTTTTTATTATTTATTTGTTTGAAAGAAACGAATTGAAGTCTGCAACACAAGACACGAGATTCTATTTAGTACTCGCTCCCATCTACCAACTACTCAGACATGTTAGGTGAACACGCACCACTCTTTGCCATCACATCACATTTCCATTATTTTATTTTATTTTTCATAACAATAGATAATAATAAAAACAATAAAATATATATTTTTCAACACAACCATTTTTAAACAATAATTTAAACAACGTTTGTATAAAGTTTTGCAGAACGTGTTCTAATAATAAATTATAATTTCTTAATTAAAAACGTTTTTAGACTTAAGCCAGATAATATTTAGCTTAAAAATGCTTTTATAACAAGCAACAACATTTATTCAAACGAGAATTTTCCTGTCATTATTATCATCATTTTATTTGACAACTACCACTCTTTTCATTAGTTTCAATCTCTAAACTGTATTTGAAATTTTTCTTATAAATAAGTAAAAAAGATTAGTTGCTATAATTGTATCAATTATATATTTTTAATCCTATACTAAAAACTTGTCCCTCTTAGTTGGTATAGTACTGTTTTAATGTTCTTAGTTTATTTTTTAATTTCTTAACTCTTGATATTTAAATTTACGAATACTATTATAGTTTAAATATATTATTAAAAGTAAAAGAATATATTATTTTTAAATACAAAAACTACAAAACAAAGTAAGTATGTTAAACAATTATTACCAATAATAATATAATTAAAGAAAATAAAAAAATGTAAATTCATAATAATACCTAACATTCCTTTATTTGGAAACTAGTATTACTAATAAATAATTAAATCAAATAGAAAAAAAGGCGAAATGTATTTTGTCATATGTGACTCTGAAAAAGACACGTGTGTATATTGCTGCACCAAACCAAACACGAATCCACCTACCCATCCATCGTTATTGAAAAGGGAAAAATTGTTTAATTAATGTGTTCGAACTTTTTATATCACTTACATTAAAAATAAATAAAATCCTTGTAAATTCAATTTATAATTAAATAAATAACGGTCAAGTAAATCAGAAGACAATATGAAATTAAAAAAAAAAAAAACTCAATCACAAAATAGTTAAGATAAAATAAAAAGAGAAGAAAACACTTGACGGTCGTACTAATACCATTTTCTAACGAAGAAGTTTTCTGACTCATTCAACCAAAATACACATAATAAAGCTTTGTAATTATGAATAAATTATATATATACACATTAAGATTATGATTATTTATCCATCCACATTATATGTATGTTAACTATATAATAATTGTTATCTTTAAATTCGTATTATATCTGACTTTATGTTTAATTGATGTTTAAATCTTGAATTTCACTAATGAAGAGCGAGAAAATAGTTCTTTAAACAATAAAATAATTCTATAATCATTGATTAAAAAATATGATAAACTTATTGATTTAAAGAGAATGTGAGGGTATTATGCAAAAAGAAAAAGAATGTGAAATAAAAGCATTTCAGTCCACAATAATCCATTTTCCCACGCTGACTCACGTCATTCCATTTTATTATAATTATAAATTAATATTACACTTATTATAATTATAAATTAATATTACACTTATTATAATTATAAATTAATATTACACTCAGCCTCCATTCCAATTAGACTCTATTGTTCCATTTTCTCTCTCTCTTTCTCTGCACCTTCTTCTTCTCCTTCACTTCCTCTGGATTTTGGTTCCGTCGTTTCGGTTATCTTGCATCGTAATCGAGGGGAAAACTGTGTCGTTTCAGCAA

Gene Sequence:

>Vu_03322(+)

ATGGACGTGAAAGCTGCACGTGGGTTACAACTTTCAGCGGTTGTTCAGCATGAAAAGATTGGGAGAAGACCCAGAGCTGGTCGTTTGGGTATGTCTCCAGAACCGCAGAGGATTCGGCTTTTTGTTTCCACCAGGTTGTCTTCAACCGTGACACGCCGCAGAACAACCTCTCTGGAGGTTTCTTCTTCTTACGACAACGTTTCAGGTTGCCTATTAAACCGATCACCTCTTCATGATTTTTCCTTTTTAATTCTATTGGATTGCGCTATTGCTGCATTCCACTCGCTTTTGTTCTTGAATTGAAGGGTTGTTTCTCTCTCTCTTAAAAAATTGCTGAAAGGAATGTTGAAAAGAAGGATTAGTAATTGCGTAAAGAAGCTACAACGAAGAAATGAACCGTACTTGTAAATTGTTAATGGATTGGAAACAACGATCTGTTCTTGTGCGGAATATTCTGAATCTGCCTCCGGAGTACATTCCCATCAGTTTTTGAGTTTAATTTGATTTTGAGGGGGGATGGTGAGAGAGATATCGTGATAAATAATTTATGTGAAATTTTCGTCTTTCACCTTGCTGAATATTGTGTGGCATCCATGTAATTTGCCTTCACCTGGTGGGATATGCTTTTTTTTTTTGTTATTGTTTGAGAAAAGTGCTGACACTATCAACTTATTAGAAAAATTTTAGAGACGATTTTAAAATAACTACTACAGAAGTGATTTTTAATTTTATGTCAGTCTATGATTATGCAATAGCGCAAACGACTTTTAGATCGAAAGTACGTTCTGATTAAATTCTAGAGGTTCTGTGCATCCATTCTTTTTCTTGTTCCAATTATGTACATAAACATAGATTAAGGTTTTGTTTTTTGTTTTTCCAGCAATATCTATATTGAAAAAAGTTATGTGATTATGAAAAGATAATACTAGCATTCCCAGGTCCAGTTTTGAGCTAGCTTTTATTATCTACTTATTGAATTACATTTCCGTTTCTATTGTTTGGTTGAATAAAGTATTAAATCACATCTTCTTAGATGCAGAGGGTGTTTGGATACAAAGCTAGAAGGGCTTTTGAGAGTTTCTCTACTGCAAATAACTCAATGTTTCCAATGGAGAATATCTTAAAATCACTTCTAGCTTGTATCCAGATAGAGGTAGTATATAATATGCCTACATTGGATCTTGTTTGTTTCTGAATAAAACAAGTGCTATTTGTTTTAATTATTTACATCTTATGTCGTCATGTTGTTCTCTTAGCTTCAATATTGGAATCTGGACATGTTCGTTCTCCTCTTGACGAAGAATTGATTCTAAAGGTAAAAGCATAATGCATTGACGCTGTTTATCATGTTTAGTTCATTGAGAAAATTCAGTCTGGTTAATAGCTAGGAAAAACATCATAAATTAGTATTAAGTCAATTTGTTGCATCTTTGAGTATCTATTTGCTGACTCGAATCAATAAAATTGCAGAACAGATCGCAAGAGATCCAACCATATTTAAATGGACGCTGTATATATCTTGTTGGTTAGTGTCTTTCTTCACTTCTTGTGCTTTACATGGTGTGTTTATTTTGTCATTAAACTTGCTTTGAATTTGACAAGCAGGAATGATGGGCTCTGGGAAAACCACTGTGGGAAAGATAATGTCGCAAGTACTTGGTTATTCATTTTGTGACAGGTTAGTGTGTTAATTCTTCATCTTTTCTCCGTGGAGAGAAAATGCGTTTAATAACAAGTAAATCTTGTGTAATTGAATATCAATGGGCCAATAGAGTTCAGGAAGAATGATCTTTTGTATGTATAGCAGCTCTGTTATTTTTATTTCATTATATTTCAGTATACGAGCTTCAATATTCAATTAATATCTGAGGCAACTTAGAACATGTAAAAGATGTATATACGTTTGATTGAATTCAATAGATGAAAACAGGGTGGGTCATGGTTGAGCTGGGGAGTATGGTTTACTCTGGTGTACAATGTTTCTGTTCAGATCCTTATACTGCAATGTACATGTTCTTTCACAATACATTTACTCTGTTTCATGACCACATCAGAGGTCTTGCCAAATATTTTCTCTATTTCTTGTGCTTATGGGTTTTTAATTTGTAGCGATACACTGGTGGAGGAGGAGGTTGGAGGAAACTCTGTAGCTGATATTTTCAAGCACCATGGTGAGCCTTTCTTTCGTAATAAGGAGGTCAGTTTGAAAACACCACTTTTCACTTGTCATTCTTCAGTGTCCAGACTTCAGAGAGTTTGTTAGTTGTTTTAACTTTTAGATTTTCCTATTTCTTTAATCTCATCGAGAATCTTCATGATCTCGTATCTTCATATTATAAGCTTGCGGTGGTGTTTAACTGTTTTAATTGGGTAATAGAAAATAGGCTTACATATGTTTTTAGTCCTTGAACAATAAAAATATGGCTTTTCATTTTGTTCCCTATTCTTTTTCTTTTTTAATTCTTACATTTAGCAATGTGTTTGTAGTCCTTCATTAGAGACTAAAAGCACTTAATTTTAATCCAATAGATATCAGATCTTGTGGAAGGGTTAGTCATTCGCAAAGCAGAGAATCACTGTTCAAGTCCCTACTAAAAGAAGGGGCCCACATTTAGTATATGACCATCTTGAAAAAAATCCTAGTTGAACAGGGATTCTCATGATCGCCTTTATATTGAAGTAATTATTATCAAGGTTTTCGATGGTGAGATAGCTCACTTATTGTTGCATGCCACTTCTGTGCGCCACTAGTGAGCTATACCCTGTTCTACTTTAACCTGTCCCGGGACAACTCTGCTGCCTTATTCTGAAAATATGGAAGTGTTCTGATTTTGTATAGCTTTCTCCCCTCCTTCCAGTAGCTTTCTTCTCTATTTTCCACCTTTTTCCCATTTGCCTTTTCTATCCTGTTAAGCTATTCTAGGAACATTGTCCAGTGATATGTAACAGCTGGTCTCAGCCTCCAGTTGAGTCAATTTTCGTCTGAGTAAATCTCCACCTGTCACCTCAAACAAAACTCCACCATCCCCCATCTGTGATTTGTAGTTTGGTCATGTGTTTGGTTTATTTCATCTTGCACTTCAGTTGATTGGATGTGTTTTTAGTTCACGATGAACTTGGATATGTTCCAAGGGCTTGCTGTGTTGTCTTTCCAGCAATTCTCACTTCTCCATCTCCTGCAGCTCCGTGTTGCCATTTCAACTATGCTTAGTGGAATATTTTTCTTTCACTTAAGGAAAAAAAAATTGTAACAAGCTTAAAGCTTAGAAAGCATTAGCACGAGGAGCAGATTTGAATTATGTGTTGCTCACGTAGTCCATGTTAAAATGCATTTAGTATTAGTAGACATTAACGTTTAGGAAATTGCACTCGCTTAGTCTTGGGTGTTTGGTATATATAAGAATAGTTTCTAGTTTTATGGCAATCAGAAGTTGGGTTGGGAATGTTTGTTTCGTATGTTTGATTTGTTTTAAAAAAGTAGCCTTTTCTGGAAACCGTGTTTCCTGGGCATGCTTTTTGGCTAAGTCCCCCACAAAATCGTTTTCATGGGAGGTGGGTGGAATAACTTTCCTTAGCTAAAAGTTGTTTTACTATGGTAAAAATTCCTTGTTCATATTAAATCATTTAATGTGGTATATAATTAAGGTTTCTGGTAAAAATATCATCTTACTCTTTAATCCCGAAAAACCCGCATAAATATTTCCAAGAATATTTGTGACGAAGTAAATATATTTTAGTTATTCTTAGGAATCACGATTCTTAGGAATCACGATTCTGAGTATGATAAAGCTTCTGTTGTACGTACCACAGAATGTCCATAGATGGATGTTTTGACTTTTGCATAATCGAAGTACTAAACAAGAAAGCTTTTTTGTCCAGATCTTTCTCTCTACAATGTCCTGTCTATAGTTCTCTCTTCCACCCTCTCTAAATTCCATGGACACTTTGCTATCATGAATTGTTCTAGATTATTATCGAGGTCCTGTTATTTCATTTGCCGTTTCCTTTCCTTGCTTTACCATTTCAGACTGAGGTATTGCGGAAGCTTTCCCTGATGCGTCAACTTGTTATTTCTACTGGTGGAGGTGCTGTTATAAGGCCCATTAATTGGTATAAGAATTAACTCACTACTGAGAAAAGTTTAAACTTTACTCTTTCCAATTAAATCTTTTCTCATGTATATATGGACTTGCATGTGAATGGCTTTCCAGGAAATATATGCACAAGGGGGTTAGTGTTTGGTTGGACGTACCAGTGGAAGCCTTGGCACGGAGAATTGCCGCTGTAGGAACTAATTCTCGCCCCCTTCTACACTATGAAGCAGGGGATCCTTATTCACGGGTAGTTATTAATGTTCCATAGTATGACTTTATTTTATTTTTTTCGAAACACAGCATATTAATTTAGGTATTAAAGCTTGCAAGCTGGACCAACTTTTCATCGTAGGAATTTGTATTAAATTTTTTTGCCTCCAAATAATTTTTCCCTTTGGAATTCAAATGCAGGCCTTTATGCGATTGTCTGCTATTTTTGAAGAGAGAGGCGAATCTTACGCCAACGCCAATGCCAGGGTCTCGTTAAAAAGTTTGTCACTTAATCTTTCTCGAATGTTTTGAAATACTAAATGTGGAATTTTCCACAATATCTGGGAAAGAATAAACATGCTTTGTATTTATTGTTTTGTGTATGCTTCTTAGATGATAACATTTAACAGCAATATTTGATGTTCTGTTTGTACCAGGTATAGCAATAAAACTCGGAAAAAGAGATGTGTCGGAATTGTCTCCAACTGATATTGCAATTGAGGTCTCGAGCAATTTCTATCTGTATTTTCTTGGCTCCAGGCAAACTGAAAAATTCCTGGGAGCTATAGTTAAATCTGAATTTTGCATTTTAATGCTTATCTACTGTTATCCGTTTGTATCTTGCAGGCACTGGATCAAATTGACAACTTTTTGAAGGGTGAAGGTGACAGTTATGCAGAATGCTAA