Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_05204 LG1 76979974 76982874 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 14-like
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category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of photoperiodism, flowering, regulation of photoperiodism, flowering, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of photoperiodism, flowering, regulation of photoperiodism, flowering, positive regulation of leaf senescence, positive regulation of leaf senescence, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of photoperiodism, flowering, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   DNA-binding transcription factor activity, RNA binding, RNA binding
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 76980692 stop_gained p.Lys38*
C/T 76980759 downstream_gene_variant
A/T 76981212 downstream_gene_variant
T/A 76981317 downstream_gene_variant
C/T 76981323 downstream_gene_variant
C/T 76981470 downstream_gene_variant
T/A 76981534 downstream_gene_variant
C/A 76981734 downstream_gene_variant
T/A 76981764 downstream_gene_variant
T/A 76981826 missense_variant p.Cys49Ser
C/A 76982676 3_prime_UTR_variant
A/C 76982709 3_prime_UTR_variant
C/A 76982772 3_prime_UTR_variant
C/T 76982855 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_05204.1
MDTRKRGRLELGFNSNGGFKKSKQEMESLSTGVGSKSKPCTKFFSTSGCPFGESCHFLHYVPGGYNAVAHIMNLTPAAPPASRNVAALPPVPNGSAPPAVKTRICNKFNTAEGCKFGDKCHFAHGEWELGKQIAPSFDDHRALGPTAAGRFGGRMEPSPGPATSFGSHATAKISVEASLAGAIIGKGGVNSKQICRQTGAKLSIREHESDPNIRNIELEGNFEQIKEASNMVKDLLLTLQMSASKANPGVPGAPIREHGSNFKTKLCENFSKGSCTFGERCHFAHGASELRKSV*


CDS Sequence:
>Vu_05204.1
ATGGATACTCGCAAGAGGGGAAGGCTCGAACTCGGTTTCAACTCCAATGGTGGATTTAAGAAATCCAAGCAAGAAATGGAGTCCTTATCAACTGGTGTAGGAAGCAAATCAAAGCCTTGTACCAAGTTTTTCAGCACTTCTGGTTGTCCGTTTGGTGAGAGCTGCCACTTCCTGCATTACGTTCCTGGTGGCTATAATGCCGTTGCCCATATAATGAATCTAACACCTGCAGCACCTCCAGCATCAAGAAATGTGGCAGCTCTGCCACCTGTACCAAATGGGTCTGCGCCACCTGCTGTAAAGACCCGCATATGCAACAAATTTAATACTGCTGAAGGTTGCAAATTTGGTGACAAATGCCACTTTGCCCATGGTGAATGGGAACTTGGGAAGCAAATTGCTCCATCATTTGATGACCATCGAGCGTTGGGGCCGACTGCAGCAGGTCGTTTTGGTGGTCGAATGGAGCCTTCTCCTGGTCCTGCTACAAGTTTTGGTTCCCATGCCACTGCCAAGATAAGCGTAGAAGCATCCCTGGCTGGTGCAATCATTGGGAAGGGTGGTGTGAACTCAAAACAGATATGCCGCCAAACTGGAGCCAAACTTTCGATCAGGGAGCATGAATCGGATCCTAATATTAGAAACATTGAACTAGAGGGAAATTTTGAGCAAATCAAGGAAGCTAGTAATATGGTGAAGGATTTGCTACTGACCCTGCAAATGTCTGCATCAAAAGCTAACCCAGGTGTTCCTGGTGCACCTATTCGAGAGCATGGAAGCAATTTTAAGACGAAGCTGTGCGAGAATTTTTCCAAAGGGTCTTGCACATTTGGAGAGAGATGCCACTTTGCTCATGGAGCTTCCGAATTGCGTAAATCAGTATGA


Promoter Sequence:
>Vu_05204::LG1:76977974-76979974(+)
GATTGTTGAAGTATATAAACAATATTTTTATTTTCTTTTTTAGAAAAATTTGTGGTAATTTTTTATGAAAATATTTTTTATTATTCCAAAACTCTTATTAAGGAGCATAAAGAACATTTAAGAATGATGTTAGAGATTTTAAGTGAGTTCTATTTAAGGGAATTACGATTTTCAAGACTTGTAATTTTTACTCAAGATGTAGGCTGAGTTTTTAATATTTGCACATATCTATAGATACTCAATTTTACAAAACAAATTAAAAGTACTTAAAAAAATATTTTAATCATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATAAAGATGGTATAAAGTAATAAAAATTTGTATAACTATAAAAATCTAAAAAAGATATATATATAAAATTTAATTTTAAACATTCAATAAAAAAATAAAACACAAATAAATTCAAATAAAATACAATACATCACTTCTTATATATATAAAATATGATACTTTGGTAAATTAGAAGTTAACGGATACGGATATTTATGAGTATAAATACTATGATATAAATTTTTTTTACATCTCAAACCATAAAACCCATCTCTAAATTGCATAGCTATAAATGTGAGAAACTTATATCTAACATTACATTAAATGTCCTTATTTGTTCACTAAGCTAAAAGTTGTCTTAAGATATACTCATGGGTAGACAACTAATTATGTGAAAGATGAAAATAAAGATTAGTTATGCATGAATGATAGTTTGTTTTATGTTTTGTTCACTTTGTATGTATCTTTTTCCCCTTCTTTACATATGAAAACCTTTTTCTTTCTTGGTTTATTGTTATGGATGTTGAGTTAAACTCACAACCCCTTTCACTCTTCTTTCTAATTTTATCATTAAACCACCTTATAACTCTATATTTTAAAGATATTTTCTAATATTTTGAGAGTGTGTATAAATTATTTATGGTTTGATCAAGTTTTAAATTCCTATTAAATTTAAAAAATTTCGATCAAATCTCTAATAAATTTTTAAAATGTATTAGATATTTAAAAATTTAATTATCAGATATTTAATAAATTTATATTTTTCAATTAAACTTCTACTATTTAATTTTTCTATTAATTGAATTATGTAATTATTAATTAACTGATGTTATTGTTTGTTACGTTGTTTCGTTACCTAGATATCGTTATATATTATTTTATTATTTTAAAAACTTGTAAAATTATAATATCATAAAATTATGTAAAAATAATTAAAATTATATTTTGAAGATATTAGATAATTAATTACTATGATATTTTAAAAATATTAAATAATTATTATTATATCAAGATATAATAAAATCTAATAAGAAGTTATTATAACATTATTTATAAATACCTTTAAGATATTTCTTAATATCAATAATATCTTAAAAGTATGTTAAAATTTATTTAGTAATATTTATAAATTTTAAATAATTTAGTTTATGTGATACATGATTATTCGTTTGTAATATTATTATTTGATGTAACGTTTTTCATGAATACCACATTCCTTACAAACATATTATATGAAATTTAAATATGAAATAAAAACATAAGATCTTAATCTTTGTAAAAAAAATGTATTCATGTGTCTATTTATACTTAATTACGTTTGTGACTTGTTAAAAAGCTTAGTTATCATAATATGACATTGTTTATTATTCGTATTTCACTTGATTAAAAACTAGAATCTAATAAAAAAATTATTATATCTTAATAAATATCTTTCTATAATAATCTTGAAAACATGTACAATTATATAAATGTATATAAAATTAAATAAAATACAAAATATAGTTTACGTGACAGCATCAATAATCAATAATATTGTCATGTGACGATAGAAGGAAAGCGGGTAAAAATGTCAGAACAAATCGTACTAAAATTAAACCAAATTGATAGCATCATCAAATATATAAATATATTTATATATATCATTACAAGATATGAAAATAAATATTATCTTTTCTCAATCTTATCACTTTA


Gene Sequence:
>Vu_05204(+)
ATTCATTTATAGTCGCATCAAACTGACTGCTTTCTCTACGCTCATTGTTTGCAAAACCCCTGTTTCAGATCACCACTCCTCCTAGATTAGGGTTTTTCCTAATTCAGTTTCCATAAATTCTTCTTCGTCTTTTCATTTCCTCTCATCGATTGTAAGCTTAGGTTTTCACTGCAATCTTATATACCTAGAACTCGTCATTTCTGCCGGATCTCGTTCGATGGATACTCGCAAGAGGGGAAGGCTCGAACTCGGTTTCAACTCCAATGGTGGATTTAAGAAATCCAAGCAAGGTTTGATTTTGAGCATTTTTGGTTTCTTGGGTTTTGGTATTTTCGTTCGATTTGGTTTATTAGGCTGCAAAAGTTGTTTGCCTTTGTTTTCTTCCTTTGTGTTTTGTGGGGTGTCCTTTGAGGGATGAAATTTCTCTCTCGTGCTTATGAGCGTATAGTTTGCTTTGCTGTGGTAGAATTTTTTCAGATTAGTCTATTTTGTAGTAAAACATAACCTCTGATTTTCCTGTCTAATGAACTCAGAAGGTACGAAAAATTCTAAATGTTGTCACTGAAAAGTAATTATATTATAGCGTTGTTCTTTAATACTAATAGTTTTGGAATAAAATTTACTAGATTAATAAGCAAAAAGAATATTAACTGAGAATAAGTAATAATGTTTTGCAACAGAAATGGAGTCCTTATCAACTGGTGTAGGAAGCAAATCAAAGCCTTGTACCAAGTTTTTCAGGTTCTAATCCGTTCCTATCTAATAAATATTTTTGAACTGCTAATCTATTCTTAATGGTGTTTTATTATAATTAGTTTAAGAATTAATTGTTTAGTTGCTTTAGAACTTAATTGGCCAATTAACTGGGCATTCAAAGCTTTTATACAGGTACGTACTGTTCTTTGTGTACACAAGTTGTATCATAATAGGATAGAAAAAGATAACAAGTGGATACAATGTAGTTGGCACCAAGATCACTTTATTGGTGATAAATTGATCATTTCTCACTTAATGTTTACCTATCATCTTAGTTAGTCTGTTTCCCCTGTAATTATGTTTAACATCAATTTTTCAGCCATTAATGGTTTTAATTGCTTTTGAACCCACCTTTCAATTGGTAAGCTACTAACAAACTAATATGAATTGAACCTCAATTGGTTGGGTTAGGTATTTTGTCAAAACCACATATAAAATTGTGGTGGTTTTGTACTTCAAATGGTATGGCAGTGCTCGGCTGCAATGACATTTTTATAGCGGAGTTTTGGCATTCCTCTATATTCCACTATCTTTCCATTGACAATGCTGTTTGGTTACCCTTTGGCAATCTAAAAAACATATTCATTTATTTGCTGCTGTATATTTATGCTTGAGTTCTTTGAATGCTGTCTTTACTGTGATTATATTTCAGATTGAGTAGAGATGACATTAGATATTTTGGATGAGTAAAACTAGAAGCTATACTCATTTATATTAAGTCCTTTAGGCTGTCTATTATACTTGTTGCTGGTTGATCCTAAGAAGTGGGCCTTGATTGGAGATCTGCCTGTATGACTTTGTCTTTCTTCTGTTTGGCTTAGTGATGTAGCTGTATTGTTTTCTTTACAATTTGGAGGAACCATTCTGAAACTTTGTGACCTTTAAGCATTACAGTGTGCATGGGTGATGTATCAATATATTACAATATAGTAGACGACTCTGATAGTCTAAGTTGCTTGTTTGTCCTATTTTAAAACTCCTTGCTGTAGATTTTGCGAAATAAGCCGGTAGTTTCTTCATGTTACATTTTATACTTAAAGAAGTGGAAACGAGTGTGGTGTAACCTGCTTGTGAATTGTCTTGCAGCACTTCTGGTTGTCCGTTTGGTGAGAGCTGCCACTTCCTGCATTACGTTCCTGGTGGCTATAATGCCGTTGCCCATATAATGAATCTAACACCTGCAGCACCTCCAGCATCAAGAAATGTGGCAGCTCTGCCACCTGTACCAAATGGGTCTGCGCCACCTGCTGTAAAGACCCGCATATGCAACAAATTTAATACTGCTGAAGGTTGCAAATTTGGTGACAAATGCCACTTTGCCCATGGTGAATGGGAACTTGGGAAGCAAATTGCTCCATCATTTGATGACCATCGAGCGTTGGGGCCGACTGCAGCAGGTCGTTTTGGTGGTCGAATGGAGCCTTCTCCTGGTCCTGCTACAAGTTTTGGTTCCCATGCCACTGCCAAGATAAGCGTAGAAGCATCCCTGGCTGGTGCAATCATTGGGAAGGGTGGTGTGAACTCAAAACAGATATGCCGCCAAACTGGAGCCAAACTTTCGATCAGGGAGCATGAATCGGATCCTAATATTAGAAACATTGAACTAGAGGGAAATTTTGAGCAAATCAAGGAAGCTAGTAATATGGTGAAGGATTTGCTACTGACCCTGCAAATGTCTGCATCAAAAGCTAACCCAGGTGTTCCTGGTGCACCTATTCGAGAGCATGGAAGCAATTTTAAGACGAAGCTGTGCGAGAATTTTTCCAAAGGGTCTTGCACATTTGGAGAGAGATGCCACTTTGCTCATGGAGCTTCCGAATTGCGTAAATCAGTATGAAGTTTGTGTTTGTGAGGTACATTAGCCAGAGCTATTATTATTGTTGTGCATTGCCACTTTAGCAGTACTGAATGTTAGTTTTGTTGTTGAGTTGCGTTTTATTTATAGCCTGTTTTGTTTATCAATTGCAACTTCCGCTTATATCATCAAATTCCTGTTCTCTTTAGCTTACCCACTTATTTGGAAATCATGGTTCTTTTCTTGTCCTTATTATCTTGGGGTTGGAGAATAATTTTCTTTAGTATGGTAAAGTATATGTACTTGCCTTATGATTATTTAATTTATATACAATAATATTTTATTCTTCT