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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_06138 LG1 91152898 91159913 PREDICTED: casein kinase II subunit alpha-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   peptidyl-serine phosphorylation, regulation of cell cycle, chromatin organization, DNA repair, peptidyl-serine phosphorylation, regulation of response to DNA damage stimulus, regulation of cell cycle, chromatin organization, DNA repair, regulation of cell cycle, peptidyl-threonine phosphorylation, regulation of response to DNA damage stimulus, regulation of response to DNA damage stimulus, peptidyl-threonine phosphorylation, response to UV-C, peptidyl-threonine phosphorylation, DNA repair, peptidyl-serine phosphorylation, circadian rhythm, regulation of response to DNA damage stimulus, response to gamma radiation, regulation of circadian rhythm, regulation of cell cycle
Cellular Component   is active in   protein kinase CK2 complex, nucleus, cytosol, protein kinase CK2 complex
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleolus, nucleus
Molecular Function   enables   protein serine/threonine kinase activity, kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein binding, protein binding, kinase activity, protein serine/threonine kinase activity
Pathway   B 09122 Translation   C 03008 Ribosome biogenesis in eukaryotes [PATH:ko03008]
SNP Position Effect Amino acid change
G/T 91158141 intron_variant
G/T 91158928 downstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_06138.1
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CDS Sequence:
>Vu_06138.1
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Promoter Sequence:
>Vu_06138::LG1:91159913-91161913(-)
ATGAGGAAGAGTATAGAACCATGTATGCTGAGAACGCAACCATTCGGGACCAACCAAACAACGTGACGAACCTATTTGTATAGCTTAGGATAGCAACTTTGGATCCAACAAAGATCATAACCCATCTATTGTGATGATAAATACATCGGATGCTCCCGTTCACCACATAAATTGCAGATACCCCTCTATTAAACCATTGAAGAATGCTTGTATTTGAAAGATACAATAGATCTATTGGTCCAGATGAACACATAAGGATAACCATGAATCAAATGGCTCTATATATGATAAATGATGTCATTTGGTATCGAGTCTTCTCCACATTGTTAAAGGGAGACACTGACTTGATTTTCTTTACTTCCACTAAACTTTATTGATTGTTATATGTCTCTTTTGATTATAAAAACATCCTGATTAAACCCACAATGAGGTTTAAACGAATTTGGGCCGTAATAGACTCTAATCAAAAGTTCATTAGGAACGACGAATCACTTGAAACAAATATTAATTATTTTATATTTAAAAAAAATCTAAAATTTTTTTTAGTACTAATTGTTTTAAGTACTAATTGTTTTAATTTTCTAAGAATAAAAAACTTTAATAAATTCAAAAAATAAATTTTAAATAAAATAACAATAAAAATTATTTTAGGTTTTCTAAACTTTTGAATCGTATTTGTATAATCTTCTAGACTTTTGAATCGTATCTGTGTATACTCCAAGCGGTTTCATCGGGTTCGACCTCTCATCTCTGAATTAATAAGCTTGGTTAAGTTACTAACAATGTTTGTTTGTTTATTCATACCAAGTGGTTATAACTAGTTCAAACATTTTCTTGAATGTCTTTTTTAACATATGGGAAAACCTTAATTCCTCCGTCAATTTTAAGATCGAAACTTTTTATTGTAGATATATTTAAGACATTTAGAAATACATGGTGATTAGAGTCTGGTATTATTTTTAACGTGCAACAACAGGTCCATTGCAAAGCTTTGATTTGAAAGTTAGAAGTCTGTCTATTCTATTCTAAACGAATGGACAATTTGGAGGTTATATTCATAATGGGGGCAACAACTTCTTACATCAGAATTACTTTTGAGAGTTTGGCATTTTTCAATTGGTATTGCACACACCTGCTACCATGCGCTCATTTGAAAAGACTTCATATGTGTAAGGCTATTATCAACTTTTTTAACATTCTAAATAATTTTTATCGCTGTTTTTCAATCTAGTTAATACAAAAATGTATTATTCGATTTACGTACACATTTAAAACATGCTCCGAGCGTTGTGATACAATTTTTAATTAGTTTATTGTAAGTCCTGTTTATGATATTTGGAACTCTGATTAGATATTATTAATCATAAATTTAAATTAAAATTTATAAATATGGGTCAAAGTAAAATGATAGACAATTGTATTTAATATTTTGTATTAATTATGAATTTAAAATTTTAATATGATTATGATTATTTAAATTACTGACATGAGTATTTGGGTGTCTATGATAAGTATCATTAGTATTGATTGACGTTTAAACATTATAAACAAAACAAAAATACATAACCTAAAAAAAATTCGAAAGAAAGTGTAAAGAAGTGTTTTTCTAAAGATGTTTAATCCACTTGAAACAAAATTTATTATTAAGTTATTTGCCAACCATATCTGAGCTTTCATTTTGATGATATCCATTATATTTTAATAAGACTCTAAATCCGATTATACCAAAGAGCCTATGATGAATATTTTTTGTGCATGGTAAAGCATCACCTCAGACCAGTTTGGTAATTGAAATAAAATAATTTTAAGGACCTAAAACGGCATGAGGGAGAGCCTAGTATACCAGCTTTATTGAGTAAGGGAAATGATCCTCAAACCTCAAACCATTCCAAAAAAAGTTACCGCAAAATCGGATGGGTAGGTACTATTGGTTTGACACTTTTACATATAAAAAAAAATATCAGAGAATGTAAATAGTATGTGTTATTGTCCCTACACAC


Gene Sequence:
>Vu_06138(-)
GCATTAAATATGCGCACGAACCACCGGCACTACTTCTCCGCTTCTTGCTAGTATGCACCCTTGTCGCCTTGCGTGCGCCGGTTGCGCAACCCCCTAACCTGCGCATCTCCACCCACCTCATCGAAACTAAGACCATCACAACCCTTCATCAGCTCCACAGAACCCAGATCTCGGGTTCCAATTCCCAATCCATGTCGAAGGCGCGTGTCTACACAGATGTCAACGTTCTTCGCCCCAAAGAGTACTGGGATTACGAGTCTCTCACCGTTCAATGGGGGTATTGTTCCCATCTCTAATATACTTCTCATCGTTTTGTTGATTTCTTATCTAATTTGTTTTCAAAGCTTTCTGTTGCGCCTTGATTAGCCACAATTCTCAATTGATGGATACTTTTCTTTTTAGGTTATGACCCTTAGGTGCTGTTTTTCTTGTTTTGGTTACTTGTCCTCCATTTCAAATACCTAAACCTTTAACAATTTTTTGTCACATTCTTTTCAAGTCTTTATTTCCAATGGGGATGCTGAATGTTGTCGTTTGTGTTATGATTATATTATTGGATCTCTCGGCCCTCTTACGTTCGTTATGTGGTATGAACTCGGTGAAGCCGATTGACCATGACGAATCACCTTGTCATTTGAAATTGGTTGATGTAATTGTTATATGTAGTCTAAATTGAAATACTTAAAGATTTTGTTGATTCTGTGAGCAAGGTTCATCGCCAGGGTATGCATTAGGTCTAATATTGATGGGGCTTTACGTTTCCCATTCCAATTATCTTATTTATGAATTTTCTGTGTGCTCTTTTCAGCGATCAGGATGATTATGAGGTTGTGCGAAAAGTGGGAAGGGGGAAGTACAGTGAGGTTTTTGAAGGCATAAATGTTAATAGCAACGACCGCTGTATAATCAAGATTCTCAAGCCTGTTAAGAAAAAAAAGGTGAGAGATTTTGTTATTACATTGATGCTGTTTTCGAACTTTGGGACCTGCAGAGTACGAGTAAAAGGTCGAGCAGGGGTGCTTCATGAGAAGTTTTCTCCTAAAATTTACGCACAAGTTTCACACATACTCTTTCACTATTTTCTTTTGAGCTATTGGATAACAACTTGACAACTCTGCACAATCTCCTAACACAGTTCTGCAATAATTATTTCCAAAAGAAAAAACATAAAATAAAATACATAACATTTGACCTTTGGAAGTTATACTTTGAATAGAGAAGAGTAGCTTCAAAGTTCGAACTAGTTCACCTTAGCTGAAAATTTGTGTAATTATGTGTCCCCCTCAATTTTGGTGGGCTTTAAGGATTATGAATTACACGAGGCTGTTTGCATGGATCACATGACACTCTTTCCTTCAATTATAATACTGTAGTTCCAACAATGTTATTTTGGGAGATCTCGCATTGATTTGAGATAAGACTAATTTATTGTATATAAGTGGGTCAATTCTCACCGTACCTTATAAACTAGTTTTGTAAAAATGAGTTAGACTTAAACCCACTTCCTAATATGATATCAAAGCCTAGTGAGGTTTATTGGACTTATTGTGTCACTTGCTATTGGACCACCTCTAAATATATAGTCCCAAGCATGAGATGTCTATGTCTCATCATGAAAGGAGGTGTTGAAGATTCTACGTGGATTAGAGATCTGATCAAATCCTCACCTTACTAGCTGGTTTTGTAAGAACGAGTTAAGTTTAAACTCATTTCTTAATAGTTATTTACAATGAAATCCTTGTTGACTACTTCCTCCAATGCGTATTGGCTTCCCTCTCCTCTTCATAGAAACCAAAACCATGTATTATTCCTCTAGTTCGTCCTAGGTCTTCTTTATACATGTATAAACCACTTTTATCGATGCATCTCTCATCATATACAATCATTCCGTACTTTTTTCTTTCTTTCTTGTATGACCACACATCTATCTTTACTTGTTTATGCTATTCCAACATTTTTTCTTGCTGTCCCTTTAAGCCCCAACGTCACTACAATAAAATATTGTTGAGTGTATGGCACTAGGATAAAACTGGCCTTTGAATTTGGTTGGCACTTTTCAAACATAAATAGCCCCCACTATATTTCTACATTTGTGTAACATTCTCGTTTTTTTTCCTTGCATTTTTTATTATACTTTAAATATGCTGTATGACATCTTTTCTCAGTTTATCTTGAGTCACATTGTCTCTTGCTAAAATTACAGTGCATATACTTTGTCTTAATTCTGCTCTAGTGTTGGCCCTTAGCTTTCAAAGTTGTCTCTGGAGTTTTGAGTTGAGAGTTAACTGCTTCCCTTGGTTTCTTAGCCAACATCGTGCCATCTACAAAAGTGCATCAGCATGCAATAAGGGGTAGACTTTTTTGTATATCCCTAGTATGCATATCCATGATTAGATTTAAACAAGGACTTTAGGCATCTGTGGGGCATCCACTTTTTGGAACAAAATGCTGGAAAGGAGGGGTTGAGATTGCACACCGAAAACAGGACATAGAGCTGTTCTGCTTCACCTGGCAACCTGCTTCTGCAATTCTTAATTTTTAAATTATTAGTGGAGTTGGTGGCCAAACCTTAAGTCCAACTTGTAATGTGAATCATTTGGGGCATGAAGAAATACGACTTCAATTCCAATTTTTTTATTAGAACTTCAAAGTGCTCTTCACATTTTTAGATTTAGTATATGTCTTCTATTTTTTGAAATACATTTTTTATTATATGGTGTTTCATGTAATGAAACATTCAGTTTTAAGAGATTTTTATGTTACATTCTGATATATTTAACTTCTTTTTGCAGATTAAAAGAGAGATAAAAATACTTCAGAACCTTTGTGGGGGGCCAAATATTGTTAAGCTTCTTGATATTGTCAGAGATCAACACTCTAAAACTCCTAGCTTAATATTTGAGTATGTCAACAGTACGGATTTTAAAATTTTATATCCAACCTTGACGGATTATGACATACGCTATTATATATACGAGCTTCTCAAGGTAACCTGATTTTTCAATCTCTCATGCTATACCTGAACTATATATTTTTCCTTAAAAGTAATTGTAGTATCTTTGTTTTGAACAAGGTTTAAATAAATTTTGCTTCTGATTACGTGTATAGGCTTTTTGTGTATGCATCGTGTAAAATATTATTACTTTACATTTTCAGAAATACATGTCAAGGGCCTTTTTCTTGTTAAATGAAAGCTTTTTGTGTATGCATCGTGTAAAATACTTTACATTTGCAGAAATACATGTCAAGAACCTTTTTTTGTTAAATGAAAGCTTTATTTGTGAATTGCAGGCCTTAGATTACTGCCATTCCCAAGGCATAATGCATAGAGATGTGAAGCCTCATAATGTTATGATAGATCATGAATTACGGAAACTCCGGTTGATAGATTGGGGTCTCGCTGAATTTTATCACCCTGGAAAGGAATACAATGTTCGTGTGGCTTCAAGGTAATGTTCTGACCAATTGACTATGGTCACAACTCTATTTCTGAAGTACAATAATAAAAGATTTATACAATGGATGAGCCTAAGGATATTAGTATATAGCATAAATCAAAAGCATCAAGGTATAGTGAGCTCATTTGAGTATGAATTTTTGATACAAATGAATTATTGGAATTATTGCTTCCCAAGTAGGGATATATCCGCTAACATGATTCAGAAGATGTGGAAACTTGATCAAAATATTTTATGATTGAAAACTAAAAATCAAAATAACTTTTTGGTTTTAAAAATTGAGTTCAAAGTGTTTCAAAATTGAGTGAAAAAATAATTTAGCTCCTCTCTAACTAAACACGGATTGTTTTAATAATTGTATTTGAAAACCAATGTTTAAAACCATGCAACCACCTCAAACTGGTCTATTCCTAAAGTATTTGTCAACCAATTGTGTTTTCCTTGGTTATCAAACTCAAGTTTTAACTCCCAAAAACGTACAAGCTCATGCCTCTTGTACGAGTTGACTCGTAGAACCGTATTTGAGTGTTTGAGTGGGCTCCATGTAAACTCCGGTGAACTTGTTTGGAGGTCGCATCCCAATTGGCGAGTTCAGCTTCTTCTTTTTTAATTATTTGTTTGATTGAAAACGAGGCCGCTTTATGTCATTTTGCTTGCAAAGATAAGAGAAAGGAGAAGAATAGGGTTCTTGGCTATCCCATTTCTTTGTTATTTCTCTTTGTTGCTGCTAGTGGAAAGTGGGGACAGCTGCTGCGCTCATCATTATGGTTGGTCTGCTCTCACCTCCCTTCTCTGTTTGCGATACAATCATGACATCCTTCTCTGTTCTTGTGAAGCCTGACTTCTTTGCTCTTGCCATGCTGTTCTCTGTAATGTCCATCACCAGCCATTCTCTGTTTTGAGGCTGAAGCAAGCAGCAACAACATCTTCTCCCTGCAGTGCTGTGGATTGTGAATGTGTTGAAGCTGCACAATCATTCTTATTCTCTCTGCTGCGCATAATTTGAAACTCAATCTTATTTGAAGATATTTCTCTTTTCTTAGTTATTTTAATTTTATCGTATTAAGAACTTACGTCTTGTATGAGCTTATGTTTTACTTGGTGTTGCTTTATTATTAAGGTTTAATATTTTGCATTATTATATAATTAAAATGATCAATCGTCATGTTATTTATAGGTATTTTAATAGTATCCTATATGAAGTAAACCCTTAATTACAATTCGACTTTACAAGTGTACAAACATCTCATGAGCTTATTTAAGCTCTCGTTTTCAGCTACCTTTTATGTTTAACCTTTCAAGAGACAATTTTGAACAATTACTAGACTATTTTTTTCAGAAGCTTATAGTACACTAAGCTCTTCATAAACATGCATAATTGAATGAGTACTGTCAAGGATCAATGTGCAAGTGTTATCTAAAGAGACAGGTGACTAGTTCAGGCATATTTTTGTTGACACTGAAGCAGTTTAACCTTAATGATGCGAGCTTGATGTAGCAGCTAATGTACACGCGCCAAAGTTACTGTACTTTTCGTTTTTA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