Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_12386 LG3 16446150 16452691 PREDICTED: homeobox-leucine zipper protein REVOLUTA
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   determination of bilateral symmetry, radial pattern formation, xylem and phloem pattern formation, cell differentiation, xylem development, polarity specification of adaxial/abaxial axis, polarity specification of adaxial/abaxial axis, meristem initiation, xylem and phloem pattern formation
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, protein binding, transcription cis-regulatory region binding, lipid binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, DNA-binding transcription factor activity
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
A/G 16446185 3_prime_UTR_variant
A/G 16446206 3_prime_UTR_variant
G/C 16446649 splice_region_variant&intron_variant
A/T,* 16446653 intron_variant
T/C 16446798 missense_variant p.Ile774Val
G/A 16447721 intron_variant
A/T 16447983 intron_variant
A/T 16448759 missense_variant p.Val470Asp
A/T 16448762 stop_gained p.Leu469*
A/G 16448770 synonymous_variant p.Pro466Pro
T/C 16449031 intron_variant
G/A 16449065 intron_variant
C/A 16449398 intron_variant
A/T 16449538 intron_variant
T/A 16450879 intron_variant
G/T 16450963 intron_variant
T/A 16451054 missense_variant p.Glu166Val
C/T 16451112 intron_variant
C/A 16451260 intron_variant
A/G 16451399 intron_variant
A/C 16451687 intron_variant
G/T 16451690 intron_variant
G/A 16452140 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_12386.1
MAMVVAQHRESSSSGSIDKHLDAGKYVRYTAEQVEALERVYAECPKPSSLRRQQLIRECPILSNIEPKQIKVWFQNRRCREKQRKEASRLQTVNRKLTAMNKLLMEENDRLQKQVSQLVCENGYMRQQLHTTSAATTDASCDSVVTTPQHTMRDANNPAGLLSIAEETLTEFLSKATGTAVDWVQMPGMKPGPDSVGIFAISQSCSGVAARACGLVSLEPTKIAEILKDRPSWFRDCRSLEVFTMFPAGSGGTIELVYTQTYAPTTLAPARDFWTLRYTTSLENGSLVVCERSLSGSGSGPNPAAAAQFVRAETLPSGYLIRPCEGGGSIIHIVDHLNLEAWSVPEVLRPLYESSKVVAQKMTIAALRYIRQIAQETSGEVVYGLGRQPAVLRTFSQRLSRGFNDAVNGFNDDGWTVLNCDGAEDVIIAVNSTKNLSGTSNPASSLTFLGGILCAKASMLLQNVPPALLVRFLREHRSEWADFNVDAYSAASLKAGTYAYPGMRPTRFTGSQIIMPLGHTIEHEEMLEVIRLEGHSLAQEDAFVSRDIHLLQICSGIDENAVGACSELVFAPIDEMFPDDAPLVPSGFRIIPLDSKPGDKKDIVATNRTLDLTSGFEVGPATTTGADASSSQNTRSVLTIAFQFPFDSSLQDNVAVMARQYVRSVISSVQRVAMAISPSGISPAVGAKLSPGSPEAVTLAHWICQSYSYYLGSDLLRSDSLVGDTMLKHLWHHQDAILCCSLKSLPVFIFANQAGLDMLETTLVALQDITLDKIFDESGRKALYTDFAKLMEQGFAYLPAGICMSTMGRHVSYDQAIAWKVLTGEDNTVHCLAFSFINWSFV*


CDS Sequence:
>Vu_12386.1
ATGGCTATGGTTGTGGCTCAACACAGGGAGAGTAGCAGCAGTGGGAGCATTGACAAACACCTAGATGCTGGCAAGTATGTCAGGTACACTGCTGAGCAAGTCGAGGCTCTTGAAAGGGTCTACGCTGAATGCCCTAAGCCTAGTTCTCTCAGGAGACAACAATTGATCAGAGAGTGCCCCATTCTCTCCAACATCGAGCCTAAGCAAATCAAGGTTTGGTTCCAGAACCGAAGGTGTAGGGAGAAGCAGAGAAAGGAGGCTTCTCGGCTTCAGACTGTGAACCGCAAACTCACTGCAATGAACAAGTTGTTGATGGAGGAGAATGATCGGTTGCAGAAGCAGGTGTCACAGCTGGTGTGTGAGAATGGGTATATGAGGCAGCAGTTGCATACTACGTCAGCAGCAACTACTGATGCTAGTTGTGATTCGGTGGTTACCACTCCTCAGCATACCATGAGAGATGCTAATAACCCTGCTGGACTCCTATCAATTGCGGAGGAGACCTTGACAGAGTTCCTTTCAAAGGCTACGGGAACTGCTGTAGATTGGGTCCAGATGCCTGGGATGAAGCCTGGTCCGGATTCGGTTGGGATCTTTGCCATTTCGCAAAGTTGCAGTGGAGTGGCAGCTCGAGCCTGTGGTCTTGTTAGTTTAGAACCTACAAAGATTGCAGAGATCCTTAAAGATCGTCCATCTTGGTTCCGGGACTGTCGGAGCCTAGAAGTTTTTACTATGTTTCCTGCTGGAAGTGGAGGAACCATTGAACTTGTTTACACACAGACATATGCCCCAACAACACTGGCTCCTGCCCGGGATTTCTGGACTCTGAGATATACCACAAGTTTGGAAAATGGCAGTCTTGTGGTCTGTGAAAGGTCCCTGTCTGGTTCTGGCTCGGGCCCTAATCCAGCTGCTGCTGCTCAGTTTGTAAGGGCTGAAACGCTCCCTAGTGGCTACTTGATTCGACCATGTGAGGGTGGAGGATCAATCATTCACATAGTAGACCACCTAAATCTTGAGGCATGGAGCGTCCCTGAAGTGTTAAGGCCACTTTATGAATCATCAAAGGTGGTGGCTCAAAAAATGACAATTGCGGCACTTCGCTATATCAGGCAAATAGCTCAGGAAACAAGTGGTGAAGTGGTTTATGGGTTGGGCAGGCAGCCTGCTGTCCTACGAACTTTCAGCCAGAGATTGAGCAGAGGCTTTAATGATGCTGTAAATGGATTCAATGATGATGGATGGACTGTATTGAACTGTGATGGTGCTGAGGATGTAATTATTGCAGTTAATTCAACGAAGAATTTGAGTGGAACTTCTAATCCAGCAAGTTCCCTTACATTCCTTGGAGGAATTCTCTGTGCAAAAGCTTCTATGTTGCTTCAAAATGTCCCCCCTGCACTTTTGGTTCGTTTTCTGAGGGAGCACCGCTCAGAGTGGGCTGATTTCAATGTTGATGCTTATTCTGCTGCATCACTGAAAGCTGGAACCTATGCATATCCGGGGATGAGGCCTACAAGATTCACTGGCAGTCAAATAATAATGCCTCTTGGTCATACTATTGAACATGAAGAGATGCTTGAAGTTATTAGGCTTGAAGGCCACTCTCTTGCTCAAGAAGATGCTTTTGTTTCTAGGGATATTCATCTCTTACAGATATGTAGTGGAATTGATGAGAATGCTGTGGGGGCTTGTTCTGAGCTCGTATTTGCTCCAATTGATGAAATGTTCCCTGATGATGCTCCTTTAGTTCCTTCTGGCTTCCGCATTATTCCATTAGATTCGAAACCAGGTGACAAAAAGGATATAGTTGCTACAAATCGGACCTTGGATTTGACTTCAGGTTTTGAAGTTGGCCCAGCAACAACTACTGGTGCAGATGCATCATCAAGTCAGAACACTCGTTCTGTGTTGACTATTGCCTTCCAGTTCCCGTTTGACAGCAGTTTGCAAGATAATGTTGCAGTCATGGCACGACAATATGTCCGCAGCGTGATTTCCTCAGTGCAGAGGGTTGCCATGGCTATATCTCCCTCAGGTATAAGCCCAGCTGTTGGAGCAAAACTTTCTCCTGGTTCTCCAGAGGCTGTTACGCTGGCTCACTGGATCTGCCAAAGTTATAGTTACTATCTAGGGTCTGATTTACTGAGATCAGATTCTCTTGTTGGTGACACGATGCTGAAACATCTGTGGCATCATCAGGATGCTATTCTATGCTGTTCACTGAAGTCATTACCAGTGTTCATATTTGCAAATCAAGCAGGCCTTGACATGTTGGAAACAACTCTAGTGGCCTTACAAGACATCACATTGGATAAAATATTTGATGAGTCTGGACGCAAGGCATTGTATACAGACTTTGCCAAGTTAATGGAGCAGGGTTTTGCATATCTACCGGCTGGAATCTGCATGTCGACGATGGGGCGGCATGTATCCTATGATCAAGCCATTGCATGGAAAGTACTCACCGGAGAAGACAACACTGTTCACTGCTTGGCTTTCTCTTTCATAAATTGGTCATTTGTATGA


Promoter Sequence:
>Vu_12386::LG3:16452691-16454691(-)
AGTCTAACAGGTTTACATTTTTCTGGGAAGAAAATGATTAAATAATGATTTTTTTTACTTCATTTGTTTCACATTTCCTAATTTAGTACGACCAAACAAAAGTTATCTTTTCAATTTTAGTACAACTAAACAAAAACTAACAAGTTCTTATTTATTTAATTGAAAATAGATTGGTGAAATTAATAAATAGAAAACTAGTTTTTAAAATATCACTTGTGTTAATTGCTCTCACTTAAATTAAATCAAGAACTACCATATTTAAATATAACTAAAGAAGTTGCTTTAACGGGTTTTAACAAAAAAATATCATATATTTTCTATTTCTAACATATAAAATAATAATGTTTTAAAATAAAATTATAAAGGTATTGTTTCATAATTGAATCTAATACATTTCTTAAATGGAGCGACAAGAAAGAAAAGATAAAAAATAAAATGAAGTTCATTAAAATGAATAAATAATCTAAATTCTTTGTGTAAATTATCAAAATGAATCTATAATCTAAATGCATTTCTCTCCTCTACTTTATTTTATTTTTTATCTTTTTTTTCTTATCACTCCATTTAAGAAATGTATTAGATTCAATTATGAAACAATACCTTTTATAATTTTAGTTTAAAACATTTTTATTTTATATGTTAGAAATAGAAAATATATGATAAATTTTGTTAAAACCCGTTAAAGTTTGAGGACAACTTCTTATTTATTTAATTAAAAAAAATACTGGTGAAAATAATAAATAAATAAGAAGTTTTGAAAATTTATTATTAAAATTGAATTAGATAAAATAATAAATATATAGAGATATTTATTTTAAAAATAACATATAACATTGTCATTATAACATTACATTATACTGAATTTGTCACATTACATACTGTTCATTGGATACGTGATAATTTTTCTTTTTAAAACATTAAAAAAAAAGTGAAAAAGATCATGAATAAACTCGTAACATATAAGTTAACATAGTTAATACAATAAAAAAATTGCATAACGTTTTAAAAATAAAAATCCAATTAAAGTTAACCAAAATCTTAATCAGACCTGGAATTTTAAACTTTTTTATTTTAGCATAACAAAAAAAAAAAGAGATTCTCAATTTTTAGGACAACTTCGTATTTATTTAGTTAAAAAATATATCGGTGAAAATAATAAATAACAAAAAAGTTCTTAAAATACTTTTCAATTTAACATGCTCTCACCTAGATCAAGGGAAACATTAATTAGTTTATTTTTCTTCTTTAAAATCTTTTAAAATCATTTTAATTTTCTTCAAGTATTTAACGTTTAAACAATTTTCAACACAAATAGAAAATAAGCAAAGATATAACTAAAACAAAGATGTTATCTTATAGTTTTAAAAAATGAAAATAAACAATATTTCATCAAAAGAACACAACAACTATAAATAAACAGAAGAACCACAACCAAAAGATGATAGCATATTCAAAATCTCATTCAAACGCTTTATTTATATAAATTATTTAACAGAACATTTAATAAATAAAATATTATTCTAATACAGATTTCATTAGCTAAACTTTTTTATAATTCAGCAGAAGTCAATTTTAATAAATTCATGCTTATAGAACTTTTTTCATTAATAACTGGTAGGAAATTTTGATAAGAGATAACCTTAATTTTTATCTTTGTTATATTTAAATTTAGAAAATTTATCACGATCACTATTATTACAGGTTACTAAAAGAGGTGCAATTAAAAGTAACTTATAAATTTATCACAAAGCCCTAAAAAATAAAGAAAAATATATATATAAGTTATTGTAATAAATAATATGTTATGGGATCCGAATCCCTATCCGAATCCATGTCCCATGGATATTGAACTCCGGTTCGGAATTGACACTGAGAAAAGAGTTGGTGAGGACTCACTGCAGGGTGGGTCCTACATGTCAAATCAAAGCAACAACACCAACAGGGACAACCACGTAAATGCGCCGAAAATTATAAAAAAAAAAAACAGAACATAGCCTCCC


Gene Sequence:
>Vu_12386(-)
ATGTTTCTCGATCTTCGTGCTCTTCTGTTCTCTCCTCAGACTCCAACTCTCTTCTCTCTTCTCTCTTCTCACTTCTCACTCACTTTATTCCTTCACTCCCTCACCCCTCTCCAACACCAACACCAACATGTTTATGCTTCTTAGGGTTTCTTTACATTCTACATTTTAACCTTCCTTATCTATTTCTATTCCTTCCTTCTACTTCAAGCTCTTTCACTCTTTCTCTTTCTTTTTCCAACTTCCTTCTATTTTTCTCTCTTTTTTTTTTGTTTTTTCCAGATTCTTCTCACCTTTCAAAGAAACAATAAAGAGAGAGGGGACAGTGAGTGGGGTGTGCGGGGTTTGGTTCTATCTTAGCTGGTAGAACAAACGAGCGTTTCCTGTTAACAATTTGGAGCCATTCGCTGCAATTTCAATGAAAGAGAGTTTCTTTCTTTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTTCGCTTTTATTTTTTATTGTCTGAGCTGGTTCCACGGTAGGGGAACTTGAGAGACTGGAAGGAACCAATTACGGTGGTTGCACTAATTTACACACTCCTTCGTTGTCTCTATTCGTTTCTTTCCCCTTTAACGTTACCCGCTTTGAGTTTTCTTATGTCAAGTTACCGCCTTTACTAGTACCAACATCAACCACACTCCCCTTTTCATTTCATTTTCATTTTCATTTTCTTTTTCTCCTTATCGTTGAGAGTGACCGAGTGTGTGCTGTGGGAAGAGGGAAACATGGCTATGGTTGTGGCTCAACACAGGGAGAGTAGCAGCAGTGGGAGCATTGACAAACACCTAGATGCTGGCAAGTATGTCAGGTACACTGCTGAGCAAGTCGAGGCTCTTGAAAGGGTCTACGCTGAATGCCCTAAGCCTAGTTCTCTCAGGAGACAACAATTGATCAGAGAGTGCCCCATTCTCTCCAACATCGAGCCTAAGCAAATCAAGGTTTGGTTCCAGAACCGAAGGTATGCCAATTCAACTCTTTTTTAATCCATCTCTTCATAGTTTTGAAAGTGGGTCTTAGATGTGGGTTTGGATGGTGTGCAGGTGTAGGGAGAAGCAGAGAAAGGAGGCTTCTCGGCTTCAGACTGTGAACCGCAAACTCACTGCAATGAACAAGTTGTTGATGGAGGAGAATGATCGGTTGCAGAAGCAGGTGTCACAGCTGGTGTGTGAGAATGGGTATATGAGGCAGCAGTTGCATACTGTAAGTGTGTGTCTTCTGTCTGATTGTCAATTCTTCACCTTTTGGGGTCTTGAGCAGAAAATTTGGTGAAAATAATGTACTTAAATGTGAAGAAGTTGAGAGAAGAACCGATCTGTTTTTGCTTTTCTTGCATGCTGGTCTTGAGTTTATGTTAGTGGCTATTGTTGCTTTACTGTAAGAACTACTTGTTATGGTTGTTTTAGCTGTTATTCACGCTATTCCTGTTCCTGCAGACGTCAGCAGCAACTACTGATGCTAGTTGTGATTCGGTGGTTACCACTCCTCAGCATACCATGAGAGATGCTAATAACCCTGCTGGGTAATTCGAGCTTCATGTATTGAAGTTTATGCTTTTGTGAAATGAAGGTTTACTCAATTGGTTTATCTATTGTGATCTTTGCAGACTCCTATCAATTGCGGAGGAGACCTTGACAGAGTTCCTTTCAAAGGCTACGGGAACTGCTGTAGATTGGGTCCAGATGCCTGGGATGAAGGTTTATTTTTTCTATTGCTTGCAATAAATCAGTTCATAAATTAATGACCTATGGCATCCGTGGGATAGTTATTGTGACACCATGCTAATTTGAGTTTAGTAAACTCTACAATTACATCTGCATCTAAAAAAGTTCTTTTTGCCAGCCTGGTCCGGATTCGGTTGGGATCTTTGCCATTTCGCAAAGTTGCAGTGGAGTGGCAGCTCGAGCCTGTGGTCTTGTTAGTTTAGAACCTACAAAGGTAAATTCAACTTCTTAAAATATGGTTTGGATATTTTTGTCATTTCTTGGTAGGACAGCCAATATGTGCAAGCTGTTTAGGATTTGAATTTCTGAACGTCCAATTTTCAATAGATTGCAGAGATCCTTAAAGATCGTCCATCTTGGTTCCGGGACTGTCGGAGCCTAGAAGTTTTTACTATGTTTCCTGCTGGAAGTGGAGGAACCATTGAACTTGTTTACACACAGGTGAGCATCAAATTTAACACTTATTTCTCTTTATTTTTTGTTTTTTTTTTCATTTGAGATTATACTTCAAAATTGCTACAGACATATGCCCCAACAACACTGGCTCCTGCCCGGGATTTCTGGACTCTGAGATATACCACAAGTTTGGAAAATGGCAGTCTTGTGGTGAGTTACGTTGTATTTGAGGCATTATATAAACTCTGTTACGTAGTGTTTTCTTTAAACTCTTCTTTGAAGGTAGAAAATTTAGTATTACTTTTTATGTGCCTTCTTATTCCCCTTTTGAAGGTCTGTGAAAGGTCCCTGTCTGGTTCTGGCTCGGGCCCTAATCCAGCTGCTGCTGCTCAGTTTGTAAGGGCTGAAACGCTCCCTAGTGGCTACTTGATTCGACCATGTGAGGGTGGAGGATCAATCATTCACATAGTAGACCACCTAAATCTTGAGGTTTTGCTTCTTAAAACTGGGCTAATGCATTTCATTTGTTTCCTTATCGACATTAATTTGGTTATTATTGTCTTAGGCATGGAGCGTCCCTGAAGTGTTAAGGCCACTTTATGAATCATCAAAGGTGGTGGCTCAAAAAATGACAATTGCGGTAAGTTCATTATTGTTAATATATAATATAGGAATTTATATCCCAATTTGTATGGGCTGGTAGTGTATGGGCTGGTAGTGTTATTGTGAACAATGTGCAAGCTGAACAACATTCTTGAGCGTATTGAACACTATGCCATTTACTGTTTTAGTAATTAGTAGCCAACTGTGTTAGACTAAGTAGTTGATTCTTCACTAGAAATTGGCCATAAGGTTCCGGATGCTGACACTATTTTGATTAGATATGCACATTCCCCCTTCTGTCTTTTCATTCTTCATTTGAAGTTCCACAAATTCCTATGTATTTTTTCTAGATCTATGCCTATTTCATTTGTTTCACATGTTCTGTTCCTTTCTTTAATAGATAGGTGATAATTTGATGGCTTTTGTGATAGGCACTTCGCTATATCAGGCAAATAGCTCAGGAAACAAGTGGTGAAGTGGTTTATGGGTTGGGCAGGCAGCCTGCTGTCCTACGAACTTTCAGCCAGAGATTGAGCAGGTAGCCACATGAAATAATGTCTGATTCAGGCTGCAGTACTAGAATACTGATTTTTGTGGCATAATCTCTGATTCATTGAGTTTTCTGTGGAAAATTAATGCATTTGACTTGCAGAGGCTTTAATGATGCTGTAAATGGATTCAATGATGATGGATGGACTGTATTGAACTGTGATGGTGCTGAGGATGTAATTATTGCAGTTAATTCAACGAAGAATTTGAGTGGAACTTCTAATCCAGCAAGTTCCCTTACATTCCTTGGAGGAATTCTCTGTGCAAAAGCTTCTATGTTGCTTCAAGTGAGTCTTGAGAACCCAATGTCATGATATTTTTAAGTACTAGTTTTCGAATGCGGATACATCACCCAAATACCTTTGTTGCTGCTTAATAGACCGCTGCTTTTAATTTTTGCATCTAGCATTTTTCACCTTACATGGTATGGTGAATGAGTACAATTGGCCATTGACAAATTTGATCCCCCTAAATTTTTTCGCGATAGAGACCTTGATGTTTATATATATGGAACTTGATTCTAGCTTTAAACGTATAGATGATTCTTTAATTTAAAACTATAGATGGTTATGATTTGTCATTGTTAATGTTATGTAACAAGTTATGGTTGATAATTATGTGCAGAATGTCCCCCCTGCACTTTTGGTTCGTTTTCTGAGGGAGCACCGCTCAGAGTGGGCTGATTTCAATGTTGATGCTTATTCTGCTGCATCACTGAAAGCTGGAACCTATGCATATCCGGGGATGAGGCCTACAAGATTCACTGGCAGTCAAATAATAATGCCTCTTGGTCATACTATTGAACATGAAGAGGTAGGTTTGGATTCCCATATAAAGTGGACGGACGATGCATATATGCTTTGGTCGATTTGTTTCACACAAGAAAAAATTTAGTTTCGTTTTATTTTTTGGACATTTCTACTTGCAAGCAACATTCCTAATTGAGTTTGTTATTGCTACAGATGCTTGAAGTTATTAGGCTTGAAGGCCACTCTCTTGCTCAAGAAGATGCTTTTGTTTCTAGGGATATTCATCTCTTACAGGTGATGCCTCGTCCTTTGTTATAGTGATGAACATTATCTGTATATCTGGATTTATTTTTATTTTTTGCATAAGCTGAGAAAGATCAATTGTCAATCTGTCGTCTTTGGTGAAAAATTGCTATTTTGTATTAGAGATGCAATGATAGTTGGCATATCTTGCAAAACTTCAATGAATAACACAAAAAGTTCTCTTTTAAATTAAGATTTTCACATTATAGCTTCATTTTAGTTTTTAAGCGTTAACTGAAATCTTTGCTTGGTAAATATAGGTGTGTCTGCCCGCATTCTTAGCATCCATTTCATTTATGTTTCTTTTCTGTGCAGTTAAATTATCTATGCGTGAATGATATAATCAATACAGATAGATTCTAAGGTGCACTTTCTGTTGTCCGTCTTGCAGATATGTAGTGGAATTGATGAGAATGCTGTGGGGGCTTGTTCTGAGCTCGTATTTGCTCCAATTGATGAAATGTTCCCTGATGATGCTCCTTTAGTTCCTTCTGGCTTCCGCATTATTCCATTAGATTCGAAACCAGTTGAGTATTATGTGTATTTTACGTTTAACAGTCTCTTACTACACTCACTTTCTCAGCTCTTAATCTTCACTCCTCCTGTGAGCATATGTAATAAACTTAAAAGTGCATATTACTGAATTTTGTGTGCTTAGCCTC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