Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_14341 LG3 47198428 47208113 PREDICTED: uncharacterized protein LOC108336080
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding, DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific, DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 47198899 missense_variant p.Asp929Val
A/G 47200559 intron_variant
G/A 47200711 intron_variant
A/G 47200742 intron_variant
A/C 47200758 intron_variant
C/A 47200790 intron_variant
C/T 47200793 intron_variant
T/C 47200811 intron_variant
T/C 47200831 intron_variant
C/T 47200930 intron_variant
T/A 47201330 missense_variant p.Asn525Tyr
G/T 47201948 intron_variant
G/A 47202012 intron_variant
C/T 47202015 intron_variant
A/T 47202025 intron_variant
C/T 47202337 intron_variant
A/G 47202668 intron_variant
T/A 47202799 intron_variant
G/A 47202872 intron_variant
A/T 47203278 intron_variant
T/A 47203416 intron_variant
G/T 47204051 intron_variant
C/T 47204633 intron_variant
T/A 47204659 intron_variant
C/A 47204993 intron_variant
G/A 47205532 intron_variant
T/A 47205608 missense_variant p.Lys344Met
C/T 47205683 missense_variant p.Arg319Lys
C/A 47205711 stop_gained p.Glu310*
T/A 47205783 intron_variant
A/T 47205860 intron_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_14341.1
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CDS Sequence:
>Vu_14341.1
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Promoter Sequence:
>Vu_14341::LG3:47208113-47210113(-)
GTCGCTCCGATATCTAGAGGTATCTGTCAGAGACCTCCCGAAGCATCAATTCATGCGGTGGGAGAAGAAGATGGACCTTTTGGACTGGCTCCGCTTGCTGTTCGAGTTCCAAATAGACAACTCGAAACCAGAGGAAGCACCTAGTTCTCTGTAACACTTCTACCCAACACAACCCTACCCTTCAACACAACACACATAACCTTAACAATAATCTTCTCTTTCCTATCTTCTGTACACTTTACTCAACCCAAACTCCTCTTCTAGTTCAAAACACAATCCATATCACACCACCCAAGGCTCTCCTCATAACCACAACCAACATATATTGTCTCTCCAAAGGCAAACACATATGAAGAATCAATGTTGTTTTCCAAGGTTTAAACATGTTTTCCAAACAATTACAAGTATTAGGATACCAATTTAGTCATTTGGAAATGACTTGATACACATATATCAAGAATCAAAGTTGTTGATTTTCTGGTACGGTGTCAAAGGGCTTGGAGTGGCGTTGAGAGGGCCATTGGACTACAAAATGTTGAGTGTTGCGAAAATAGTGAGCTCTTTGTGTTATGAACGTTGGGGTACTCTGAGTTGCTGAGCATTGTGTTGTTTGTTTGGGGGACATTGAGTGGTAAGAAGTAGTGTTGAGCGTCACTTCTGTGTTGCAGGTCTGGGCTTTTGTTTCTCTTATTTCGCTGGGCAGGTGACTTGCTCGCTAGGCTTGAGTCTAGTATAGGAAAGTTTTGGGTTTTTCTTTAAGTTTTATGTATGTTTGTTTAGAATGTTTTATATAGATTAATCATATTGTTGTGGATATTGTATATGTTAATGGTTGATGAATATGGTGATGTGTGTGATGATATTTCAAGTATGATATAAAAGTAATAATGAATTATGTTGTTGGTATGGTATCAATGTTTGGCTTCATTCCTTGGACCTCATGGTGAGACTCTATGGTGGTGTTTAGTAGTGTGCTGTATTGAAGTAAAGACTCAGTCTTGGAAGTTATTCTGAGACTCCATTAATCATCCTATCTCAAGTAAAGAATGAGGGTTATGTGGTAAGGAGTAGTAGAAGGTCCTAGTCTATGGTTTGATTCTTTGGCCATAAGTGGTAAACAGACTAACCTTGTGTGGTAACTTGGGGAAGCCGACTATTCCACCACTACAAGTGTATAACTTACCATAGTTTGACTTTAGTATACACATCTAGATGGTTAGGTCTAAATGTTATGAATTTGGTTAAGTTTTGTTTTGGATTGAGAATGAAATTATTATGTATGGTTGAATTAAATTGTGATTGTTTCTTTATAAAAGTTAGTTTACCCTTCTATTTTTTTTTATGTTCACTTGTAGTTCTTTTTTGTAATAACTACCTGATTGATGTGAGCAAATGATGATGTTTTAATGGAGCACGTACTAGGTGACGTTATAAATAATAAAATTAGTTCTTATGTATATTTGAAGTTCTGGAAAAATAATTCAAAAAGTTTATTTTATTTATAGGTATTTTTGGTTTTCAAAACTCGTTATATATAAAAATTGGTTTTGTGGTTAGGTTTGAATAATTGTAATGTTCTTGCCTATTAAATATGTGATTATTCTATAATAATGTTAAAATTATTAAAATATTCAAAGAATTTTCTTTTTTAAATTAAATTTTTAATTTAAAAATATGTATTTTAAAATTTAAATTTACTAAAAAAAAATAGTAGTCAAATTTAAGTATTCAAATAATATTTAGATGTATATAATATGTATGAAGAAAAATAATTAATTTCTTTATTTGTTTAAATAAATTTTAAATGTTTTTACTTTAATTATTTAAAATACCTTTTTAAATTTTTTAAATTTTAATTTATTCATTCAAATAACTCCTTTTATCTCAAAAAAAGAAAAATTAAATTTACTAAATAAATAAATTACTTTCATGAAAATGATTATAATAGGATTTGATTATTTTTAGAATAATTTAATCAGTGCAGCGGGAAATTCAGAAGA


Gene Sequence:
>Vu_14341(-)
ACCCTTGCGTGAAATCCAAATTCAGAGTGAAATTCGGAAGAAACCTTGGTGAATTCAGAAGAAATCCCAATCTAATGACTCCTCGCGTCGACGATTTCGGCAATCTCTCCTCCACCGATGATGACGACGATGACGACGGCTTCAAGGACGATATGGCCGCGCTCTCCCGAGCCTGCAGGATTGTTGTCCCAGGCGCCAAAGATAATTCTGCCGCCGAAGACGGAGTTTCGTCGGAGGACCCGCCCATTGACGCCAGCACCGCCACTGTTTCGGTTGCCACCGACTCGGACTCAGACGGCCAGGACGACCTTGAATGTCTCAAGAGAGTGCAGAGCCTCTACCAGCCTCTATCCGTTCTTCCGCCGCTTGCGCCGTTGGCCTTGTCTGACGATGACGACGACTTGGATGACCTCGAGACGGTGCGCGCCATCATGAGAAGGTTTGGCGACTACAACGAAGGTATTTGAGCTTCCTATGTGCGTTCTCGCTGTTGAATTTTGATTCCGAATACGGTAGTAGTTCTTGTGGGATTCCAGTATGAGAGAGATCCCAAATTCAATCCATCCATGTTTCCCTCTGTTGTAATGCAAACTTTATAATAACTAATTCATCATACAAAATCTCTCATCATTGAATTCGGTTTTGTTACATAGTTTAGATGACTTAGGATTAAAGTTTTTGAGATTATGGGCCTAACTTAACTCATTGTTCAAAACCCTTGTATTTAGCGTTATAAGCACTTATCAGGCACTATTTCTAGTTTCTAGTCAATGCCGGACCTCAGTTTTCCCTAATAAGGACATACTACTTCTAGTCAACTGGGACTTGGTGTTTTACCTTATAATGTTTGTATATTCTCTTAATTTTCTTGTTACCAGTTCTACTTTAGCTTTTGTAACAAACTTGGCATGGTAACAATATCAGGTTTGCATGAAGATGGAAAGAAAGTGTTGGTTGAGGAGGATCAGACCTCCAGCATGGGCTGTGAGGGTGACGTTGCTAATGGCTCAACACATAACGAATCAGATGGTGGTAAATTATATCCTATTTCTCAAGATCCTAAAGAGGCTGCCACAGAGGAGTTGATTGAAAACATTGAAATGCAGCTTAGTGAATTTGTTGAGAGTTCTGAACCCGATGCAGGGGAGTCATCTAGATTACCACAGAAAAGATTGAGCTTTCCTCCTGTTGTTCAGTGCTTTATTGATGCCATTAAGAAAAATAGGGATTTGCAGAGATTTCTTAGAGGTAAGTTAATTGAGCTTGAGGCTAAAATTGAGGAAAACAAAAAGATAAGGAATAGAATCAAAATTCTTAAGGACTTCCAGGCTTCGTGCAATAGAAGAACAGGGAATGTGTTATCACTGAAAAAAGATCCACGTGTTCAATTAATATCTGCAAAAAAGTCTTCTGTTCCAAAGAAATATAAGGTTAGTTGTGTGATGCTTTTACAGTTTACTGAAGTCTGAATTATTATTTATACTATTTCATTATGAAATAATGGTACCAGTCATTTATAAGTGGATACTGTTCAAGATTCTCTTTCACCTGAAACTTAATTTTTTAATTACGAGAACTATAGATGTTATCTGTTTCATACAGTTTAATGAGTTTGAATGGTAATATGAAGTAGGTATGGAGACAAAGGGTTCTCTCCTGTGAAAACCTAGATACTTGAAAACATGGGTAATATAAAAATGGAATGGAGAGGAAAGGTTCTTAAAAGTTCAAGATATGGTACAGCTTATAAATGCTAACATGAATTAAAAGAAAAAAAAAACTACATCATGGTTACCAATCTCAAGTAGTAGCATGTGGCAGTCATTTTTGAAGATACTATAGTGGGAAACAGGGATAACACAGACTAAATAATTTATAGTACACATATACTAAAGAAATACACAAATAAAGGAATTCATGGTAAAAAAAACATTGGTGGCCTTCAAAAAGTGAAAACTGGTGGTGAAATTTGTTGAAAAAAACATTGAAAATTAGAGAAAAAAATAGCAAAATTTGAACTGGAAAGTCCCATAGAAGAATGGAGTACAGGAAAAAAAAGATAATCCTGTAACATTTGAAGGAACATAGGTTAAAACAGAGGTAGTTCTTTTGTGGAATGGTTAAAAATCCTTGTGTTTCTGGAGAAAAAAATGCTTTAGAAAATTAGCGAGAAATCACAATTTTACTCCCAAAACCCTAAACAAAAGTTTCAGTGTAAAGCTTGGTTTCAAAAGCATGTAGGTAGTTTAGTTGTAATCTATTTAGTGGCTGGTATCATAGCATTTGTGAGCTTAGTATGTCAGAGTGTCAATTGTCAATGATTAATTTTAATATCGGCAATCCTTGATTTAACTCTTTCCTGGCAGAAGCAAAAAAGGGTACCTGCAATGTGTTATGGCCCAGAAGAAAATTCTCATGCCGCTAATTATAGAATGGTATTGGAAAGATTTCCATTTTCATTAGATCGGAAAAAATGGTCCAAGGTAGAAAGGGAAAATCTTTTGAAGGGAATTAAGCAACAGTTCCAAGAAATGGTGCTTCAACTCTCACTTTCAATTGATAGAACTAGGTAATATCAATTCTATTTTGTCCTATGTTACTGAATCACTAACTGCTGCTGGACCAATGTGACCCTTCCCCTGTTGTGTTTTGAATTTTCCCTTGATGCACCTCCTCCTTTACAGTTCAGAGGAATTGCTTCGGGAGGCAGATGACATGGATAATATAATTGCATCTGTTAAAGATCTTGAAGTCACACCAGAGAGGATTAGAAAATTTTTACCTAAAGTTAATTGGGATATGATAGCTTCCATGTATGTTGGTGGCCGTACTGGTGCTGAATGTGAATCAAGGTATATAATTTGTAATTCGTGAGCTTTTCATTTATGTTTTCGTGTGCATGAAAAGTTTGATCTTTTCTATGATAAAGTATTTTATGTTTCTGATATTGGTGAACTGGTGCTGAATTTTAATCAAAGTATAATTTTACTAATTGGTGAAGTTTTCTTGTGTGTTTGTATGCATGAAAAGGTGGTTCTTGCTTATTATAAAGTGTTTTATTTTACTGTTATTGTGCTATACTCGTGCTTCATATTTGTTCTAGCTACCTACATTGGTACTGCTTTATTGATACATTGTGGATTGAACATTTTCAAATTATTTCTATGAACATATATAAGAGCTGCTAACATTGATCTTTAATGAAGTAGGTGAAAGAATAGATTAAGGTAGTATTATGATTTAGTAGAATCATGTTTTGGTGGGTTTGGGGACAACAAATTGACAAAGCGCAATCCCTTTAAATAGGGTCAGCTTGTGATGAAATTATGTAGCTTCCGTATACAACTTGTTTCTTCGGGTTGGGTATTAAAATGCTCTATCAATAATAATTTATCACTGGGGGATAATGTTAGGAATAAAAGAGAATGAGTTAGACACGTGTGAGACACGTGTAAGGAGAGTAATATGTTATAGTTGTTAGAAGAGAGAGAAGGTATAAATAATAAACTAAGTAGGGGGAGAGGGGGATCGGAGAATTTGTTCAGACTGGATATTTTCCAGAGGAGGAAGGTTAGGCTTCCTTGGGGTGATTCTTGTATTCTGATTCACTCATTCATCATTAATACATATATACATACTTTTCCATTCTTTATTTGAGAGTTGTGGTGAGAAGAGAGTCTTGATTAGGTTATTGGCATAAAGTAACCTAACAATTTGGTCCGACCTGCCGGATCCAAATCGGAGGAGTTGCGCGATGGAGAACAAGATGAAAGCACTGGAGGAAAGGTGGGAAGGAAAGTTCGAGTCCATGGAAGCCATGTTGGAAGAGATTCGAGAGGAGATGAGAGGAAGGGCTCGAAAGGAGAGTCGCGACCGTGGAAGACGAAACATTAATCGCGACCGTGGGAGAAGAAGGAACCAGCGTCGGAGCTCCGAAGGGAGTCGCGATTCCGTCAACGCTGAACGCAAACGGCGACCACCAGAGAAGTCGGAGGACGAAGCGGAAGAGGACAGAGGAGACGTGCAACGTAGCGGGATGAAACGCATTGAACTCCCAACATTCGAAGGAGTGGACCCCAGGGGCTGGATCGCGAAGGCAGAGAAATTTTTCGATCTACAGAACTTGACGGAGAGGAAGAAGATGAAGTTGGTATATACCTGTATGGAGAGAGGCGCGAGCTACTATTGGATTCGTTTCTGGCGGAAGAAAACCCGACATCCAAATTGGAAGATATTCACGGAAGCGCTGACGCGGAGGTTCGGCGAACTGAATCGAGACACCGTTTGTGAGGAGCTGGCAGCGGAGCTACAGGAGGGAAGCGTCAACAAGGACTTCCAGGAGTTGGGAAATTCGGTGCCACAAGCATCGGGAAAACCAGATCACTCATTTTCTGTTTCTGTCGATCTTGGAGCTGGCATTATAAATGGTGTTGAGGCTGTGGGGGCTATTGAGCGAAGATCAGATACTTATTCGTTGATTGGTGATCCGTTCGATCTTGGGTCGACAATGATGAACAGTGATTGCTTTCGCAATGACAAAGAAACCAAACAAAACAATTCGGCAAATAGACCATTTAATTCCGAAAGGGACAGTTTGGTGGAAAGAAAGCTGGATGAGGATATTTTGAACTCTCAGGAGAGGAGGGTTAGGGATTGGCACTACACTCACTTGGAGCATGATTGTGCTGCTTCACTTAATAATGTTTCTCTTTCCGATTGGAATCACGATGAAGTGTATAGGAGTTTTGGAGGAGATCATGGTATGATTATAAGGGGTCACAGTTTCGTTGTTAAGTATCTGGGAGAAAGAATCACAATTCCCTTGAACCACATTGTAACAAATGTGTCAGATGATATCAAGGAGCCTGGTCAATATTATAAAATCAAAGTTTCTACAGCAAATAACAACGATTTCTTTGGTGATACTGTTCTTGTTACTGTTTTACTGGGCAGTTTGAAGGCTGGAACTATACAGTGGTACCCACCTTTGCCACAATGGA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