Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_16858	LG4	29405722	29406573	PREDICTED: protein BASIC PENTACYSTEINE2-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/C	29405821	synonymous_variant	p.Leu251Leu
A/G	29405833	synonymous_variant	p.Phe247Phe
C/T	29405907	missense_variant	p.Val223Ile
C/G	29405938	missense_variant	p.Trp212Cys
G/A	29405973	missense_variant	p.Pro201Ser
A/T	29406200	missense_variant	p.Val125Asp
C/T	29406291	missense_variant	p.Gly95Ser

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_16858.1

MDGDNGLNIRNWGYYEPATSFKSHLGLQLMSSMPEKPLIGGRNAAVLSATNGAFHHRDIGMSHATYPMEYVRDAWISSQRDKYMNMIPTNHNYGGIPETSSAHQIQMIPPPELPKEEREVEEEAVVEKATGGSRKKRQSPKVPKSPKAKKSKRGPRVPKNENAPTVHRARVPKKTTEIVINGIDMDISSIPIPVCSCTGAPQQCYRWGSGGWQSACCTTGMSVYPLPMSTKRRGARIAGRKMSIGAFKKVLEKLAAEGYNFSNPIDLRTYWAKHGTNKFVTIR*

CDS Sequence:
>Vu_16858.1

ATGGATGGTGATAATGGTCTCAACATCCGTAACTGGGGTTACTATGAACCGGCCACATCGTTTAAGAGCCATCTGGGGCTGCAGCTGATGTCATCCATGCCGGAAAAGCCTTTAATCGGAGGGCGCAATGCTGCGGTTTTATCTGCTACAAATGGGGCATTTCACCACAGAGACATTGGTATGTCCCACGCTACATACCCTATGGAATACGTGAGAGATGCTTGGATTAGTAGTCAGAGAGACAAGTATATGAATATGATACCTACAAATCATAACTATGGTGGTATTCCAGAGACATCTTCGGCACATCAAATTCAAATGATTCCACCGCCGGAATTGCCGAAGGAAGAAAGGGAAGTGGAAGAGGAAGCTGTTGTTGAGAAGGCAACTGGGGGCAGTCGTAAGAAAAGACAGAGTCCTAAGGTGCCGAAATCTCCCAAGGCAAAGAAGTCCAAGAGGGGCCCTCGTGTGCCAAAGAATGAGAATGCTCCCACAGTTCATCGTGCAAGGGTTCCAAAGAAAACTACTGAAATTGTAATAAATGGAATAGACATGGATATTTCTAGTATTCCAATCCCTGTTTGTTCATGCACGGGAGCACCTCAACAGTGTTACAGATGGGGCTCTGGAGGGTGGCAATCTGCATGTTGCACAACAGGCATGTCAGTTTATCCTTTGCCTATGAGTACCAAGCGGCGTGGTGCTAGGATAGCTGGAAGGAAAATGAGTATAGGAGCATTTAAGAAAGTTTTAGAGAAACTTGCAGCTGAGGGTTATAACTTTTCTAATCCTATTGATTTGAGGACTTATTGGGCAAAACATGGCACCAACAAGTTTGTCACTATTAGGTAG

Promoter Sequence:
>Vu_16858::LG4:29406573-29408573(-)

AAGTAGTATAATAACTGTCCTGACAATTAATATTTATTATAGATTTAAAATATAATTTATATTCAAAGATGTGTATTTTTTTATTTTCAGCTATAAAATATATTTTTTCATTAATTTATTTAAAAATAAATCCAGTTGAAATATACTAAAAAAATATTATTGTGATAGTATAATACTAATTCTACTCATAACAATATATAAACGATACTCAGCTTGGAGATATGAAAGAAGGCGACAATAATTAGTATAATGATAAAATTATATAAATAAATATAGATTTGTTAGTAATGAAAAATAAAAATCATTGTTAAAGTAATAAGTTGACAATTTTTAAAATTAAAAATTATATTCATAATTGTTTTATATTTTATTATTGTAATATGTGTATGGTCAAGTTTTTTACTTCATTCAATTTTCTTCACTTTTCAATTTTATTTTCTTACTCTGTGTTCTTTTAACCAATCAGGTATGTCTATTAAAGTTAATTCAGTACTTAAATGTGTTATAAAATTCTCAAGAATTATATTTTGGATCTGTATTTATAAATTTTTCATTGGATTTTCATTAAGTCAATCTAATTATGATTTAATTCTATTAAAATACTTACTAACTTATTTAATTAGTTAAATCTAATGAACACTTCCAAATCTCCTCCAATTTAAACAATCAATTTAGAAAGTTTAATGAGCATACATAGAGATTAGTATATATCATACAACAATGAATGTAAAAGCATTTTAGAACAAAGTTAAAAACTATTGAAACTTCGTTCTCTTAACATATTTTACTATTCCTTAAAAACCATGTTTTATTTTAAAATTTGTTTTTGAAAATCAAATATCAAGAGACAGATAACCATCCTGAACATGTCATAAAATAATCAAATATTCACATTCATTAAATACTCCACAAAAAAGTCATTAAATTTTTAATCCCATTAGTTTACTTCTTTTTACACTTCCAATTTTGTCAAATTGATATAAAATTAAACATTTGTTGCAAGAATATGCTATATATGTTCCTGTTGCCTTAGAATTACAACTCAATATTAACAGGTAACTAAAGTTAATAATTTTCATTAATTAGTAACAAATGTACAACTTGCAGATTACAATTATATTTTTCAGTAATTTTCATAGTACTAAAATAAAATGGAAAATTGAGTTATCATGATCATGTCTACAGTGTCTGGTATACTAAAATGGAAAAAGAAATAAAAACACATTTAAAATGGGGCAATTGGCAGAGGAAGAGGAAAGAGGAACTAAGTGAATAATTATTTATGCTGCGCTGACTAAGTATTGGTCTAAGCAATTTGCACATTTTGCATTTGAATACAATATTTTAAATATTACTTTAATATTAGAATCTCATAAATGTTTTTTTTAATGTTAAGATTAGATTTTAAGATGGCGTGCAGACATTTTTGTTCCTTTGCTCTCTTCATTTTCCATTCGTAGAGGCCAAGAACCCTAACAGGTGCTGCTCCCTTCTCCCTGCTCATACATTCTCTTGCCCTCTTATTTTTTCTTTAAATCATTGCATGGGTTCACATCAAAATCTCTTTTTTCACCCATTTTTCCACTTCCATTTTAAACTTAGATTTTGTTGATCTGCTTGGTTTTTACTTCAAAGATCTGATTTTTCTTTTACCATGTTTTCATGTTAAAATGGATCTTGATCAAAACCCAGAAGCTGAAATATTTGGGGAAGGTGGTTTTGCATGTGTGCATTTATGGGATTTGTATGATTTGTCCCCTTTTATGGTTTGACTTTATTTGAGCTCAAACAAAGGTGAGTTTTTAGGTCAGACAATTGCATTCTGCTGTTTTTGTAGTTGTAGTTGTTTCACTCTGTGTTTCCCATCTTAAATGTGTTCTGTTTTGAATTGTGTTGATTTGTTAGGAGAATGCAATGGACTTGAACAATCTGAGGTTATTTAAATAGTGTACACTCACTGCATTGTATACCTGCAAATAGTTTCATCATTTGGTGTTGTG

Gene Sequence:

>Vu_16858(-)