Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_19548	LG5	8866347	8870109	PREDICTED: scarecrow-like protein 9	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component	is active in	nucleus
Cellular Component	located in	nucleus, nucleus
Molecular Function	enables	DNA-binding transcription factor activity, sequence-specific DNA binding, DNA-binding transcription factor activity

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/A	8866957	missense_variant	p.Phe39Ile
T/C	8866998	synonymous_variant	p.Pro52Pro
G/T	8867169	missense_variant	p.Glu109Asp
G/A	8867943	synonymous_variant	p.Leu367Leu
T/A	8868199	missense_variant	p.Ser453Thr
G/C	8868271	missense_variant	p.Gly477Arg
T/A	8868275	missense_variant	p.Ile478Asn
G/T	8868283	missense_variant	p.Gly481Cys
G/T	8868826	missense_variant	p.Gly662Trp
T/A	8869127	splice_region_variant&intron_variant
G/A	8869228	3_prime_UTR_variant
G/C	8869732	3_prime_UTR_variant
T/A	8869733	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_19548.1

MQRLVIMDPRLCGFNGRPNEVRLGNQRFENGFFDQSRDFGYLQSNLVPSKTPSSSSVLTHEEPSPEECEFSDAILSYISQILMEEDMEDKTCMLHDSLDLQIAERSFYEVIGEKYPSSLLGNPSPVDPGGGVGDHNFSENYGTCSYNDGDLSSIFTNFRQNLGELPNHNLRGNSISQSSCSSSNSVISSVEGPVDSPSSILQVPDLNSESQSILQFQKGVEEASKFLPSGNDLFANLGVANFSKLEPKMGCDELSVKVEKDVGESFLAGSKGRKHHLSEEVDFEENRSSKQAAIFSEPTLPSSSIDVILLHSLGDGKKVFMARREALQTKNDKIALSNGKSKASNSGKGRSKKQSGKKEVIDLRTLLVLCAQAVAADDYSGAHESLKRIRKHSSPFGDGNQRLAHIFADGLEARLAGTGSQIYKGLVSKRTSAADFLKAYHLYLAACPFRKMSSFISNVTIRESSTNSARVHVIDFGILYGFQWPTFIQRLSLAVGGPPKLRITGIDFPQPGFRPAERIVETGRRLAAYAESFKVPFEYNAIAKKWETVQLEELKIDREEYLVVTCFYRGKNVLDESVLVDSPRNKFLSLIRKINPDLFIHGITNGAFNAPFFVTRFREALFHYSSLFDMLETIVPQEDWERMLIEKEIFGREALNVIACEGCERVERPETYRQWQARILRAGFSQQSFEHALVKRAIEKVSTSYHKDFVIDEDSQWLLQGWKGRIVYALSCWKPA*

>Vu_19548.2

CDS Sequence:
>Vu_19548.1

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>Vu_19548.2

Promoter Sequence:
>Vu_19548::LG5:8864347-8866347(+)

AATTTGATTTGTAGTGTGTTTAATCTATTGTCATATATATTTATATATGTAAATGGGTAAAAAGTTATGAAATCGGTTAAAAAATAGGGTTTCGATAGGTGACATTCTAAAGTAATCAATGTGGGAGTAAACTTAGTGTTTGGAGTCTGTCTTGAGATCATCTAGGACTTGTTTAGCATCTTAGTGCACCAAAAATATGACTTGTATCTTGTAAAACCTAATATCTTGAGTTTTGATGTGTGGTTTGATATGATGTGTCTCATTTATGGCCAAATAAGTAAAATGGTATTCCATTTTGGATATAAACATGTTTTTGAATCAATTTTAATGTCAAGATACAATTTCAGTCATTTGGATATGTATTAGGGGTAACTAAATTAGAAAAATCATGTTGCTATAAAAAAACTAACATGAATTATCGATTATTAGACCTGATAATCGATTATTTCATTCAAAATTGCATCTTTGTTGAAAAACTCTCTGGAATAATCGATTATCAGACCTGATAATCGTTGTAGTAGGTATTTTGAGATAATCGATTATCAAATCAGATAATCGATTATTTTAGTAGGTATTGTTGTCTTTGCTCAAAACTCTTTGGAATAATCGATTATTAGGTTAAATAATTGATTATCTCATAAGAAAATGGATATTTATGGTTTACGAACATGTTTATGTATATATTTATTGTTGATGGTTTGATGGTATGTGTGATGTGTCATGAAATGCAATTTGAATATTAATATGTATGCTAGTTGTTCACACATGATATGATGGTTATGATGATATGTATAGTTTTAATACATATGAATGCTTTATGGATGGTAAGTGTGGATTAAGTATGATGTGAAAAGGATTCCATGGGAAAATCCTTATGGTTATTATGTTGTGTTATGTATTAAAGTAGGGACTTTGGGATGATTATGATACTCTCAATAATTCCCACTCTCAAGTAGAAATGAGTGATTATGTCGTGGAGAGTAACATGAGGTCCTTAGTCTAATGGACATGTATTGGCCATAAATGTTTGACGAATCAACCTTGGTGTGTGGTAGTTTGTGGAGTGGTAGTATGATATGGGAAGTTGTTTCACCACACACAGAACAAGTCTCCCATGAGTCTGACATCAATGCATGTATCCGGATGATGTGAGTTTAAAATTGATATGATTATTTTTGTATTGTTTGATTTAGATGATAAGTGTGATATTATTGTTTTAAATCATATAAATGCTCTTTTGGTACTTTAGTTTATTTTTTTTGTTTCTGTTTGTTTCATACGTGTGTTTGTTTTATCTTTTTAATAATCACCTAATGTGAACTGGACGTTTCTGATTAGGAAAACTAGTTGGTGATAAAATTAAAGTTTAAAGTAAAACGTTTCATCATTCCTGTTTTGTATTAAGTTTATATTACGCTTTTGATTCAGTATAATATATATAAGATTATATATATATAGTTATAATATATTATATTTTGAATAATTATAATAAACACTAATTGTTATAATTTTTCTCTTCAGTTTAATTATTTTTATTAAGCAGATTGAACTAGATAAGAAATAAGTAATTATCAAATTATACACAAAAAAATATTTATTTATCCCTTAATGTTAGTAAGTATAATCAATTTTATATATCTTATTGAGAGTATATATTTTATTGAGAGGGAAAAAAAAATTCAAAGAGTGGAATCAAATTAGAACTATATGACTGTAATTAAATATATCACGCTATAAAAGAAAGAGCAAAAGGGAAAAAAAGTGAAATTTATTAGTTAAGTGTTTTAGATTGGTCAATAATTCACATATCAATAATTTTTTTTTTGGAAGCAAAAAGTTTTTTAAGATAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGAGGCTTCCTTAACATAACCTTTTCGCGCTCTCATTTCCTTACTGTCTCTCTCATCTTTCTCTCCCTCTT

Gene Sequence:

>Vu_19548(+)

TATGCTTTCTCTCGGAACTAGTGTTCTGGTGGGTCTCCAACGAGGTAAACAAGTTTGTCTCTCTTCTGGGTTGTAACTTCTTTGTTTTTCTGCTTTTTGTTACACCTTCACCGTTTGAGTATGACTTTTATGGTATTTTTCTCTTTTTCGTTTCTCTCTGTGTTTATTTAATTTTCTTCCAATTATCGAGCCTCGTGTTTGAAACGCAGCCTCTTGGTCTCGTCTACTATGCGGTGACTTTTTTTTTTCTTTTTCTGTTTTGTGTGTTTTGTTTTGTTTTGCCTTGTTTGATGATTTTGGTGAACTCTATCTGTTTCTCCATTTTGTTTTACTCTTCTTGTTCCTTTGTGCATAGACTGACACACTTGAAAGTCATGACACGTGCTCAGAGGATTTGGTTTAAAGGTTTGTGTTTTGATGCTTCTGTTTTGGTTTCTGAAGGACTTTCAGCAGAGACCAGAAGAAGGGTTGTTTGAGGACTAAAGTTTGAGCTTTTATGCAAAGATTGGTCATAATGGATCCACGTCTTTGTGGGTTTAATGGTCGCCCTAATGAAGTCCGGTTAGGAAATCAGAGATTTGAAAATGGTTTCTTTGATCAAAGTAGGGACTTTGGTTACCTTCAATCCAATCTAGTGCCTTCCAAGACGCCTTCTTCATCCTCGGTTTTGACTCATGAGGAACCTTCTCCGGAGGAATGTGAATTTTCTGATGCAATTTTGAGTTACATCAGTCAGATCCTTATGGAGGAAGACATGGAAGATAAGACATGTATGCTGCATGACTCTTTGGATCTTCAAATTGCTGAGAGATCATTCTATGAGGTGATAGGTGAAAAGTACCCTTCTTCGCTTTTAGGAAATCCAAGTCCTGTTGATCCAGGCGGTGGGGTTGGGGATCATAATTTCTCTGAAAATTATGGTACCTGTTCTTACAATGATGGTGATCTCAGTAGCATTTTTACTAATTTTCGTCAAAATTTGGGGGAACTCCCTAACCATAATTTACGAGGCAATAGCATTTCACAGTCATCTTGTAGCTCTTCAAATAGTGTGATAAGTAGTGTGGAAGGACCTGTGGACTCTCCAAGCAGTATTCTCCAGGTCCCTGATCTGAACAGTGAGAGTCAATCCATTTTGCAATTTCAGAAGGGTGTTGAGGAAGCTAGCAAGTTTCTTCCAAGTGGAAATGATCTCTTTGCTAATTTGGGTGTGGCTAATTTTTCAAAACTGGAGCCTAAAATGGGGTGCGATGAATTGTCAGTTAAGGTGGAGAAGGATGTGGGGGAGTCTTTTCTTGCTGGGTCCAAAGGAAGAAAACATCATCTCAGTGAAGAGGTGGATTTTGAAGAAAATAGAAGCAGCAAGCAAGCTGCAATTTTCTCCGAACCTACATTGCCATCATCTTCTATTGATGTAATCCTGCTTCATAGTTTAGGGGATGGTAAGAAGGTTTTCATGGCCCGTCGTGAGGCTTTGCAAACTAAGAATGACAAGATAGCACTGTCAAATGGTAAATCAAAGGCTTCCAACAGTGGTAAGGGACGTAGTAAGAAACAAAGTGGGAAAAAGGAAGTCATTGATTTGAGAACACTTTTGGTTCTTTGTGCACAAGCTGTTGCAGCAGATGACTATAGTGGCGCACATGAGTCTCTAAAGCGGATCAGGAAACACTCAAGCCCTTTTGGGGATGGAAATCAGAGGTTGGCCCATATCTTTGCTGATGGCCTTGAAGCGCGCTTGGCTGGGACTGGTAGCCAAATTTATAAAGGACTTGTGAGCAAAAGAACATCAGCTGCTGATTTTCTGAAGGCTTATCATCTGTATCTCGCTGCTTGCCCTTTTAGGAAGATGTCTAGTTTTATCTCTAATGTCACAATAAGGGAATCTTCCACAAATTCAGCGAGAGTCCATGTTATAGATTTTGGTATCCTTTATGGTTTCCAATGGCCTACTTTTATTCAGAGACTTTCATTAGCAGTTGGAGGACCACCTAAACTTCGAATTACAGGAATAGACTTCCCACAACCTGGTTTCAGGCCTGCTGAGAGAATTGTAGAAACTGGACGCCGCTTGGCAGCTTATGCTGAATCATTTAAGGTGCCATTTGAGTATAATGCTATAGCAAAAAAGTGGGAAACAGTTCAGCTTGAGGAACTGAAGATTGATAGGGAGGAATATCTTGTTGTCACCTGTTTTTATCGTGGTAAAAATGTGCTTGATGAATCTGTGCTCGTGGACAGTCCGAGGAACAAATTCCTCAGTTTGATAAGGAAGATCAACCCGGATTTATTCATTCATGGCATTACAAACGGAGCCTTTAATGCGCCTTTCTTTGTTACTCGATTCAGGGAGGCACTGTTTCACTACTCTTCACTTTTTGACATGCTTGAAACTATTGTGCCTCAAGAGGACTGGGAGAGGATGCTAATAGAGAAAGAGATTTTTGGCAGGGAAGCATTGAATGTCATAGCTTGTGAAGGGTGTGAGAGAGTAGAGAGGCCAGAGACATATAGGCAGTGGCAAGCCCGGATTCTTAGGGCTGGATTTTCGCAACAATCTTTTGAACATGCTTTAGTAAAGAGGGCAATAGAGAAAGTATCTACTAGCTACCACAAGGATTTTGTTATTGATGAAGATAGCCAGTGGTTGTTGCAAGGTTGGAAGGGGCGGATTGTTTATGCCCTTTCTTGTTGGAAACCAGCATGACTAATCAAGATGGTACAAGTGCATCTCACTAGGGCTTTGCAAATTGGTTTGACTCTTGAGGAGCTCAGGTACTTCTATCATCCACTTTCTCAGTTCTGTCCAACAATGGTGGTTTATTTCATTGTTGTTTGATACATCTTGAACTAACTTCAATTTCATAATTATTCAGGGTGTGTCCAATATAGGGTTCAAGATAAAAGCAAGGGTTCAATCTGAGTTCAGTTGGGGAAAACAGGGTTACTGAATAGCCTGGTATGACAGTAGATAATCCATGTTATTCCTATTGATCATTTTGAATTCCGTTTTATGATACCTCACGTGAGGGCTGTCTTATGATCATGATCCAATCTAATGTGGCGGATGAATTTAGCATGTAACAAGAACAATTATTGCTGTAACTCATTTTGAGCTTCTTACCTTAATATTTCTGATAGTTTACTACTTAACTGAAGATAATGGCTTGTGTATTTCCTCCTAGCCATTAATGTAATATTTACTTTGGGAGTAATGTTGCACACCAGATGGCATGTTGCTATTCCAGCTGTGTCAAGGGCAAAAGTGACTAGGTCCACCTAGCTTTGATGCTGCAATTGGTCAAGTCTGGAAGTGATGTGAAAATTGTAGATCTCTTCACATTTGCTTATGAAGACTTGTTTCAACATTTGACCATAATGGATGGTGGGGCCACTATTTAGAAATTTGAACCCTGTTACTGGTACAGAGTTTCCTTGTTGAATTATTACTGGAGAAACATTTTCTCAATGTATGATTTCATTTGAGGGTTACATTTACTACTTATTTGAACCCGTACTCAAATCTATAGTTGGTCAACATTCATCGTTCACAATTCACCATTTGGCTTTCCCTTTGGTGGATTAGCTGATGAAAGTTGTTTTGTAGAACAGTGGTGGCACGATGATTTGAACACGTTCCTAGGATGCTATTGAAAGCTTTCACCACTAGCTCATTCTTGTAACTTGAAGCTATTGAAAGTGCATCAGAAGAAATTATATTTTATGCATTCTGCTTTCACAATTTGTTAAGGACTTAGTTTTT