Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_19738 LG5 12029028 12036432 "PREDICTED: uncharacterized aarF domain-containing protein kinase At1g79600, chloroplastic-like "
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   plastoglobule organization, response to water deprivation, chloroplast organization, response to photooxidative stress, protein phosphorylation, protein phosphorylation, response to photooxidative stress, cellular response to nitrogen starvation, regulation of tocopherol cyclase activity, cellular response to nitrogen starvation, cellular response to nitrogen starvation, response to water deprivation, cellular response to nitrogen starvation, response to photooxidative stress, protein phosphorylation, response to water deprivation, response to high light intensity, response to red light, protein stabilization
Cellular Component   located in   plastoglobule, mitochondrion, plastoglobule, plastoglobule, plastoglobule, plastoglobule, chloroplast, plastoglobule, chloroplast
Molecular Function   enables   protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, protein kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, protein kinase activity, protein kinase activity, protein binding, protein serine/threonine kinase activity, protein binding, protein kinase activity
Pathway   B 09181 Protein families: metabolism   C 01001 Protein kinases [BR:ko01001]
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 12029693 synonymous_variant p.Leu147Leu
T/A 12029763 stop_gained p.Leu170*
T/A 12029800 5_prime_UTR_variant
G/A 12029943 5_prime_UTR_variant
G/C 12029969 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
T/A 12030291 5_prime_UTR_variant
T/A 12031090 intron_variant
A/T 12031470 synonymous_variant p.Ala368Ala
A/T 12031476 synonymous_variant p.Pro370Pro
G/T 12031503 synonymous_variant p.Pro379Pro
G/T 12031506 missense_variant p.Glu380Asp
T/C 12031623 synonymous_variant p.Arg419Arg
G/A 12032044 intron_variant
A/T 12032351 intron_variant
G/T 12032476 missense_variant p.Leu568Phe
A/G 12032477 missense_variant p.Ser569Gly
T/C 12032485 synonymous_variant p.Asp571Asp
T/A 12033058 intron_variant
C/A 12033253 intron_variant
G/T 12033434 intron_variant
G/A 12033761 intron_variant
C/A 12034017 intron_variant
T/G 12034027 intron_variant
A/G 12034199 intron_variant
A/T 12034582 intron_variant
T/A 12035238 downstream_gene_variant
C/T 12036186 3_prime_UTR_variant
C/T 12036187 3_prime_UTR_variant
C/T 12036189 3_prime_UTR_variant
C/T 12036191 3_prime_UTR_variant
T/A 12036333 3_prime_UTR_variant
T/A 12036342 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_19738.2
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>Vu_19738.1
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>Vu_19738.3
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CDS Sequence:
>Vu_19738.2
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>Vu_19738.1
ATGGCAACGGTGGCGCAGCCGTGTCCTTCATGGACGAGCGGTTCTGTTCCGCTCTCCAAGCGCCTCACACGACGACGTTTCAGGGGCAGAATCAACACTCTCACGCGCCTCACCCCACAAGCTGCTCTGGTCCAAGCACCGCCTCCACCTTCCGCGCCCAGAGACAATAGCTCCATTCAGGTCCTCACCCTGTCACGTGCCAATGACTTGCAAGCCGAGGCCAGAGCCATGACACGCGCGGCCAATGCGTCTGTCTACAACCCGCAACTGATAGCGTCCATGTATGGCTCCCAGCCCGCTAAGGTGGTGCGGAGGACCCTTCAGATTGTAGTTGCGTTGGGTTCGTTTGGGCTGAAGCTGTTGCTGGACCAGAGGAATGGAGCGCTTGATAAGAATAGAAGAGTTCGTGCGTCTGAGCTTAAGAACATATTTACGAAGCTGGGCCCCACTTTTGTGAAATTGGGTCAGGGATTGTCCACAAGGCCTGACATATGCCCACCGGAGTATTTGGAAGAGCTTTCTGAGCTTCAAGATGGTTTACCTACATTTCCTGATGAGGAGGCCTTTGCATGCATTGAGAGGGAATTGGGTCTATCTCTTGACTCCATATTCTCTTCTATATCACCATCACCCATAGCAGCAGCCAGTTTGGGACAAGTTTATAAAGCTCAGTTGAAGTATTCAGGAAGACTTGTAGCTGTGAAGGTGCAACGCCCTGGTATTGAGGAAGCAATAGGATTGGACTTCTACCTGATAAGAGGTCTTGGGCTTTTCATTAATAAATATGTTGACATAATCACTAGTGATGTTGTTGCGCTTATTGATGAATTTGCACGTAGAGTATTTCAGGAGCTCAACTATGTGCAGGAGGGACAAAATGCAAGGAGGTTCAAAAAATTGTATGCTGACAAGGAAGATATCTGTGTCCCTGATGTTTTCTGGGATTATACTAGTGCCAAAGTACTGACGATGGAGTGGGTTGATGGAGTCAAACTAAACGAGCAGGAAGCTATTGAGAGACAAGGATTAAAAGTGTTGGATCTGGTTAATACAGGCATTCAGTGCAGTCTCAGACAGCTACTTGAGTATGGATATTTCCATGCAGATCCACATCCTGGGAACCTTTTAGCAACACCGGAGGGAAAGCTTGCTTTTCTTGATTTTGGGATGATGAGTGAAACTCCGGAAGAAGCAAGATCTGCCATAATTGGCCATGTTGTTCACTTGGTTAACCGAGACTATGAAGCTATGGCTCGTGACTACTATGCTCTTGATTTCCTGTCACCTGATGTTGATGTATCACCAATTGTACCAGCACTACGAGACTTTTTTGATGATGCACTTAATTATACTGTGAGTGAACTTAACTTCAAGACACTGGTGGATGGTCTGGGAAACGTTTTGTATCAATTTCCATTTAATGTCCCAGCCTACTATGCTTTAATATTGAGGTCCCTCACTGTCTTAGAAGGTTTAGCACTTTATGCTGATCCCAATTTTAAGGTTCTTGCGGCATCATACCCATATTTTGCTAAGCGGCTGTTGACAGACCCAAACCCCTATCTAAGAGATGCTCTTATAGAGTTGCTTTTCCAGGATGGGAGATTCAGGTGGGGTAGACTTGAAAACCTGCTAGTCCAGGGGAGAATGGACAGAGATTTTTCTGCAAAAGAGGCTTTACAACCTGTCCTGAAGGTATTGTTGAGTCCAGATGGTGAAGAACTCAGGACCCTTGTTATTAAAGAAGCTGTTCAAGTGACTGAAGCTTTTACACTTAGCACAATTTCTGATACATACAAGTCAGTTCCTGATTTTATGAAGACTCTTGTTTTCAATGGCAATGCAAATGGACCCATTATAATGTCCGAAGTTGAAACACAAAACATGATAGAGCTTAGAGATCAAGTATTCAGGATATGGGGACTTTTGCAATCATCTAATGATTTTGATCCAGATCTTTTACTACCTATACTACAGGTTCTTCAGCAACCTGAGGCACGCAGACTTGGGGAACGTGTTATGGGGGGGATCACTCAACGTCTTGCAGCACGCTTTCTGCAACAAATACTTCGAGTTCCAACACCTTCCACATAG

>Vu_19738.3
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Promoter Sequence:
>Vu_19738::LG5:12027028-12029028(+)
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Gene Sequence:
>Vu_19738(+)
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