Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_19839 LG5 13900487 13905213 hypothetical protein
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   leaf shaping, leaf shaping, positive regulation of transcription, DNA-templated, negative regulation of auxin metabolic process, positive regulation of transcription, DNA-templated, positive regulation of transcription, DNA-templated, negative regulation of auxin metabolic process, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, positive regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   DNA binding, DNA-binding transcription factor activity, sequence-specific DNA binding
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 13901000 missense_variant p.Pro172Ser
C/T 13901001 missense_variant p.Pro172Leu
A/C 13901149 splice_region_variant&intron_variant
A/T 13901584 intron_variant
G/A 13901699 intron_variant
A/T 13902657 upstream_gene_variant
A/T 13902665 upstream_gene_variant
G/A 13902968 upstream_gene_variant
C/T 13903069 upstream_gene_variant
G/C 13903103 upstream_gene_variant
T/C 13903170 upstream_gene_variant
A/T 13903327 upstream_gene_variant
A/T 13904526 upstream_gene_variant
G/T,* 13904971 splice_acceptor_variant&intron_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_19839.1
MEFGGNIFCLSNRDQNGNTNANAFAWDSWQTTTSNNNNTPSRFLNAFNAPVTALTAPEGSAANRSEAAGLASALMFLPQNGGVLRHRQQQQQQQHPYGGDGSHVHPDPHLMCLKLGKRHYFEDASGTGTVSSAAAAATFGGGLVLGDKRGKGGYSGGGAAVKAVGLTTATVPRCQVEGCQVALVNAKDYHRRHKVCEMHSKAPKVVVLGLEQRFCQQCSRFHVVSEFDDSKRSCRRRLAGHNERRRKSSHDSVARNSSQGGCALSLLSSRSDSWLSPSDLSTRCSAALRELIAENRAAIMARQFVSDRDWHIQHHAVEDMKEIQPESNYFPQQMFPQTQ*


CDS Sequence:
>Vu_19839.1
ATGGAGTTCGGAGGGAACATCTTCTGCCTCTCCAACAGAGACCAAAATGGGAATACTAACGCCAACGCTTTCGCCTGGGATTCATGGCAAACAACCACTTCTAATAATAACAACACCCCTTCCAGGTTCCTCAACGCTTTCAACGCCCCCGTCACTGCCCTCACCGCTCCGGAGGGCTCCGCCGCCAACCGCTCCGAGGCCGCCGGGCTCGCCAGCGCTCTCATGTTCCTCCCTCAAAACGGCGGCGTTTTGCGACACCGCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACATCCGTACGGAGGTGATGGGTCCCACGTGCACCCCGACCCCCACCTCATGTGCTTGAAGCTTGGGAAGAGGCATTACTTTGAGGACGCTAGTGGAACTGGAACCGTCTCCTCTGCTGCTGCTGCTGCTACTTTCGGCGGGGGGTTGGTGTTGGGGGATAAGCGTGGGAAAGGAGGGTATTCCGGTGGCGGGGCGGCGGTGAAAGCTGTCGGGTTGACTACGGCGACGGTGCCTAGGTGTCAGGTGGAAGGGTGCCAGGTGGCGCTGGTGAACGCCAAGGACTACCACCGGAGGCACAAGGTGTGTGAGATGCACTCCAAGGCTCCCAAAGTTGTGGTCTTAGGGTTGGAGCAGAGGTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGGTTTCACGTGGTGTCAGAGTTTGATGATTCAAAGAGAAGTTGCAGGAGGAGACTAGCAGGTCACAATGAGAGAAGAAGAAAGAGCTCCCACGATTCTGTTGCAAGGAATTCTTCACAAGGAGGGTGTGCTCTCTCTCTTCTGTCATCTAGAAGTGATTCTTGGCTTTCTCCTTCTGATCTGTCAACAAGATGCAGTGCAGCATTGCGTGAATTGATAGCAGAAAACCGAGCAGCCATAATGGCGAGACAATTTGTATCAGACAGAGATTGGCATATTCAGCATCATGCAGTGGAAGACATGAAGGAGATCCAACCGGAGTCCAATTACTTCCCACAACAGATGTTTCCACAGACACAGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_19839::LG5:13898487-13900487(+)
TTATTTAGTCTTGTTTGTTTAAAGTCAAGTTTAAGCTTTTCAACTCTGCTACTCTCGTAGATAAACCTATATATAAAAGAACATGATAATGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATAATCCTAAATTAATAGAGATTTTTCTTTGTCTTAGAAGGGACCACATGCAAAACTTTTTGCCCTATGTATAAAAAAACACTTTCAAAAACTAACTCAAGAAAAATAGTAAAGAGAAATTTACTCTAAAAGAAATTTTGATTGGAGAGGCTTACTTTATTATTTATCACGATATTTAGAAAAGGAATAAATGAGAAAATATTTTTAGAAAGATGTTATTTTCTTCAATGAAATTTGAGTGATCATAAATATTATACTTAAATAATAAAATATTGATATTTTATCTCAGTACATCATCCTTGTACAACTTCACTAGTATACATCTATATTTTTTTTTTTATTTTTATCTTACAACCTAGATGTCTTTAATAAGAAGGAATATTTGTACCACCTTACGTAACACCTAACAAGAAAAGTCCATGATCTTGAGCAATCACTGTAAATAAAATTTATAATAATCGAATTATTCATCTAATCAATTATGTTAAAGTAGTAATTATTTATTTATTAATCTAAATTATTTTTACTTTATTTTTATTATGCAGATATTAATTATATAATGAATATTATCTATTATTATAGTTTATTTAGTATTTACAACTTTAATTACAATAAATTTATTATAATATTCATTAGTCAAATAGGCAATAAAAATAGTAATTTTATTAAATTTAATAACTTAACAATATTTATTAATTAGGTAATTGTGATTAAGTTATAAATTATTTTTTAATCATAAAATATATACTAATTAAATAATTAGCAAAATTAACAATACATATCCATTGAAAATTATAGAACTTATTTCTAAAGAATTGAATAAAAGAAAAACTACAAAAGGACAGCGTCGATTCGGTTGTCCCAATCCAACCGGAACACGAACTGGTACAGTAAAAGTTACCAGATATATAAATCTGGGTGCTGCAAAATGCTATATCGGGAATTCTTATATTTTTGTTTATTAAATAAGAAGAAGAAATGGTATGAGAAAGACAATAAATCGAGGGTATTATAAAATGAAGATAGAAAAGAAAAGGACGAAGGTGTAAGAGAAAAAGGAGAAAGAAGCTGAGGAAAAATTCAAATATTTAATTGTTGACTTCATATATGTATTAACCTTATTTAATTGAAGAAAATTTCGTGATAAAACAGGCGAGACATTAAGAACACTTAAAGTGGATATTTAAATAATGATAAGCTAGAAACTAATATAAAGGAAGAAACATTTTGTTGGTTTATTTATTATAAAAAAGATAATATATATATAAGTGTTAAACTAAAAATAAATAATATTTTATTGTGGTTTTGAAAGAGAGGAGCATTATTGAGCCGCGAAACCCAGTTCCATAATATCTGTGGGGAGGGCTTTCTGACCCGCTTGTGTCTTATCACTCTTTCACACACAAAAACACACACTCTCTCTCTCATCTCTCATCTCTCATCTCTCATCTCTCATGCTTTAACTTGGATCCGTTTACTATCATGACTCGGTTTGTTCTTACGTGTGGTCTTCGGAGCACTCCACCCATTAACTCACTCTCTCTCTAGGAATCACTAGCCCTTGCAGCTTTCCTCATGAGGGTACTTTAAACCCTCTCCATTGTACCAAAACACACCAACACAACCTCTAAGCTCTCTCTTTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCTCTTTTCACACCAACAACAAAGGATCTCACTCAGAAATGCTCCTTCGTCCCTTCCACTTCTGTTCCAACCCCATCATCACCACCCTACCCCTATTCTCATAGCTTCCCTATTTCACACGCTCTTCCCTTTTCTTCTTTTTTTCATTTTTTCTCAAACACACACACAAA


Gene Sequence:
>Vu_19839(+)
ATGGAGTTCGGAGGGAACATCTTCTGCCTCTCCAACAGAGACCAAAATGGGAATACTAACGCCAACGCTTTCGCCTGGGATTCATGGCAAACAACCACTTCTAATAATAACAACACCCCTTCCAGGTTCCTCAACGCTTTCAACGCCCCCGTCACTGCCCTCACCGCTCCGGAGGGCTCCGCCGCCAACCGCTCCGAGGCCGCCGGGCTCGCCAGCGCTCTCATGTTCCTCCCTCAAAACGGCGGCGTTTTGCGACACCGCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACATCCGTACGGAGGTGATGGGTCCCACGTGCACCCCGACCCCCACCTCATGTGCTTGAAGCTTGGGAAGAGGCATTACTTTGAGGACGCTAGTGGAACTGGAACCGTCTCCTCTGCTGCTGCTGCTGCTACTTTCGGCGGGGGGTTGGTGTTGGGGGATAAGCGTGGGAAAGGAGGGTATTCCGGTGGCGGGGCGGCGGTGAAAGCTGTCGGGTTGACTACGGCGACGGTGCCTAGGTGTCAGGTGGAAGGGTGCCAGGTGGCGCTGGTGAACGCCAAGGACTACCACCGGAGGCACAAGGTGTGTGAGATGCACTCCAAGGCTCCCAAAGTTGTGGTCTTAGGGTTGGAGCAGAGGTTCTGTCAGCAGTGTAGCAGGTCACCACCTCTATCATTTTCTCAAATAATAATAATAATATTAATAATAATAAAAAGATTTTTGTCTTTTCTCTAACTGTATCGTGATCGTAGCTGCAGCCAAATCAATGACATTTGTCTCAGATTTCCCATAATGCGAAGAATTTAGACAAATTGATACAATCTCAAACTTTAAAGCTACAAAGAGTGAAAAGGATGTAGTATATATAGATAGAAAATACATAACCTTTTATTTTTAGTATGTGTGGTTGCACATGAAGAAACCAAAGTTGTCTTAACTTTTTTTACTGTGATATTGGAGAGGATCCGGTGATTTTGTCGATTGTTAAATTTTCTATGGACAAAAACATCTTAAACATATTCCGACATACGAGAGATTTATTCTGAGAGATGTTCGAATTAAGAAAAATGTCCGAAATTCGTTTTGATTCCTTTTTTACGAAAGTTTGCTCTTAGAAAAAAAGTGAAAGAGCATTTCTTTTTTGTGGTGAGGTGAATTATGTACGAACGTAAAGTGATTTTCTTGCTTTCTCGTATGGTTTTTGTTGTTTTTGGCTGTCTGTGTTGTGGATCTCTGAAGAACGAAGGCGTGATATTCTTTAATCTCACAAAAACTTTTACTCACCCTTGTTTGGGTTCAGTCTTTCAGTAACTTTCTCTTTAGCTTAAAATTCAAGAATATTGTGTTGTGTAAAGGTTACGACTATCATTTTGTTGTCATGGTTCTATTATTTTGCTGTAGCTTATCAAAGAATAATCTATTATTCCTGTGCATACTTTACAAATCTCGCATATTTTTGCTCATTATTTTGTGTTAACTCCGGAATAATAAAGTTAGGAAAAATCATTAATTTCATTGAGCTGGAAATTACTTTTTTTTAAGTTAAAATTATGATCTTGTTAATTATATAGAAAATATTGTAATTGGACTTGTAGGTTTCACGTGGTGTCAGAGTTTGATGATTCAAAGAGAAGTTGCAGGAGGAGACTAGCAGGTCACAATGAGAGAAGAAGAAAGAGCTCCCACGATTCTGTTGCAAGGAATTCTTCACAAGGTACACTCTTGCTTTATCACCTTTTTCTAAGTTTTTACAACACTTTCTTTCTTTCTTCCATCACATTTTTAGCCATTTCATCTAAGAAAAGGATCTCTGATTTACTTTTCTTATTTGGTGTTTGTTTAAGATAAGTGAGAATGGAGAATAATATATGAAATAATAAAAATTTAGTTTCATGATTTTCTATATAAACTTTTACAAACATATTTTATCAACCTAAACAAATCATATATATTTACTAATTTGAATAATTTTTATTTTTTTATTTGACTTTTTAAAGTTTATGTCCTTAGTTGGTTGTGGACGATCATTTTTAATCTGTTTTAAATTTTACTACTAGAGTCTCCGGATTTTTAAACTCTAAATTTTGGATACCTTTATTTATTTTCTTACAATATAATTAATTTACATTATTAATTATTGGTATTTTAAATATGTTAGGTTTGAAGTTAAATTTGACCAATATAAATAGAAGTGTGTGAAGTTGATATGGTATAATAGTGAATCACGAATCAAAAATTAAATTGCAATTTAACCTTTTGTTTGTTCCTTAAATCATGATAAATGTTATGTATTGATCTTATAGCTGTTGTTGAGGTTAACTTATCTAATCATCCTGATTTATAAAATCTGGTTAGTAAACTAATTTTATTAATTGTTTTGACTTATTCTGTAGTTATTTTTATCATTCTCTGAAACAAGTATGCAGTTATATATCAATCGGCCTCGAGTCAAATATGTAGAAATTAATGCAAAAGAAAAATGAATTTTATACACTTATTTAAACTACTAAGTTGTTGTAGTTAATGCAACTAAATTTTGTTATATGAGAAATTTGGATTGAACAAATTTTCAAGAATTAATTCTTTATATTATTTTTTGAAGGAGATGTAAATGACGTTGATTCATTTATAATGTTTTGAACTTAAATTTGTAAAATAATAATGTAAAGTTCACTTATAATACTTACAGCATTATGAGACATTGTGCATAAAATGATTTGTGATTAATTTATAAGCTACAGTACTTTCAAACAATTTGGATAAAAATTTGCTCATAAAGAAAAGTAATTCTTTCATTTCAAATATTCAGTGAGGTGCTTTTGATTGAGCCATGAAAATGCATATTAACAAGTCATCAGCTAAAATTGTGAAATTATGAAGAGAAAGTAAGAAGAAAAATTAATAATTATTTTGTATGATTTAGTTAAGTGAGTTTACAACATCATTTGGATGAGTATGCTGGTGGATATAGCACAAAGAAGAGAAACTAAAATACTGATTATAATTAGAACATTGACTTAAGTGTCAGATTTTTAATTTAACAAAACTTAGACGGGATTAATTAAGGCATTATAATCAGCTATGTAACTCTTATTCTTGTCTAAATTTTCTGTTAATTCTTCCTCATTAATACATTCTGCTACCCAGCATGCTGATGTTCTATTTTCTTTAGCTCCACCATTAATGGCATAACTGGGTGAAAAGAAATCTTCACCTTTTGTTATCAATTACATTTCTGAGATTCTTTTTTAAAATTCATATAATTTTAGTTTTTTAAATTGTATTTTCTGAATATTGTTGGGACTTGGGTATTATTTGAGTAGTACCAATTGTTTGGTAGAGTATTTAAGTGCTTATTTTACTTCTCATAGTTTTTGAAGGTTTTACTTAAATGCATATCAGAATATTGAGATCATTCAATACTTTCTCTCTTTATTGATCAATATGCGAAAACAATATCTTAGATAAGTTCTGCTTACTTTTTCTCGTAGTTCACACATAAACTTCCAGAATTTCGTATTAGGTTACATATAATATTAAAATGGTAGCAGTTATTAAATGTGAAATTTCTGAAACACTTGCACTATTATTATGCGTATATCAAACATAAAGCTTATATTAACCAGTTTTTAGGCTCTATATTTGTTCACTAGTAATATTATTTTTCTTTATATTTGTTCTGTAGTAATGTCAAGTGTCAACCAAATTAGGTTATTGACCAAGTTTAAAAGTTTTATAGTGATGGGTGCTGATTCCAATAAATAAATTAATTTAAGATAGCCTTCATTTGACATGTACTGTAATGCTTGATTGTTCTTAATTAATTAGCTCAACTAATATAGTTTCTGTAACTATTTAATCTAGTTCAACTTCACATCTAACTCATTTTGTATACTTAAATTTACACTGCTGCATCCATACGGAATCCCAAATTCAATAAATTGTTTAAAGGTAACAATCATACATTCTTTTGGAGAATTTCATTACCACATTGTATTTACGTCCATGGAGGCTTTGATCGAAAAAGATTTTGATAAAAATGATCTTCAGTTTCTTAGAATCTAGAGTTGAGTTAAAGTACAAATTTTATGAAAAAAAATACCATATTATTTTTATTATATTTTCTTGTTCCTGCCAAAACTGAAAACTAAATATAAGCTAGCTTAAGCTAAAAATATTCAACGTTTTGTAATGACGGTGTATAGGTATATATTTATAAGTATAGAATCACTAAATATCCATCTTATTAAATAGGGGTAGTGGGTATTGGGGAGTAAGATGGAACAAAATTAGGGTTTCTTGAATTAAGTGGGTTTGAATCCAATTCTGAGACTCAAATATATCAGACAGCAACAAATTATGGTAAATAGTTGTTGAGGAAGCAAACGAAATTTAGTATAGTGTTGTAGGAAATGTTGATGTTGTGTAAATATGTTTGATGATATGAAATGGGTTGGTAATGGTTGGAAGGTTTTGAATATATAGGAGGGTGTGCTCTCTCTCTTCTGTCATCTAGAAGTGATTCTTGGCTTTCTCCTTCTGATCTGTCAACAAGATGCAGTGCAGCATTGCGTGAATTGATAGCAGAAAACCGAGCAGCCATAATGGCGAGACAATTTGTATCAGACAGAGATTGGCATATTCAGCATCATGCAGTGGAAGACATGAAGGAGATCCAACCGGAGTCCAATTACTTCCCACAACAGATGTTTCCACAGACACAGTGA