Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_22484 LG5 55572656 55573908 hypothetical protein LR48
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   response to gibberellin, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, response to salicylic acid, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, response to gibberellin
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   DNA-binding transcription factor activity
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 55572658 start_lost p.Met1?
G/T 55572673 missense_variant p.Gln6His
G/A 55572676 synonymous_variant p.Thr7Thr
G/A 55572707 missense_variant p.Val18Met
C/A 55572731 missense_variant p.Leu26Met
C/T 55572755 missense_variant p.Pro34Ser
C/T 55572761 missense_variant p.Pro36Ser
C/T 55572766 synonymous_variant p.Ser37Ser
T/C 55572802 synonymous_variant p.Ser49Ser
T/C 55572826 intron_variant
T/G 55572838 intron_variant
C/G 55572840 intron_variant
C/T 55572848 intron_variant
C/G,T 55572858 intron_variant
C/T 55572866 intron_variant
A/C 55572868 intron_variant
A/G 55572870 intron_variant
T/C 55572872 intron_variant
T/A 55572875 intron_variant
G/C,A 55572876 intron_variant
T/C 55572880 intron_variant
C/A 55572884 intron_variant
T/G 55572891 intron_variant
G/A 55572893 intron_variant
A/G 55572936 intron_variant
A/T 55572949 intron_variant
C/T 55572954 intron_variant
C/T 55572962 intron_variant
G/A 55572968 intron_variant
A/G 55572982 intron_variant
A/T,* 55572988 intron_variant
A/G 55572996 intron_variant
G/A 55572999 intron_variant
C/G 55573039 missense_variant p.Pro54Arg
A/T 55573062 missense_variant p.Met62Leu
G/T 55573145 synonymous_variant p.Thr89Thr
C/T 55573220 intron_variant
T/G 55573292 splice_donor_variant&intron_variant
G/C 55573451 intron_variant
C/T 55573539 intron_variant
C/A 55573583 intron_variant
C/A 55573660 intron_variant
A/G 55573783 missense_variant p.Asn144Ser
G/C 55573860 missense_variant p.Glu170Gln
T/A 55573866 missense_variant p.Tyr172Asn
A/G 55573895 synonymous_variant p.Ser181Ser

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_22484.1
MAMAEQTVDELLAEASEVLSKIHPDLLSIIETMPEPSSVTFSQLVSITSKQTCPIVPEVPLMSPPSETLERQHMQQFQSKKKKRITWTTVEHRRFLEGLNKYGKGDWKMQEGFNPHINMHVPFNSYINMHMPPPPLLNPQSTAGMMQPNHMKNINHHPRQMEYNTQFNQLNSTNYLVHHPTQFKR*


CDS Sequence:
>Vu_22484.1
ATGGCAATGGCGGAACAGACGGTTGATGAGTTACTCGCTGAGGCTTCGGAAGTGTTGTCTAAGATCCATCCTGATCTGTTGTCTATTATCGAAACTATGCCTGAACCCTCCTCGGTCACTTTCAGCCAACTTGTTTCCATCACATCTAAACAGACATGTCCGATTGTCCCCGAAGTCCCTTTAATGTCGCCGCCGTCTGAAACATTAGAACGTCAACATATGCAACAGTTTCAGTCGAAGAAAAAAAAACGGATAACTTGGACTACGGTGGAGCACAGACGATTTCTAGAAGGACTTAATAAATATGGAAAAGGAGATTGGAAAATGCAAGAAGGATTCAATCCTCACATCAACATGCACGTACCCTTCAATTCTTACATCAACATGCACATGCCTCCTCCACCACTGCTAAATCCACAGTCAACAGCAGGAATGATGCAGCCAAATCATATGAAGAACATAAATCATCATCCACGACAAATGGAATACAATACACAGTTTAACCAGCTGAATTCTACCAACTACTTAGTTCATCATCCCACTCAGTTTAAACGTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_22484::LG5:55570656-55572656(+)
TTTTTAAAAAAAAACTTATTCAAATTATCACTCAGTACAAATATTATTAAATAAAATTGTAGATTCGCTTATAAATAAGTTAGTTAACATAATCATGCATATTATTTTAATAATCAACATAAGTAGTATCACTTTTAATAAATTAAAAGATATGTTGTTTTAAAATGAATTTAACATAATAATATATTATATTATTTAAATAATTAAATTGGTTAAGAATTTTGAAAAAAAAAACTCTAAATTTAAACATAAGGGTAAATTTATTTTTATCCTTACACTTTTCTTTAAGTTTGGTTTTGTTTCTTATAATTTAAAAAATATTTAGTTAATTCTCAAACTTAAAAAATATTATATGAAAATTTATAAATAATGATCAATTTTAGTAACAAAAATATATTTAAAGGCTAATTTTTTAATTAAAGACCAAATTTTTTAGTACTCAAAACTTTGGTAATTAATATTAGTAATTAATTAATATATGAATTTTTAATAAAAACTGTTTGAATTATCAATTTAGAAAATAATTATAATTTTTTATTTATTATAAAAACTATTTTAGTTATTAATAATTTTTAATTTATAAATTTATATCTAAATTAGTCATTATAGCATTTAATTATTTTTAATCAGTAAAACGGATCATAATTTAAGAATTGTTTTTGTAGTGAAATAATTATGTGGATTTAATTACAGTATCAACTTTTTTGATGAAAATAAATTGTTACCAGAGTTAAATTTAAATATAAATACACATATTATAAATTTAATCGTTGTATTTCAACCATACAAACTGTTCCAAGATATGAATATAGATATAAAGGATTGAAATCAAATATTTTCAAAGAGTGGAGAACTAGATTCATGTTTCATAGCAACTGTATTTTATTTAATATATTCTTTATTGCGTTCATATGATAAGATAATTTTATATTTCACTATCATGTCTTATTATTTCCACCCTAAAAAATTGGGTCTGGTTGAACATAATAAATTAAGTTTCTCTCTTTACATAAATATATATAACAACAATTAAAGTATTAAATAATAATAATAATAATAATAATAAAATCTTACCTATAAAGTTTAATTGTAACCAATATTAAAATATTAAAACATATTTTTCTTTAAAATATTAAAAAAAATACGAATCATGGTAATGTTGTAAATTTTATTTTATAATTTTTAGAAGAGAAAAACAACTTTATAAATGAAATAGGTTTGAGTATAGTTTTAAAAGTCTCTTATTTACATTATAATTTTTGTAAGTTCATTTTCATTTCTTTTAACAAAAACGTTTAAGAGGTTAATGGAATATACTAACTATCCTCTAACCTACTTTCTAACTAAAAATAAATAAATGTTAAATACCAAATATAATAATAATACCACGTATAAAAGTGAACTAATTTAAAAACACATAACAATATAATATAATATATATATATATATATATATATATATATATTAATGATATCATATTATTAATAATTAATTTATTTTATTAGATATATAGATTAAATCTAGACTAGATTTAAAAAATTTAATTCACTCAAGATCATTATTTAATTTTAACCTGAATATAATACAATTTGTTAGCTTGCATTTACAAATGATATCTTTTTATACTTTTTGATTATTAATGTTTAAAGAGAACGCATAATTTTGAAGAAAAAATAGGCTTTTAAGTATATATTATCTAGTTATCAAATTTTAATGAACACATAATATTATTATGTCTTATAATAGTTATTTAATTTTTCGTGTACTTTAAACACATCATTTATGATCTCCATTATCCACTTTTAAATACACAATCTTATTAATATAATATCCGATATATTTTATTTTCTTGTTACATAAATAACACGTACGATCTCATTTTGGTGCTATCATATCTATAAATAACGTATAAGTTGAGAGAAGATAGAAGTGAAAGAGAGAAAGCATAGAGTGAATTTCTGTAGTGAGTTGGAAAGAAAGAAGAAAGTGTTGAAAAGAAA


Gene Sequence:
>Vu_22484(+)
ATGGCAATGGCGGAACAGACGGTTGATGAGTTACTCGCTGAGGCTTCGGAAGTGTTGTCTAAGATCCATCCTGATCTGTTGTCTATTATCGAAACTATGCCTGAACCCTCCTCGGTCACTTTCAGCCAACTTGTTTCCATCACATCTAAACAGGTAAAGTTTTGTTTTGTTGAGAATTCAAATACGATAATACTTTTGACAACATTTTAACAACATTTGTGTGTTATTCTGTGATTGGTCCATGTTGATGTTTATGATTATTATTATTATTGATTGTAGAATAATTTTAGACCAATCACATAATAACAAGTAGATGATGTTAAAATATTGTCAAAAAAATATTGTAAAATATATTTCATTTTCAAATTTGTTTTAGACATGTCCGATTGTCCCCGAAGTCCCTTTAATGTCGCCGCCGTCTGAAACATTAGAACGTCAACATATGCAACAGTTTCAGTCGAAGAAAAAAAAACGGATAACTTGGACTACGGTGGAGCACAGGTTTTTTTAGTGTCAATATTTTCTTTTATAATTTATTTACTTTGGAATGATATTGTATTAATTCTGATATTTATTTATTTGTCATAGACGATTTCTAGAAGGACTTAATAAATATGGAAAAGGAGATTGGAAAAGTATTTCCTCCTACGTTCAAACAAAAAATTCAACCCAAGTAGCCAGTCATGCACAAAAATATTTTATCCGTCAAAGTAAATCAGAAGAGAAAAAGAAAAGGAACAGCATTCATGACATGGTTCATCTTCCAATTTCACAATCTCATGAGATGTTGGTCGGGCTGCCTCAAAATCCAAGGAGGTGAAATATTTGTTTTAAATTTTAAAAAAAAATCTAAATCATTTTTTAGTACTAATTATTTTAAGTCCTTAAGTATCAATTATTTTATATTTCTAAAAGAATGTCTCAAAACAATTAAAAAATAAAATATAATTTTAATAAAAAAATTTCATTTTGAAATTTATTTTAGGTCTCTCGATACTTTAAATCATCCGTTGATGCAAGTGCAAGAAGGATTCAATCCTCACATCAACATGCACGTACCCTTCAATTCTTACATCAACATGCACATGCCTCCTCCACCACTGCTAAATCCACAGTCAACAGCAGGAATGATGCAGCCAAATCATATGAAGAACATAAATCATCATCCACGACAAATGGAATACAATACACAGTTTAACCAGCTGAATTCTACCAACTACTTAGTTCATCATCCCACTCAGTTTAAACGTTAA