Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_22711 LG5 58210915 58215955 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   ubiquitin-dependent protein catabolic process, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, ubiquitin-dependent protein catabolic process, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, ubiquitin-dependent protein catabolic process, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, ubiquitin-dependent protein catabolic process
Cellular Component   is active in   proteasome complex, proteasome regulatory particle, base subcomplex, proteasome regulatory particle, base subcomplex
Cellular Component   located in   chloroplast, plasmodesma, plant-type cell wall, nucleus
Molecular Function   enables   proteasome-activating activity, ATP hydrolysis activity, ATP hydrolysis activity
Pathway   "B 09123 Folding   sorting and degradation"
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 58210971 3_prime_UTR_variant
G/T 58211069 3_prime_UTR_variant
G/T 58211071 3_prime_UTR_variant
A/G 58211424 intron_variant
T/C 58211431 intron_variant
A/G 58212082 intron_variant
C/A 58212088 intron_variant
T/G 58212151 intron_variant
C/A 58212648 missense_variant p.Ala262Ser
C/A 58212822 intron_variant
A/T 58213116 stop_gained p.Leu205*
G/A 58213165 missense_variant p.His189Tyr
T/A 58213166 synonymous_variant p.Thr188Thr
C/G 58213399 intron_variant
A/C 58213404 intron_variant
G/T 58213556 intron_variant
G/T 58213845 intron_variant
G/A 58213849 intron_variant
G/A 58213856 intron_variant
C/T 58214549 intron_variant
A/T 58214589 intron_variant
T/G 58214599 intron_variant
A/T 58214911 intron_variant
C/T 58215134 intron_variant
A/T 58215813 synonymous_variant p.Gly2Gly

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_22711.1
MGSSAMVLDPKPSSEPPPSFPATKSDYLQGGFGGGETDEDDLYSRLKSLQRQLEFIDIQEEYVKDEQKNLKRELLRAQEEVKRIQSVPLVIGQFMEMVDQNNGIVGSTTGSNYYVRILSTINRELLKPSASVALHRHSNALVDVLPPEADSSISLLSQSEKPDVTYNDIGGCDIQKQEIREAVELPLTHHELYKQIGIDPPRGVLLYGPPGTGKTMLAKAVANHTTAAFIRVVGSEFVQKYLGEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEVDAIATARFDAQTGADREVQRILMELLNQMDGFDQTVNVKVIMATNRADTLDPALLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLVFQVCTAKMNLSDEVDLEDYVSRPDKISAAEIAAICQEAGMHAVRKNRYVILPKDFEKGYRTNVKKPDTDFEFYK*


CDS Sequence:
>Vu_22711.1
ATGGGTTCCTCAGCTATGGTATTGGACCCAAAACCCTCGTCGGAGCCACCACCATCGTTCCCGGCGACAAAATCTGACTACCTCCAGGGCGGCTTTGGTGGCGGCGAAACAGACGAGGACGACCTCTACAGCCGCCTCAAGTCTCTCCAGCGCCAGCTCGAGTTCATCGATATTCAGGAGGAGTACGTAAAGGACGAGCAGAAGAATCTGAAGCGCGAGTTGCTGCGGGCGCAGGAGGAGGTGAAGCGGATCCAGTCGGTGCCGCTAGTGATTGGCCAGTTCATGGAGATGGTGGACCAGAACAACGGCATCGTCGGATCAACCACCGGATCCAACTACTACGTACGGATCCTCAGCACGATCAACCGCGAGCTTCTCAAACCCTCTGCCTCCGTTGCGCTCCACCGCCACTCCAACGCACTCGTCGACGTCCTTCCGCCGGAGGCTGATTCCAGTATTTCGCTCCTCAGTCAATCTGAGAAGCCCGACGTCACTTATAATGACATTGGAGGATGTGATATCCAGAAACAGGAAATCCGTGAGGCTGTGGAGCTACCTCTTACACATCATGAACTATACAAGCAAATTGGTATTGACCCTCCTCGTGGTGTATTGCTGTATGGACCCCCTGGCACTGGCAAAACAATGCTTGCCAAGGCTGTTGCTAATCACACCACTGCTGCCTTCATCAGGGTTGTGGGATCTGAATTCGTGCAGAAGTATCTTGGTGAGGGTCCAAGAATGGTTCGTGATGTATTTCGTCTTGCAAAAGAGAATGCCCCTGCAATTATATTTATTGATGAGGTTGATGCAATAGCCACTGCTAGATTTGATGCCCAAACTGGAGCTGACAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTAAATCAGATGGATGGTTTTGATCAAACAGTTAATGTTAAAGTCATAATGGCAACTAATAGAGCAGACACTTTGGACCCTGCTCTTCTGCGTCCTGGAAGGCTTGATCGTAAAATTGAGTTTCCTTTGCCTGATCGACGGCAGAAGAGGCTTGTATTTCAGGTTTGCACAGCCAAGATGAACTTGAGTGACGAGGTAGACCTGGAGGATTATGTTTCCCGTCCTGACAAAATCAGTGCAGCTGAGATAGCAGCTATTTGTCAAGAAGCTGGAATGCATGCTGTTCGTAAGAATAGATATGTCATATTGCCAAAGGACTTTGAGAAGGGTTATAGGACAAACGTGAAGAAGCCCGATACCGACTTCGAATTTTACAAGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_22711::LG5:58215955-58217955(-)
ACCTTCTACTTCCATTACATCTATAGCACACACAAGTACATCTTTTGTTGGTTCGACTCCATCTTCTTCTTTTGGTACTTGGGTTCTTGACTCAAAAACAACAAATCATCACATTATTGGTAACAAATATTTATTTTCCTCTTTATCCTTTCTAGATCCTTTACCTTTTGTACAATGACAGATGAATTAAATTTTTTTTCTCATGGTATAGAAAATGCTAACATTTTTCCTTTTTTTATCCGCTAATAATGTTCTTTATGTCTCGAGGTCTCATTTTAACTTATTATTCATTAGTCGTCTAACTCATTCTCTTGATTGTGTTATTTCTTTTAATAAATATTGTTTGTTTACAAAATCGGAGTTCGAGACAAGTGATTGACACCATATGTGAATCACATGGTTTTTATCGTCTCCGTTCTTCTACACAATCTGATCATCTTTTGAGTTTCATAAACAAATTTTGAAATTCAATTACTATCTTAACCAAAATTTGAAACTTGTTGCGTTTTTTAATCAAACTTTAAAACCCGTTAAGTTCCTTAACTTGATTTTAAAAACTGTTGCATGTCAAAATTTAATGAGTTTCTAAACTAAATTTTGATATCTTAAGTGGGAAGTGCGACATTAGGTTTAGGTTAATAAAAAGTGGATGAAGTAATTGTAGGAGAGAAAGAAAAAAAGTTTACCATTGTCAAAATGATAGTTTAGACATTAAGAGAATATTTATAGGTGTAGGGAAAAACCTTATAAGTGTAGGGAGAAGTCCCAACAAACTATTGTATCTTTTATTTTTCTTTTTAGTCCAATCCTATTGGGTGTTGTTCCCTCCACCGCCACCCCTTGCTCCCTCCACCACCCATTCATGTTTTACCCTCTCTTTATTTTCCCATTCCTATTTTACCTTTAGTAAAATTTTAGGGTTAATATTTTTTAACATCTACCCACTCCAATCCTCTACATGTATGCAGCGGCAACTCTTCTTCCTCTTTATCGTCCGTCCCCTCATTGTTTCATTGTGCTCTTCTTCCTCTTTTTCACGTTCCACTTCTTCCTCTCATTCTTTAATTGTGATAGAATTGTGGTCTCAGAGTGTGATGGACTTTCATTAGCTGGTGTGCTTAGTGAGAGATTGCAAGTGGTGGTGGAAACAATTGATCAGTCGTGTCAAGATCGGTGTATGGTGGTGCTTGAAGGATTCGTCGTGAAGGTGCGTAATAAACCCTCAAAAAATAAACGTATAATCTTTAAACGGATGTGAGCATCCCTCAACGGATGTCAACATCCGTTTAAGGGAAAACGGATGTCGATATCCATTTTTCCTTAAACGGATGTTGACATCCATTAATGGATGCTCACATCCATTTTAAGTTACATGTTTATTTTCCAGTTTATTTTTATTAGTTTATTTTTTATATTAATTTTGGAGATATTTTAATAATGTAATTGATATATGTTTTGATGTATTATTTTTGAATATATTTTTGATGTATTTTAATAATGTATTTTTGAAGATTTTTATTGTTATTAGTTTATATTTATATTTTTTTTTGTATTTTGCAGTTATATATAATTAGTTTTTTGTTTTGATGTTTTTGTATAATATATATTTTTTATATGTGGTTTTTGTATTCTTTAACAATTTTATAATTATATAAAAAATTATTTATTATTTTAATTATATATAATTTTATTATATTAATATTTTTGTAATTAGAACAAACGGATACGGTGGAATTGGGGATGAAAATCTAAAAAGAGAGAGGAGAGTTGAGAAGTGAGACTGAATGAAAAATAAAAATGGATAAAAAGATAAGGTTTGAGTTTAAAGTAAATAAATAGGGTTAAAAATAAAAAAGAATTATTTTTGCCATTAAACTTTTGTTTTAGAAGGTTGAGGAGGGGGAGGGAGCAACACCGAATCCCATTTCGTTCGCTGAGTAATAACGAGGCCCAAGTCCAATTGAAGAATTTCTTTTCTTCGGTGACACGCCAAGAAGGCC


Gene Sequence:
>Vu_22711(-)
ATTTTAGTCGTTACACTTTTTTATTAAAACCCAAAAAGGAAAAACTCCAACAAGTTGAACACATTTCACTTCGTTCCATCCCATTCGATTCGGTTCCCATTTTCCACTACAAACCCTATTCCCCCAAATTCTCATCTATGGGTTCCTCAGCTATGGTATTGGACCCAAAACCCTCGTCGGAGCCACCACCATCGTTCCCGGCGACAAAATCTGACTACCTCCAGGGCGGCTTTGGTGGCGGCGAAACAGACGAGGACGACCTCTACAGCCGCCTCAAGTCTCTCCAGCGCCAGCTCGAGTTCATCGATATTCAGGAGGAGTACGTAAAGGACGAGCAGAAGAATCTGAAGCGCGAGTTGCTGCGGGCGCAGGAGGAGGTGAAGCGGATCCAGTCGGTGCCGCTAGTGATTGGCCAGTTCATGGAGATGGTGGACCAGAACAACGGCATCGTCGGATCAACCACCGGATCCAACTACTACGTACGGATCCTCAGCACGATCAACCGCGAGCTTCTCAAACCCTCTGCCTCCGTTGCGCTCCACCGCCACTCCAACGCACTCGTCGACGTCCTTCCGCCGGAGGCTGATTCCAGTATTTCGCTCCTCAGTCAATCTGAGAAGCCCGACGTCACTTATAATGTCAGTTTCATTACGTTTTTGTCGTTTTCACTTGCCAAGTTTCGATGAATGATGATACCTAGGTTTTTTGGCTAGTGCTCGAGTGGTTTCCTTTTCTTTCGATTATCCTTTGCGATTTGATTAGGGTTTTCTAGGCTACGTTGCTCCTTAATGCTGAATTGGGTTCTTGTTTTATTTTCGGTTGCCTCTTGATTAGGGTTTGTTTTTTCTAATGCGAGTTTGGGTTGATTGGAAATATTTAATTGGTTTTTAAGTTAGGGATTGGTTGAGCTTTCTTTCAGCCAAAGGAAAACTCAGGTTTTGTATATGGGGTTTCTTGATATGGTGATCATTTTCTTGATAGTGGGAAACTGCAGACAATCTTGTTAGTTTCTTGAAATTATGGGACTTGATATTGCGGTTTGTTTTTCATTAGTGGGAAATTGGGGGTAGTTTCGATAGTTTCTTGATAAAGTGGGACTTGATAATGTGATTAGTTTCTATAGTGGAAAATTGCTGGTAGTTTTGATAGTTTATAGATATTGTGGATAGCTTTTATGGTTTCTTGATATTGTGGGAAATTGTGAACAAATGTGGCTTATGAGGTAACTGTTGCAGTAGCAGCAGACACCCTCAGTAACTTGATATCGTGAACGAAATTGTAGTTTTAAAGCCTTGAAGATAATTTTGTCCTATGGCTTTTATGTTTTTTGAGGAGGTTAATTTCTGTATGGAGTAAAAGTTGGTGGTGGTGTTCTGGATTGGATGTGATTTAAAATGGAATGGCTGGAGCATGTGGGGTTTGAGTTACCACTGTTACTACTTCTGGTAGTGAGTGTTGCTCTACTATTAAACAGCTAGAAAGCTACTTAGCCTCTTCAAGGGTGTTGAACAATGTTTTAAATAGAAGCCTTTTAAAAATGAAAGTCTTGAGTTTTTAAATGAAATAAAATGTTTTTTAGTCATTGCCATTTAAGATTAGAAGAATGTTCTTAAATCTGCAGCGTGAATTGCATGTGATTTAAAATGGAATGGCTGAAGCATATAGGGTTTAGTTATTGCTATTACTATTCTCCATGAAGCACGGACACAGCACAACTCTTCAAAGGGGTGGCCCTGTATTCAACATTCACACGCATCAGACACTTGTTAAAATGTGAAATTTAAAAAATGATTTTTGCGACTCCAGCACAACTCTCTCATAGCGTTAATTAGGCCATACACAATGACTTTTTGTTATTGTGTAAGTTTCTCTTGTAATTATAGAAATAAGGAGGAGATCCTATGTAATCAGGTATCTAGACTAGATTATGTACGTATTACTTTTGCTATGAACGTTTTTATTAATTGTCGTTTCATGAATTCTTTCATTGTGGAATTTTTAAAGTTGTTAATTTGTCTTTAGATGAACCTTAGCTAGAGGTGTCTTTTTCAGCAATCATGATGAAGAAGGGGTGAAATGTTGTAAATGAAATAGATTCTCTTTTTTCTTTCTGGATTTTAGATGGATGGATTATATCCATTCTTGTATCCGGCAACAATATGTTTATATTGTTATATTTGGTTAACTTTTTTTTAAATGATTTTGAATATATAAACCAATTTGTATGTATGTATCCATATCAATTTGCCATACAATTTGGAGATTAAGTGTTGCAGTGCTGGTGTCTAGGCTTCATAGCTTCTGTGTCTTGTGGTATAAATCTAAGACATGATAACTAGGTCATGGACTTTGCTTTGATTTCTGGGTGAGGGTTGCTCTATCATTAAACATCTAGAAAGCGACTTGGCCTCTTCGAGGATGTTGGAGAATGTTTTAACTGGAAGCCTTTTAGAGGAATTGAAGTGTCTTGGTTTAGTCATTGCAATTTAAGATTTTTATTTTTTCCTAACTTCAAGACTTAATTAATGAAACCCATAAATACACTTGGGGTTGTTTGTTAACTATGAAGCTTTGATTCTAGAAATGTGATGTTATATTTTAAGCATATGGATGTTATGTTAAGCATATTAATGATTAGACGTTTATTAAATTATGTGCTGTATTTTTTTGAGGTCCCAAGATGTTTATATTGACACTGAAAATTTTGTGCCATCATTCTGTTTTTAGGACATTGGAGGATGTGATATCCAGAAACAGGAAATCCGTGAGGCTGTGGAGCTACCTCTTACACATCATGAACTATACAAGCAAATTGGTATTGACCCTCCTCGTGGTGTATTGCTGTATGGACCCCCTGGCACTGGCAAAACAATGCTTGCCAAGGCTGTTGCTAATCACACCACTGCTGCCTTCATCAGGGTTGTGGGATCTGAATTCGTGCAGAAGTATCTTGGTGAGGTATGTTTTTTAAGTCATCAGCATTTGGATGTTATGTTGACAGTGTTGTAGCTTTCCTACCTTAGTTTCTTTTGGGAAATCTGGTTTTCCAATTTGTAACTACTCATGCTATTCAGTTATGCTTCAAATATGGGGATTATATTTTTCATTGGGATTTCAATGGTATTTTGATTCTGGACAACGTTTTTAATTGATGTTGTTCCTCAAATTTCCTGAGTTTGAAGTTCATGGATTGTATATGTTTTAATCAATGGCTTGCTGTAATTTCTTCGAATCTTCCCTTATATTTATGTTTCAGGGTCCAAGAATGGTTCGTGATGTATTTCGTCTTGCAAAAGAGAATGCCCCTGCAATTATATTTATTGATGAGGTTGATGCAATAGCCACTGCTAGATTTGATGCCCAAACTGGAGCTGACAGAGAAGTACAGCGTATCCTTATGGAACTTTTAAATCAGGTATCTATGAATAATATTTCTATTAGGTGCTTTGAGTATGTTGTGTTCTATGCTTAGTAGGATCTCAGGACCTGTGGTGAATTAGTTTTTGTTTATCTCTTGACCTGTGGCTATTTGGCTTGATTACATTCTGTGAGTTCAGATTTTCACTGAAGGTGGTACTTACCCCTGTCTTTTCTTCAGATGGATGGTTTTGATCAAACAGTTAATGTTAAAGTCATAATGGCAACTAATAGAGCAGACACTTTGGACCCTGCTCTTCTGCGTCCTGGAAGGCTTGATCGTAAAATTGAGTTTCCTTTGCCTGATCGACGGCAGAAGAGGCTTGTATTTCAGGCAAGTCTTTTCGGTTATTTTATATACTTTTCTTTCATAATGTGATGGAATTCATGCTTATTGGACGTTTTATATTATGAGTGAGAAATTTCATTGTCTTGCAGTATCTTGAAAATGTTAATTTGTTTATTTTCAGCCAATTGCTAACTCTATTATTTGATGGTCTGGTCAGGTTTGCACAGCCAAGATGAACTTGAGTGACGAGGTAGACCTGGAGGATTATGTTTCCCGTCCTGACAAAATCAGTGCAGCTGAGGTTTGTTTATACTGTCCTATAATTTTTGTGCCAATATTTATGTCGGAATGCTTGTTATTAGTTTTATGATCATTTCTCTGACTATTGAGCTTTTAAAGTTTATTGTTTCTCTGACTATTTGTGCCAATATCATCTTGATTGGAAGGCTTGAAGCAAATATTGAGAAACATAAAGGTTTTGGTTGGCGGCTTCTTTTAGAACCATACCAAATAACTAACTTCCTTAAAAACTGGTTCCATCTAACTGAAAACTTATGTTCATTATTAAAATATCATATCACGTCTCTTTATTTAATGTTTATTTACATTAATTGACTAGCACAATGACATTATTCCATGGGTAAATAGTGGAACAGAGTTGAAGATAGTAACTAGTCCTCAATTTTCGAAATAAAATGTGTAAGAAAGGAGAACTACGAGAGGACAATTGTTATTACTGTGAGAAAGACAATGTTTTTGGAGGACCTGTTCTTCAAGCTTAAAAACTATTTTATTGAAGAATAAAATTCCATGTTTGGATTAGAGTTTACAAACTTATTATTTGATGATTGTTGGTGCCTGCAGATAGCAGCTATTTGTCAAGAAGCTGGAATGCATGCTGTTCGTAAGAATAGATATGTCATATTGCCAAAGGACTTTGAGAAGGGTTATAGGACAAACGTGAAGAAGCCCGATACCGACTTCGAATTTTACAAGTGATGATGTAGCTTTTAGATTGGTGTGTGCTCGAAAAGTTCATATACAGGGTACATTTCTAGAGGAAATCACGAGGTCATATATTCGCGAGAAAGGACGCATTGTTTCTGTTTCTTGTCGACCTTTTATTTTATTATGAAATTTAGATGATTTATTTTACTAAATATATTCGCGAGAAAGGACGCATTGTTTCTGTTTCTTGTCGACCTTTTATTTTATTATGAAATTTAGATGATTTATTTTACTAAATATATTAATTTGTCAGCCTAATATTCATTACGCACTGCATGTCTCTGATTATTAAGCAACCTTATGAAGCAATGAGCTCACTTTTCCTTG