Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_24036 LG5 70602045 70606534 PREDICTED: cell division control protein 48 homolog C
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   embryo development ending in seed dormancy, embryo development ending in seed dormancy, positive regulation of telomerase activity, positive regulation of telomerase activity, embryo development ending in seed dormancy, positive regulation of telomerase activity, positive regulation of telomerase activity, positive regulation of telomerase activity, ribosome biogenesis, positive regulation of telomerase activity, embryo development ending in seed dormancy, embryo development ending in seed dormancy
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   ATP binding, ATP binding, ATP hydrolysis activity, ATP hydrolysis activity, preribosome binding
Pathway   B 09122 Translation   C 03008 Ribosome biogenesis in eukaryotes [PATH:ko03008]
SNP Position Effect Amino acid change
C/G 70602183 3_prime_UTR_variant
C/T 70602184 3_prime_UTR_variant
T/A 70602285 missense_variant p.Lys768Ile
G/T 70602443 stop_gained p.Ser749*
G/A 70603142 synonymous_variant p.Thr625Thr
A/T 70603434 upstream_gene_variant
T/G 70603559 missense_variant p.Glu587Ala
T/C 70603563 missense_variant p.Ser586Gly
T/A 70603905 upstream_gene_variant
T/A 70603912 upstream_gene_variant
T/C 70603924 upstream_gene_variant
T/G 70603935 upstream_gene_variant
T/A 70604397 upstream_gene_variant
T/A 70604403 upstream_gene_variant
A/C 70604673 splice_region_variant&intron_variant
G/T 70604735 missense_variant p.Pro466His
C/A 70604741 missense_variant p.Arg464Met
C/T 70605834 missense_variant p.Gly205Ser
T/A 70605868 synonymous_variant p.Gly193Gly
G/T 70606093 missense_variant p.Asp118Glu
T/G 70606228 synonymous_variant p.Ser73Ser

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24036.1
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>Vu_24036.2
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CDS Sequence:
>Vu_24036.1
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>Vu_24036.2
ATGGGAAGAAAAGGTGGAGGAAGGTTTTTTGAAAAATCTCTCCGTCGCCGTATTGAGATCTGCACGTCCAAATACTCCACTGCCGAAGAAATCGCCAACCATCTCCGTTCAACTTATCCCGATTACCACAGAACCAAACAACAAACCCTAATTCGGTTTGTTCAGGAAGCTATTCATTCCATGGAGAAGCTGAATCACACTCCCACGCCTAAGTATTCAGACGACGGCAACATAGAGTCCCAACGCGCGTCTCGAAAGCGTAAGAAGAATATTGACGAAGGTGAAGAAAGGCTGAAGAAAATGGAAGCTTTACACGTGCGAAGGAGGGTGCAGAGTTCTTCGGAGAGTAATGACGAGGAGAGTAATGATGAGGAATCGGTGTCGGAGGACGCAATTTACGGTGAGAAGTTGGAGCCTCAGTTTGATTTGATGAAGGAAATGCTAAGGATGTCATATACGCCAAAGAAGGTGGCGGCAGCAGCAACGGAAGAAAAGAACATTGAAATAGAGATGGGTAATATAAGTAAAGGCACGGAGATGGGTAATATAAGTAAAGCCACGGTTCTGAATGAGGTGGGAGACCCATCTCTGCTTTCGGTTTCGGTTTCAAACGGTGAGGGGAAGAAAGATTGGCCTAGATTTAAGGATTTTGGTGGGATGAAAGAAGTTTTGGAGGAACTAAGAGAAGAGTTGATTGTACCTTTGGTTCATGGTGAAATTCTTAGAAAATTAGGAGGGAAGCCAAAGGCAGTTGGCATTTTATTGCAGGGTCCACCTGGATGTGGGAAGACCACACTTGCTCATGCTATAGCTAATGAGTCAGGTCTTCCTTACTATCGGATTTCAGCTACTGAACTAGTCTCTGGGGTATCAGGTGCATCTGAAGAAAATATTAGGGAATTTTTTGCTAAAGCTTACAGAACTGCACCTTCTATAGTCTTTATTGATGAGATTGATGCAATTGGTTCTAAAAGAGAGAATTTGCAGCGGGAAATGGAAAAACGAATGGTGATGCAATTAAGCACTTGCATGGATCAATCAACTGCTGATAATGTTATTGTAATAGGAGCTACAAATAGGCCTGATTCTCTTGACCCTGCCTTAAGAAGACGATTTGATCGTGAAATTAGCATTTGTGAACCTGATGAATCCGCCAGGAAGGAGATTCTATCTATTCTTACTTCTAATTTTAGATTTGATGGTTTATTTGATCTACATGAAATAGCCAAGTTTACATCAGGATTTGTTGGTGCTGATTTGGTAACTCTAGTTGATAAGGCTCTTCGATGGGCAACAAAGAGAATAATTAACGAAAGAACGAAGAGAATAATTGACCAAAGGAGACATGAAATACCTGAACTCATGAGCGAGCATATTGAAGAATGGCGGAGGGAACCTTTGTCCACGGAAGAATTAGATGAGTTTGCCTTCATCAAAATCTCCGATTTTGAGCAAGCATTAAGAAAGGTACAACCTTCATTAAGAAGAGAAGGATTTGCTAGCATTCCTAAGGTAAAATGGGAAGACGTTGGGGGGCTTGATCATTTAAGAAAGGAGTTTGAACGATATATTGTAAGGCGTATAAAATATCCTGAAGATTATGAGGCACTTGGGATTAATCTCGAGACTGGATTTTTGCTTTATGGACCTCCTGGTTGTGGTAAAACATTGATTGCCAAAGCTGTTGCCGGTGAGGCAGGGGCTAGTTTTATCCATATTGAGGGTGCCCAACTTTTAAATAAATATGTTGGGGAAAGTGAGCTTGCCGTTCGAACATTGTTTAGCCGTGCAAGGTCATGTGCACCATGTATAATTTTCTTTGACGAGATTGATTCATTGACAAAAGAACGTGGTAAAGAGGGTGGTTGGGTTACCGAGCGACTGTTGAACCAGTTGCTTATCGAGTTGGATGGTGGAGAGCATCGACACGGTGTTTTTGTGATTGGTGCTACAAATAGGCCTGAGATGATGGATCGTGCTCTCTTACGGCCGGGTAGATTTGGTAAACTTCTTTATGTTCCTCTACCTGGCCTTGATGAGCGAGTTTTGATATTGAAAGCTCTTGCAAGGACTATGACAATTGATGCCACTGTGGATTTGAGTGCAATTGCCAGAATGGAAGTTTGTGAAAACCTAAGTGGCGCTGATCTTCGTAAATTGGTTTGTCTATGCTCTTTATTGATGTCGCTTCTTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_24036::LG5:70606534-70608534(-)
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Gene Sequence:
>Vu_24036(-)
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