Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_24425 LG6 7559470 7564000 PREDICTED: shaggy-related protein kinase eta-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   brassinosteroid mediated signaling pathway, regulation of protein localization, brassinosteroid mediated signaling pathway, protein phosphorylation, brassinosteroid mediated signaling pathway, protein phosphorylation, brassinosteroid mediated signaling pathway, signal transduction, protein phosphorylation
Cellular Component   is active in   cytoplasm
Cellular Component   located in   chloroplast
Molecular Function   enables   protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein binding, protein binding, protein binding, protein binding, protein serine/threonine kinase activity, protein binding
Pathway   B 09132 Signal transduction   C 04075 Plant hormone signal transduction [PATH:ko04075]
SNP Position Effect Amino acid change
G/T 7559555 missense_variant p.Pro482His
G/A 7559885 intron_variant
A/G 7560493 intron_variant
C/G 7560495 intron_variant
G/A 7560501 intron_variant
A/G 7560568 synonymous_variant p.Gly365Gly
G/A 7560660 missense_variant p.Arg335Cys
T/A 7560797 intron_variant
C/T 7560907 intron_variant
G/T 7561180 splice_region_variant&intron_variant
G/C 7561230 missense_variant p.Thr285Ser
T/G 7561656 downstream_gene_variant
A/G 7561747 synonymous_variant p.Phe183Phe
T/C 7561839 downstream_gene_variant
A/T,* 7561932 downstream_gene_variant
A/T 7562016 downstream_gene_variant
A/T 7562019 downstream_gene_variant
A/C 7562053 downstream_gene_variant
C/A 7562068 downstream_gene_variant
C/T 7562095 downstream_gene_variant
G/T 7562116 downstream_gene_variant
A/G 7562405 downstream_gene_variant
C/T 7562467 downstream_gene_variant
G/T 7562498 downstream_gene_variant
T/C 7562525 downstream_gene_variant
A/G 7562572 downstream_gene_variant
A/G 7562574 downstream_gene_variant
G/T 7563226 downstream_gene_variant
G/T 7563227 downstream_gene_variant
T/C 7563248 downstream_gene_variant
A/C 7563264 downstream_gene_variant
T/C 7563633 missense_variant p.Glu123Gly
A/T 7563660 stop_gained p.Leu114*
G/T 7563824 missense_variant p.Asn59Lys
T/A 7563825 missense_variant p.Asn59Ile

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24425.1
MASMPLGPQQQLQPPQVATPPQQLPQAENDPMQVDSRDGSDAASNKVISALGHFLSVRNGAVYGPRIVIDPLDMPPDERSLLRSARFRHWFCSLEVAGMFITLPSRNGFYFVGLWNWKFRKHEHIVLAIVNEMSAPVAEGNEAHGLTGHIISTTIGGKNGEPKRTISYMAERVVGTGSFGIVFQAKCLETGEAVAIKKVLQDRRYKNRELQLMRMMDHPNVVSLRHCFFSTTSRDELFLNLVMEYVPETIFRVIKHYSSINQRIPLIYVKLYTYQIFRGLAYIHTVPGVCHRDVKPQNLLVDPVTHQVKLCDFGSAKVLVKGESNISYICSRYYRAPELIFGATEYTTSIDIWSAGCVLAELLLGQPLFPGENQVDQLVEIIKVLGTPTREEIRCMNPNYTDFRFPHIKAHPWHKVFHKRMPPEAIDLASRLLQYSPKLRYSAVEALAHPFFDELREPNARLPNGRSLPPLFNFKQELDGAPPELLPKLIPEHARRQIGFGLPDTQTQM*


CDS Sequence:
>Vu_24425.1
ATGGCCTCTATGCCGCTGGGGCCGCAGCAACAGCTTCAACCACCGCAAGTGGCAACTCCGCCGCAACAGCTGCCGCAGGCGGAGAATGACCCTATGCAAGTGGACTCTCGCGACGGCTCTGACGCCGCCTCCAATAAGGTAATTTCCGCTCTCGGCCATTTCCTCAGTGTGCGCAACGGCGCCGTTTATGGTCCTCGGATCGTCATTGATCCGCTGGACATGCCTCCGGACGAACGCAGCTTACTGCGATCTGCTCGTTTCCGGCATTGGTTTTGCTCGTTGGAGGTCGCCGGAATGTTTATAACGTTGCCTTCAAGGAATGGCTTTTACTTTGTTGGCTTATGGAATTGGAAATTTCGTAAGCATGAACATATTGTTCTTGCTATTGTTAATGAAATGTCTGCTCCCGTCGCAGAGGGTAATGAGGCACATGGACTCACTGGTCACATAATATCAACCACAATTGGTGGCAAAAATGGTGAACCTAAACGAACTATCAGTTACATGGCCGAACGTGTTGTTGGCACTGGATCATTTGGAATTGTTTTTCAGGCAAAGTGCTTGGAGACCGGGGAGGCAGTGGCCATAAAGAAGGTCTTGCAGGACAGGCGATACAAAAATCGGGAACTGCAGTTAATGCGCATGATGGATCACCCAAATGTAGTTTCCCTGAGGCACTGTTTCTTCTCTACAACAAGTCGAGATGAACTTTTTCTGAACTTGGTGATGGAATATGTCCCTGAGACGATCTTCCGTGTTATAAAGCACTACAGTAGTATAAACCAGAGAATTCCCCTGATCTATGTGAAATTATATACATATCAAATCTTTAGGGGACTGGCATATATCCACACCGTACCAGGAGTCTGCCACAGGGATGTAAAGCCTCAAAACCTTTTGGTGGATCCAGTCACACATCAAGTCAAGCTTTGCGATTTTGGGAGTGCAAAAGTTCTGGTGAAGGGTGAATCAAACATCTCATACATATGTTCACGGTACTATCGTGCCCCAGAACTAATATTTGGTGCGACAGAGTACACAACTTCTATTGATATCTGGTCAGCTGGTTGTGTCCTTGCTGAACTTCTCCTGGGTCAGCCTTTGTTCCCGGGAGAAAATCAGGTCGACCAACTTGTTGAAATTATCAAGGTTCTTGGCACTCCTACTCGAGAAGAAATTCGATGCATGAACCCTAATTATACAGATTTCAGATTCCCCCATATCAAAGCTCATCCTTGGCACAAGGTTTTTCACAAGCGAATGCCTCCTGAAGCAATTGACCTTGCATCAAGGCTTCTCCAATATTCACCAAAACTTCGTTACAGTGCAGTGGAAGCATTGGCACATCCTTTCTTTGACGAGCTTCGCGAGCCCAATGCTCGGCTACCAAATGGTCGTTCACTGCCTCCACTTTTTAACTTCAAACAGGAATTAGATGGAGCTCCTCCTGAACTGCTTCCTAAGCTCATCCCGGAGCATGCCAGACGGCAAATCGGTTTTGGCTTGCCGGACACCCAAACTCAAATGTAA


Promoter Sequence:
>Vu_24425::LG6:7564000-7566000(-)
ATAGAAACAAATTCTCTTGATATTTTAGGAACTAAAAACATATTTAAACCTATATTAATAACATTTTTGTGTTATGTCTATATATAGCCTTCGTATTTACTATTTCCGAATGATTTTTTCAGTCTGTTTTTCTTTGTGTGTACGTCATGATGTTATTATCTCCGTTCAACTTTTCACCCTTATATTATTGTTCTTCCCAAAAAGTAAACGTATATTTAACAACATTAATTACTCATAAAACTATGTATATTAATCCTATACTTTATACGTGTGATCTTTATCCAAAAATACTTCGTCATCTTCAATATTTTTCACCCTTTTACATCATTCTTCCAAAAAAATTAAACGCATTTTGAATATGTTAATTTCTTTCAGAAGATGTTTTCTCTCCTAATGTGTTTGGAAGAAATAATTTGTGATCTGTGAATTTAAAATGATCTGTGAAGAAAAGTTATGTTTGTTGAATAACGAATTTTAACTTTTATAAATTTATGAAAGCAAAATTTGATTATATATAATTATATAAACTCAAAATTTACTTAAGAATAAGAGTATGAAGGTTTATATATTTTTGTTTCCTATATTTATATATTTTTTACATATTTTCTCATCAGTTCAGCTTGAACCAAATTAACAATCTCCCTCAATCCAAGCTTTGTTGACTTGATTTTGGTTAGTCACCCAGTCATAACTTTTTCGTTATTTCGTTTTAATTCATAAGTTTTTAATCTTTATAAGTAATAAGTGTTAGAAAAAAATGATTTATTTTATTATGGTCGTCAAAATGCTCACATGGATTTTACATCAGTTAAAATTGTTTTTTTTTATTGAGCATGGAATTAATTATTTTTAAGTTAACACAATCTCCATTATTTTTGTCGAACTTTTTATATTAAAAAACTTATGCTAATCTAATTAGGAATTTTTCAAGCAATGTTAATTAAGAATAAGTCCACAAGTAAATAAAAAAACAGTCATCAACACATTAAAAATAACTTCATCAATTAATAGAAAACTTCTCACTAAAATAATTCCTTACAATATCATAACAAATTTTTTTACCAAATTGTAGATGGAAAAAACAACATAAAAAAATTGTAATTGTTGTAAGAACATGAGTTATTTATTTTAAAAATTAAATAACGCAAGGATGAGGATTTGCCGCTTCCGTTTTCTCAGCAGTTTTTCTTTTTCTTATTATCTTTATTCAAAATATTTTTCTCCATATAATAGTTCTTTCTGAAAAAAGTAAACGCAATTTTGAATGACATTTACTTACCGAAAATTATCATCATTAATGTTCACTGAAGTCTTCACTAAACACGTAACGTTAATTACTTACAAAAAGTTATATTATTTATTTTATTAATTCTGTAATTTAAAAGAAAAATGTCAAGCAGCTAATAATTTATCGGATAAAAAATTAAATAAAAGAGACTCGTTTATCCATAAAAGGAAAGCAATTATTTAAATTGGAAGGTTTGTTACATAGATTTTACACATTAAAAGAATTATTATTATAACCCAAACTCAACAAACTAAACTCACCAACCAAGTAGAAGTCTGACTTAATTAATGAAAAGAGTATTAAACTTCAGTATTTTATGTTTGCATTACGTCAACATTACTACTTCTTAATACGTATTTCCTTAAATGCCACATTGCAAGTTCCATATGATCCTTCTGTCCCTTTGATTTGCCACGTCGCCCTACGGACCACATTTCACAGGTAAATCTTGCCACACCAGATTACGCAGAAATATCATCTTACGGCTACCGTCGAAGCGTGCTCTTCACTCTCTACACACGCGCTTGAGAAAAGACACAGAGACACATTAATATCACACTCTCTTACCTTTTATATACTCCAAAGCCTGGTCCAGGACCAAGCACCAGTATTCCAGCAAAACACAAAGAGAGAGAGGAAGTAGAGAGAGAAAGTGTATTTTAGAGAGAGAAGCAAAAGAGTGTGTGTATTGTGTGTGGAGCTTCTTTCTCAC


Gene Sequence:
>Vu_24425(-)
ATGGCCTCTATGCCGCTGGGGCCGCAGCAACAGCTTCAACCACCGCAAGTGGCAACTCCGCCGCAACAGCTGCCGCAGGCGGAGAATGACCCTATGCAAGTGGACTCTCGCGACGGCTCTGACGCCGCCTCCAATAAGGTAATTTCCGCTCTCGGCCATTTCCTCAGTGTGCGCAACGGCGCCGTTTATGGTCCTCGGATCGTCATTGATCCGCTGGACATGCCTCCGGACGAACGCAGCTTACTGCGATCTGCTCGTTTCCGGCATTGGTTTTGCTCGTTGGAGGTCGCCGGAATGTTTATAACGTTGCCTTCAAGGAATGGCTTTTACTTTGTTGGCTTATGGAATTGGAAATTTCGTAAGCATGAACATATTGTTCTTGCTATTGTTAATGTTTGGATTTTGCTGCGCTTTCATGGTTGAGCTGAGATCTTAGTGTTGAAAAATTGAAGTTTGAGGAGCTTTCGGTTTGGTGGTCCAGAAAAGAGAAACGGAATGGAGTGAAGTGAAAATGTGGAATCCTGTTCTTTAATAATTTGCGCTTTTTATTTCTTCAAACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCGGAGAGAGAGAGAGAGAGTCTGACTAGGCACTTACCCGAACGTCAAGTTGGTTTACCTGAGTTTGTCATCCGACTCCTTGGTTTTTTTCACTTGCAGAGTTTTTTTTTTCAGACACTTAATGGGTTTGAATATATCACAATTTACCTCCCAATTTATTTTTTCATATTTTTCCTAATACAATCAAGGTTTTAAATTATTGATTTTCCTGTATTTCTTTATTATTGCAGTCAATGTGGCCACATTTTCGATTACAATCACTCCAGAAACCTTGAAGTTGCCGTTTAAAACCTTGAGGCTATTGATGTTATATTTTTGTTCAAAAAGGCCAGATTGCTTTCACTTAATCCATAATTTCCCGTGAAATTAAAATGGCTTTAACAATATCATGGATTCTTTTAAAGTTGGTTCTATATTACTTCCTGTATAGTTTTTCTATTAGATGTTGGGTTCCTTACTTAACATGGGGTTTCCTTGAGTTGCTGGTGGATTGTTGATCAAACGATTTATGTTTGCTTCAGGAAATAAGTGTTCTTAGATTCTCTCTCTGTCTTGTCTCATAAATTATATCAATGCATTTTGGCATTTGATGCTTTCTTGTGGACCTTGGTAACCTGATTGAACTTTGCCTGTGCACATACCTTATTACCTTTGAGCTCTTTACACTTTGCCTATCTTCAACTTCGCCCATTTGATTGGTGACGATCTATCCCTATCTATGTTTTTCTAGTATCATATAAAACTTTTAATCAACCACCATTGGTGTAGGTGTCCAAACCAGAGTATTGTCTGCTAAATTGCTGTTTATGTAAAATGTAAATATGTATATATGTCCACTGATGACTTTGTTGAGTCGGGCATAGATTGACTATAGTATGTCCGACCAACTTATACTTGTCTGTCCGTAGTCATATGAGGTTGGCATGTTAAATAGCTGTTTTTAACCTAATTATTGGTGATAATTGCTATTAAGACAATTACATTAAATAACTCCATAAGCAATTACGGATATTGTGTGAAGAAGAGTCTTCTATTCTATTTCTGTATTAAGAAATCTGATTTACCACATTAAATATTTTGTTTACTGGTGTAAATTGCAGGAAATGTCTGCTCCCGTCGCAGAGGGTAATGAGGCACATGGACTCACTGGTCACATAATATCAACCACAATTGGTGGCAAAAATGGTGAACCTAAACGAGTGCGGACATTCTAACCTTTTCATCTTCCAGATTTAATTTTTAAGAATTTCGTTTGTACTGAATATAAACTTGGTAAACCTTTCCCATAAGGATCCATCCAAAATTGTAATACCTTTTGTTAGCTAGAAGTTGGCATATTTCCTCCACTCGCATATTAATTTGTTTTGTTTTTTAAATTTAATTTTTATCTCCCCCTTCTATGAATGATTGTCTTTGGTTCTCATTCTTGGCCTTTAAAGGTACAGTTTTGAATAATTTGGAGTATTTTTTATATATATATATATATATATATATATATCATGGTTAAATAAAATTGAATGCTTAAGATTTACAATAACTTGCATGGGTTTCCATTTCTTTTATTCTTCATAATTTTGAGCTCTAATGGCACTTGCAGACTATCAGTTACATGGCCGAACGTGTTGTTGGCACTGGATCATTTGGAATTGTTTTTCAGGTAAGGATAAGTAAAGGAATATTAACCTTGAGGTGATTATGTTCCTTCTTTGATTTTCACGCTGTTAAGTAATCTCATATTGCTTCAAACTCTTGGGGACCTTAAACAAAGGCAAAGTGCTTGGAGACCGGGGAGGCAGTGGCCATAAAGAAGGTCTTGCAGGACAGGCGATACAAAAATCGGGAACTGCAGTTAATGCGCATGATGGATCACCCAAATGTAGTTTCCCTGAGGCACTGTTTCTTCTCTACAACAAGTCGAGATGAACTTTTTCTGAACTTGGTGATGGAATATGTCCCTGAGACGATCTTCCGTGTTATAAAGCACTACAGTAGTATAAACCAGAGAATTCCCCTGATCTATGTGAAATTATATACATATCAAGTATGAAATTTTTTTCTTTTTGCAGCTTGGTTTCATATGTTCTTGTTCCTTGCTTTTTCTTTGAAATTTTGTAATGTTTTGAGTGGGAATGTGATGTTTAGATCTTTAGGGGACTGGCATATATCCACACCGTACCAGGAGTCTGCCACAGGGATGTAAAGCCTCAAAACCTTTTGGTACGTTGTTCATTTACTATTTTTCCTTAATGATTTCATTCGTTTACTCTGAATCCAATGTCCATTTGTTCTGTAGGTGGATCCAGTCACACATCAAGTCAAGCTTTGCGATTTTGGGAGTGCAAAAGTTCTGGTATGTTGGTATTCTTCCTGTGCATTTTCATTAATTTAAAGATTTAGGCTACCAAGTCAATGCTGGATGTGGAATGTTGGTGCAATACCGTACGTACCTGGATCATACAATTCAAAAAGCTCTTTTAGGATTTGTTCACAAGTGGTGCAGTTTTAATTTTTTATGTTATAATTGACATTTACATAAAAATGTCCACTAACCACTTATGTTGCTATTAAACTGGATCCCAACTCATTAATTTTTCAATAAATAGAAGAAAGGGCATTGGTTGGCATCACATAATTTGATTACAGATATTTGGTCATACAAATTAAGGTATGATCTTAATAATGTATTTCTTGTCAGGTGAAGGGTGAATCAAACATCTCATACATATGTTCACGGTACTATCGTGCCCCAGAACTAATATTTGGTGCGACAGAGTACACAACTTCTATTGATATCTGGTCAGCTGGTTGTGTCCTTGCTGAACTTCTCCTGGGTCAGGTTGTTAAAATTTTAGGCATCTCGTACATAACAAGTTTTTTTAGTTAACTGATAATGTTATCTCGATTTGTTTAACTTTCAAAATATTTCTTTTAGCCTTTGTTCCCGGGAGAAAATCAGGTCGACCAACTTGTTGAAATTATCAAGGTGATGCGTTGTCTATACTGATGTTACCCTGAATTGTATGAATCAAGCTACAGAGATAACTATGGACGTGTTTTCTTGTAGGTTCTTGGCACTCCTACTCGAGAAGAAATTCGATGCATGAACCCTAATTATACAGATTTCAGATTCCCCCATATCAAAGCTCATCCTTGGCACAAGGTAATTGCGGTCCTTGTTACCTCTTCTGTTTATAATAACAGATTTTATGACAGCTTTTTATTTGGGGAACGTGCATTGACTCTTTTGGTGCAATCCATTGTTCAGGTTTTTCACAAGCGAATGCCTCCTGAAGCAATTGACCTTGCATCAAGGCTTCTCCAATATTCACCAAAACTTCGTTACAGTGCAGTAAGTAGGGAAAAACCTTATACCTCCTCCTCCATTGCCATCCTTTCAAGGCACATTTACCACAAAATCATATTAGCATATTGAAAGTCAAAACATCCAACTTTGATATGAAAACTATTTACACCAATATAGAAGTTCCTTTTGTTTGGCATGTTGTTAATTGGTACGATTGCAGTCAGTTTCTGCGATTGAAGTACTTTTGTGGCATGTTTCACAATATCATACGCATTATTCATACATTTTGAAGAAATATTTATAAAAGTAGCATAGTTTTGACTGGTGGCTTCTATTTTAAAGGTGGAAGCATTGGCACATCCTTTCTTTGACGAGCTTCGCGAGCCCAATGCTCGGCTACCAAATGGTCGTTCACTGCCTCCACTTTTTAACTTCAAACAGGAAGTATGTATCTAATTGGTTTCTTTTGCATGGTCTGCACCAATGATCAATACATGTTAATAATTTTGTGATGAACACTGAATGCAGTTAGATGGAGCTCCTCCTGAACTGCTTCCTAAGCTCATCCCGGAGCATGCCAGACGGCAAATCGGTTTTGGCTTGCCGGACACCCAAACTCAAATGTAA