Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_28940 LG8 16322511 16326720 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 14-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of photoperiodism, flowering, positive regulation of leaf senescence, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of photoperiodism, flowering, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of photoperiodism, flowering, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of photoperiodism, flowering, positive regulation of leaf senescence, regulation of gene expression, regulation of photoperiodism, flowering, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   is active in   cytoplasm, nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, extracellular region, extracellular region, nucleus, nucleus, extracellular region, nucleus
Molecular Function   enables   RNA binding, protein binding, RNA binding, mRNA binding, DNA-binding transcription factor activity
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 16322588 5_prime_UTR_variant
C/G 16322727 synonymous_variant p.Ala18Ala
T/A 16323174 downstream_gene_variant
C/G 16324096 5_prime_UTR_variant
T/C 16324208 5_prime_UTR_variant
T/A 16324545 5_prime_UTR_variant
G/T 16324663 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
G/A 16324816 5_prime_UTR_variant
T/A 16324897 5_prime_UTR_variant
A/G 16324898 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
T/A 16325020 5_prime_UTR_variant
T/A 16325033 5_prime_UTR_variant
A/T 16325066 5_prime_UTR_variant
A/G 16325367 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
C/A 16325403 5_prime_UTR_variant
T/C 16325442 5_prime_UTR_variant
T/A 16325571 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
G/A 16325790 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
A/G 16326589 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_28940.1
MDLRKRGRPELSFSLNGAVKKTKQDLESLSGGVGSKSKPCTKFFSTAGCPFGEGCHFLHYVPGGYNVVAHMMNLKPAAPPSRAVAAPLPVSNGSTPSAVKTRICNKFNTAEGCKFGDKCHFAHGEWELGKPIAPSIDDHRPLGPPSAGRMAGRIEPPPLAGSFGAISTAKISVEASLAGAIIGKGGVNSKQICRQTGAKLSIREHETDPNLRNIELEGTFEQIKEASNMVKDLLLTVSMSAPPKSTPGVPGAPAPPGSNFKTKLCENFAKGSCTFGDRCHFAHGAAELRKQGV*

>Vu_28940.2
MMNLKPAAPPSRAVAAPLPVSNGSTPSAVKTRICNKFNTAEGCKFGDKCHFAHGEWELGKPIAPSIDDHRPLGPPSAGRMAGRIEPPPLAGSFGAISTAKISVEASLAGAIIGKGGVNSKQICRQTGAKLSIREHETDPNLRNIELEGTFEQIKEASNMVKDLLLTVSMSAPPKSTPGVPGAPAPPGSNFKTKLCENFAKGSCTFGDRCHFAHGAAELRKQGV*


CDS Sequence:
>Vu_28940.1
ATGGACCTTCGCAAGCGTGGAAGGCCCGAACTCTCCTTCAGCCTCAACGGCGCCGTTAAGAAGACCAAGCAAGACTTGGAGTCCTTATCAGGTGGTGTAGGAAGCAAATCGAAGCCCTGTACCAAGTTTTTTAGCACTGCTGGCTGCCCATTTGGTGAGGGCTGCCATTTCTTGCATTATGTTCCTGGTGGTTATAATGTGGTTGCCCATATGATGAATTTGAAACCTGCTGCTCCTCCTTCAAGAGCTGTTGCTGCACCACTTCCGGTATCTAATGGCTCTACTCCATCTGCTGTTAAAACACGCATATGTAACAAGTTCAATACTGCCGAAGGATGCAAATTTGGTGACAAGTGCCATTTTGCTCACGGTGAATGGGAACTTGGTAAACCTATTGCTCCCTCAATTGATGATCATCGTCCTTTGGGACCTCCATCAGCTGGTCGAATGGCTGGTCGAATTGAGCCTCCTCCCTTGGCTGGGAGCTTTGGTGCCATTTCTACTGCCAAGATCAGTGTAGAAGCTTCTCTGGCAGGAGCTATCATTGGGAAGGGTGGTGTGAACTCAAAGCAGATCTGTCGCCAAACAGGAGCGAAACTTTCAATCCGAGAGCATGAAACTGATCCAAACCTTAGAAACATTGAACTTGAGGGAACATTCGAACAGATAAAGGAGGCAAGTAATATGGTAAAAGATTTACTTTTGACTGTTTCAATGTCTGCCCCTCCCAAATCCACCCCTGGTGTTCCTGGTGCCCCTGCTCCACCTGGAAGCAACTTCAAGACCAAGCTGTGTGAGAATTTTGCAAAAGGGTCTTGCACCTTTGGAGATCGATGCCACTTTGCTCATGGAGCTGCTGAGTTGCGCAAGCAGGGGGTATGA

>Vu_28940.2
ATGATGAATTTGAAACCTGCTGCTCCTCCTTCAAGAGCTGTTGCTGCACCACTTCCGGTATCTAATGGCTCTACTCCATCTGCTGTTAAAACACGCATATGTAACAAGTTCAATACTGCCGAAGGATGCAAATTTGGTGACAAGTGCCATTTTGCTCACGGTGAATGGGAACTTGGTAAACCTATTGCTCCCTCAATTGATGATCATCGTCCTTTGGGACCTCCATCAGCTGGTCGAATGGCTGGTCGAATTGAGCCTCCTCCCTTGGCTGGGAGCTTTGGTGCCATTTCTACTGCCAAGATCAGTGTAGAAGCTTCTCTGGCAGGAGCTATCATTGGGAAGGGTGGTGTGAACTCAAAGCAGATCTGTCGCCAAACAGGAGCGAAACTTTCAATCCGAGAGCATGAAACTGATCCAAACCTTAGAAACATTGAACTTGAGGGAACATTCGAACAGATAAAGGAGGCAAGTAATATGGTAAAAGATTTACTTTTGACTGTTTCAATGTCTGCCCCTCCCAAATCCACCCCTGGTGTTCCTGGTGCCCCTGCTCCACCTGGAAGCAACTTCAAGACCAAGCTGTGTGAGAATTTTGCAAAAGGGTCTTGCACCTTTGGAGATCGATGCCACTTTGCTCATGGAGCTGCTGAGTTGCGCAAGCAGGGGGTATGA


Promoter Sequence:
>Vu_28940::LG8:16320511-16322511(+)
AAACATGATCCGGACACACCGTTAGGATCACTAATAAGCAAAAAGTCTTATAGAAAATTCATACCTCACATACAAGCTAGGATCGCTCACATGCATATATAAACAAGCAAACAAAAAAAGAGAGTAGAAATTAACTTATTTTTTTACAGAAACTGGTTTGCTAGAGTTGAAGACTTCGTCTCAAAGATTATTCAACGATCTTTGATCTTCATATAATGAACAAAGGACTAAAATCTTTAGAGATAGGGTAAAAAGCTCAAAAGAACAAAAGTTTAGAGAAATGATACGATTTTGGATGATGAAATTCATTTATATAAATCCTATTTATATTTAAAATTTTTAATATTAAAATAATCGAGTAGTGTTATTTAAAACATATTATTCTCTTTAAAAAGACACAATTTTCTAAGCTATTACATTTAATGTTTCAAATATATGATTAATTTTTATTTTGAGTGTTAACTTTTTAATTAAATGTTTAATAAATTAAATATTTTAGTGTAAATCGATTATGTTGTGTGCATCATTTTTCTAAGTTGAAACAAGGATCCATGAATTTTAGAAATTTATATGTATTAAGTTACTATGATGAAAAATATATTGATTTTTATGATAAAAAATAGATTGAGGTGACAAGAGAAAAATATAAAGTATTTTAGAGATTAGTTAAAAGAGTCAGCATAATCCTAGAGGAAAACTATAAATAAGTAATTCTTTAGGAACTTAAACTAAAATTTTATAATTTATTAAGAACTCAATTTAAAAAAAATTATCTGTGTTTTCTTTCTTTATTTATTTTTTTCATGATGTTTTTGTTGATTTTGTTGAAATGATAGTTAATATGAGACGTTGATTCACTCTTATATTGTACCAAAAACTATCATTTTAATATTTGAATACACATTTATCATTTGGTAATTAGAATTTAAATTCAGTATTTTTGTTGTAATTTACAAAAGCTAACGATTGACCTTTAATTAGTAATTCCAATTCACGTGATTTTCAATGGTGCTTTGCTTAAGTTTTTGCTTTTTTCGTTTGCACAAGTTGCAAGAAAAAATTGTTGCTTGAAAAATATTTGAAGTCAATACGGAGAGAGAATACTTTGTTCCAAAGTTGATTGAGCATTGAACAAATAGCACATTAATGTTAAAAGAAAAAGAATATGAATTCGAATAATAATTTTTATTAGAACTAGAAATTGACACACTAGATTTGCCAAAAATATATTTTTTCTTTATAATTTCTAAGTTTTCTATTATCTTCAGTATATTGAATAAAATAACGTAAGTATATTTAATTTGAAATCAATATAAACATTAACATATAAAATAGTAAATTTACCACAGTTAATTTAAGTTAAAAAAATAAAATAATGATTAAAATATAAACACTTGTGCGTGATTATAATAACATCTTTATATTATGGAAAATTTAAAAATGTCTGTAGCATTAATTTTATATTAGAAATATTTTAATAATATTCTATATAAAATAAATTTATTAATTAAATTAATTATCACATACAATTTTTATCATTACATGTATATAATTTAAAAAACCGTAATATATATTATAATGCAATACTAAAAAAATTTACCTAAACAAAAGCACTACCATATTATACATTAACAAAATTAATAACACGAAGAAATTGATTTAAGTTTAAGATCACACCACTCTTCCAGCCATAATATTTCATATAGTAACTTTTTTCGACAATAGAAAAATGCAATTTTGATTATGTATGTTATAATTTATCCAAAAGAAAGTGTATATATATATATTCATATTTTAAGGTTAATTATAAATAAAAGTAGGAGTGACGTCATAAATCACACGGGTAATGAAGGTGCGGCAAAAGCAAAAGAACAAAACAGTTAGGGCAACATATGATTGTTTTTATTTTTGATTCCCACCTCAGCGGAATCCAAACCGAACATTTAACTACGTTGAAACCTTTTCTTTTTAAATCCTCTCAGTATTGCCCAAATCTACCA


Gene Sequence:
>Vu_28940(+)
ACTCACCAATTTCAATATATATTTTATTTTATTTATTATTGATATTCTCTTCGCACCACCACCACCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCACCACCCTCTTCTCCAAAACCTCTTTTCCGCCGTTAGTTAGGGTTTTTCCGGATCTCGATCCGTCTCAATGGACCTTCGCAAGCGTGGAAGGCCCGAACTCTCCTTCAGCCTCAACGGCGCCGTTAAGAAGACCAAGCAAGGTTTGCACTCTATCCGTCTCTCTTTGTCTTTCTCTCTATATAACATTCTCTGTTTACTTACTCGGCAATGTCCCGTTTTCCTTCCTTTTGCTTCGTCGTTTTGCCTCTGCTTTTTTTGTCGTTTTTCGTTTTAGGGTTTTAGCTTAGTTACTTGCTTTGTTACAACACTCCTGAAATTCTTGAAAATTCGACCAGCGAAAAGTAAGAGCATATATTACACGTTTTTTGCTCAAACGAAACAGTGGTTACGTGTTTAATGTTCACGGTGTTACATATTTTTTTTTAATTGTTGGTTTGTTAATTATTAGCTTGGGTACAAAATTTGACCTGATTTAATATAATTCAGATATAAGTATTACTCGTAAGTGAGATATATGTGTTTTTGGAGAAAAAATTTAAATGGAGTGTACTGATTTAATAATAACAGTAAAGAACATTAACTGAGAAAACGTAATTAATGTTTTGCAACAGACTTGGAGTCCTTATCAGGTGGTGTAGGAAGCAAATCGAAGCCCTGTACCAAGTTTTTTAGGTTCTAATCTTTCCCATCTAAATGTGTATATCTGAAGTGCATATTTTACATTTTTGTAATGGCGGTGTATGGTAAGAATTAATTGTTTTAGTGATGCTATAAAACTAATCTGTGAATTAACTGGGTTGGTATTGGAAGCTTTTATACAGGTACATACTGTTCTTTGGTCTAATCAAGTTGTAACAGAATAATGGTTTTGGAATGGAGAACAATAAAGATGATAACAATTTGCAGGACGACCGTTGGCAATGGAACATTATACCAAAGATAAATTGATTGTTTTCATTGTTTGAGTTTCCCACGCTTTTTAGTTAGTGTAAATGTTGTTCGTGTTTTTAACAATATCTTTGAAGTTTTTATTGCATGCTATTATTTATGAACACACCTTTCAAATGGTAAGCTATTAATAGACTGATACGGTGCACTTTTGTTACTTGGGTCAGTTACTCTATGTCTAGCTTATGTATAGATGCATTTAAAATTTAGCATCAAGGTTGTGTTATATTTTTCAAGAGACTAATTTGTTTTCAGCTCCTATAAACTTGAACTAGTCAATTGCGTCCTATCTTACATTCTGAGTATATAGTTAGAGGTGAATTTTATTGAGAGGTTGTTTATTTTGAAGTAAACTCACATGATAGTTGTTTTCTAACATCTTTTATTCCTTCTTGCTTGTTAGGGATTTTCTGGATATGTTTTTAGCTGATGACTTCTTTACACTTACATTCTTGATAATGTAAATATGTCAGTAAAAATTTAGTATTATGAAGATTGCAATCCAGCACTATGGTCATGCGAAACTATGATCAAATTCCTCCCAATGAGCACTTTATGGTTGCTGTTGTTGCAATATTTGATGTGGTGGACTAAGGTGGCCACTGTGGTTTCGTATTTCCACAACACCAGGGATTGCAAGAAAACTGCAACCATAATTTAGAACCTTGATTGACAGTGCTCATGGAGGGGAATTTCACTGTAAGGTCTCATCATTATATTTGCTGGATTGCGGTTACAGTAGCCTTAAACCTTGACGATGTGGTTGAAATTGTGTTCATTTAATACTTTGTTGTTCTTAATAGTCAATTCTGTATAATTTCTGTGTTGGATCCTTCCTTGTGAAGTGATCTTTGCAAGGAAATAGTAGCCCAAACTTGATTTTGTTAAGAATTCATACCCAATCATCAATTTCTTTCAGTACGAAACTGATTTTTTTTCAGTCACAAGCCAATCTGTGTAATCTCTATGGTGCTTGTTTATTGTGGTGGTTCTCAGCACTGCTCATTCTTACATTGTTACGCACTTGGTTGTTCTGTGTCTTAATTTCTGTTCTGCTTTTGTTAGTTTTCCCCCATCCCCCTTTCTGAGCTTTTTAGCACTTGACTGAGGAGGTGGATTGAATAAATGATTTCAAAGTAGTAGTGTGCAAGGTCCTAATTAGAAGGGTGCTGTACATAGTGGTGGGGTTGAGCAAACACAGCTCTGTTGCCGAGCTTACTCTTTGGTTTGGGTGTAGGAAATGGAGACTTCAAACTGCCCCGTATAAGTGTAATCTTTTGCTACCATCTGAAATGGGATTTTGTTTTGCCATCCTTTCTTTGGTTTAAAAGCTACTTAGCTTTAGGATAAGTTGGTAGTTGTTATTGCAGCTGATTGTTAAAAGTTACTTCAGTCGCCTTTTTCTACTCTTAAGCTACTTTTTCCCTTCTATATTTTACGGAAAAATGCTCCTTAATTTAGGAGCTTTTCCAAATATGTGTGTCTTAGCTTCTTTTTGAAAAAGAAAAACCAAAACGAAAGTTGGGCCAAACACTACCAAGCTGGTTTGATAACTAGTGAAAATTTTGGTTTGAATCGTAACTTGAAGGGAAGACCAGAGCACACTCCCTAAGCTTTTGATGGAAACTGTATTTTTGTCAAATGTTGTACACACTGTTAAATATTTAAATCGAACGAGACAAGTTCATGAGCTAAAAATTACATTGTGATAAGCATTGATAAATTTTCTCATTAATAATATATTAAACAGACAGACAAGAATAATTCGTTGCTTCAATAAGTCTACTTGTCAATTCCTCGTTTTGCTCTGATACAGTTTGGTCAATATTAGTTTACTTGGTCTCTAAACATGATTGTTATAATATTTTGTGAAAACAAACTAAGTACTTCGAATTTGGTTGACTCGCTTAATATGTTGACATGGTATAAGCAAGATCTGCGATGCTAAAATGCTGACATGGTTGATCCTCTTGAAGTAGCCTTGCTATATCTCTGCCCTGTATCACTGATATCTCCTTGTGTTTGACTGAGTGTTTCACTTTCTTGAACTTAGTGTTGGACATTTGTTGGTTTTCGAAGTTTGAACATAGTTCATGCTTGTCTTTCTAAATAACCCATGATCTTTTACAATGTATACCATGAGTTACTTTTTCACTTGTGCTGTAGAAAACCGGAAATAAAAAGAGAGGCTTGCATTTTATGTAAGAAGTATTGATGTGATGATCTGATTATACCGTGATGCCTTTTGCAGCACTGCTGGCTGCCCATTTGGTGAGGGCTGCCATTTCTTGCATTATGTTCCTGGTGGTTATAATGTGGTTGCCCATATGATGAATTTGAAACCTGCTGCTCCTCCTTCAAGAGCTGTTGCTGCACCACTTCCGGTATCTAATGGCTCTACTCCATCTGCTGTTAAAACACGCATATGTAACAAGTTCAATACTGCCGAAGGATGCAAATTTGGTGACAAGTGCCATTTTGCTCACGGTGAATGGGAACTTGGTAAACCTATTGCTCCCTCAATTGATGATCATCGTCCTTTGGGACCTCCATCAGCTGGTCGAATGGCTGGTCGAATTGAGCCTCCTCCCTTGGCTGGGAGCTTTGGTGCCATTTCTACTGCCAAGATCAGTGTAGAAGCTTCTCTGGCAGGAGCTATCATTGGGAAGGGTGGTGTGAACTCAAAGCAGATCTGTCGCCAAACAGGAGCGAAACTTTCAATCCGAGAGCATGAAACTGATCCAAACCTTAGAAACATTGAACTTGAGGGAACATTCGAACAGATAAAGGAGGCAAGTAATATGGTAAAAGATTTACTTTTGACTGTTTCAATGTCTGCCCCTCCCAAATCCACCCCTGGTGTTCCTGGTGCCCCTGCTCCACCTGGAAGCAACTTCAAGACCAAGCTGTGTGAGAATTTTGCAAAAGGGTCTTGCACCTTTGGAGATCGATGCCACTTTGCTCATGGAGCTGCTGAGTTGCGCAAGCAGGGGGTATGATTTTGTTTTTCGATCTTGTATTAGCCAGTTCTATTATTATCATTATTGCAGTTGATGTTGTTGTGCATTGTTACTTAGTGGTACTCACATTAATTTTCCTGTTATAGTTTTCCCGTACTAAGTTAATTTTTAAATCATCTTTTTTGCGGTTGCAAAAATGAGTATCC