Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_36066 LG11 11308363 11311376 PREDICTED: scarecrow-like protein 6
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 11308428 3_prime_UTR_variant
G/T 11308592 3_prime_UTR_variant
G/T 11309178 missense_variant p.Ser551Tyr
G/C 11309309 synonymous_variant p.Ala507Ala
A/T 11309551 missense_variant p.Phe427Ile
T/A 11309593 stop_gained p.Lys413*
G/T 11310024 missense_variant p.Pro269His
G/A 11310062 synonymous_variant p.Phe256Phe
C/G 11310278 synonymous_variant p.Gly184Gly
C/T 11310295 missense_variant p.Ala179Thr
G/A 11310748 synonymous_variant p.Leu28Leu
C/A 11310923 5_prime_UTR_variant
G/T 11310946 5_prime_UTR_variant
C/T,* 11310962 5_prime_UTR_variant
G/A 11310969 5_prime_UTR_variant
T/C 11311023 5_prime_UTR_variant
C/T 11311029 5_prime_UTR_variant
A/T 11311202 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_36066.1
MKAMPLPFEEFQGKGVLDFSSASDSFSLLLHHPQPKWTIDKEDYCYVGSTEPTSVLDSRRSPSPPTSSSTMSSSLGSNSTSKGGSGTSATTTTTTGAAAPTPSDNNNPPPDSSPEKCGIRMDDWEGQDQSILRLIMGDVEDPSAGLSKLLQSTACGSQSVDFNAGFGVVDQGLNMVSGAIDPSGNYPAGFPFIAENIDAHNGKPGSVAGQVSESVVFSANNPLMVSPSVSPGVFTSQQQHEFGVVDEKPQVINPQFMLNQNQVQFSENPSFFVPLMYPQVQEQQVFPQHQAKRPLFDTIGHNYQAPRLPLLDSGQEVFGRRQQTQLPLFPHHMQQQQHQHQSIVMPSAKQQKVSSAGDDASHQLQQAIFDQLYKTAELIEAGNPVHAQGILARLNHQLSPIGKPFQRAAFYMKEALMSLLHSNAHSFMAFSPISFIFKIGAYKSFSEISPVLQFANFTCNQALIEAVERFDRIHVIDFDIGFGVQWSSFMQEIALRSSAAPSLKVTAIVSPSTCDEVELNFTKENLMQYAKDINVSFEFSVLNIESLHSPSSPLLGQFFDNEAIAVNMPVSSFTNNPSLFPSALHFVKQLRPKVVVTLDRICDRIDVSLPTNAVHVLQCYSALLDSLDAVNVNLDVLQKIERHFIQPAIKKIILGHHHSQEKLPPWRNLFLQSGFSPFTFSNFTEAQAECLVQRAPVRGFHVERKPSSLVLCWQRKELISVSTWRC*


CDS Sequence:
>Vu_36066.1
ATGAAGGCCATGCCCTTGCCTTTTGAGGAATTTCAAGGGAAGGGAGTGTTGGATTTCTCTTCGGCCTCAGATTCATTTTCACTGCTTTTGCATCATCCACAACCAAAGTGGACCATAGACAAAGAGGATTATTGCTATGTGGGCAGCACTGAGCCCACCTCAGTTCTTGACTCCAGAAGAAGCCCAAGCCCTCCCACTTCCTCCTCTACAATGTCCTCTTCTCTTGGCAGCAACAGCACCAGCAAGGGTGGCAGTGGCACTTCAGCCACCACCACTACCACCACTGGTGCTGCAGCCCCTACGCCCTCTGACAACAACAACCCTCCTCCGGATTCCAGCCCTGAAAAATGTGGCATCAGGATGGATGACTGGGAGGGTCAAGATCAATCCATTCTCAGGCTAATCATGGGCGATGTTGAAGACCCTTCTGCTGGATTGAGCAAGCTTTTGCAAAGCACTGCCTGTGGTTCTCAAAGTGTTGATTTCAATGCAGGCTTCGGTGTTGTGGATCAAGGGTTGAATATGGTGAGTGGTGCTATTGACCCTTCTGGGAATTACCCTGCTGGTTTCCCTTTCATTGCTGAGAATATTGATGCCCACAATGGCAAGCCTGGTTCTGTGGCTGGCCAGGTTTCAGAATCTGTTGTTTTCTCTGCCAATAATCCTCTTATGGTGTCACCATCTGTGTCTCCTGGTGTGTTCACTTCTCAGCAGCAGCATGAATTTGGAGTGGTGGATGAGAAGCCTCAGGTCATCAACCCCCAGTTCATGTTAAACCAGAACCAAGTTCAGTTCTCAGAGAACCCTTCTTTCTTTGTGCCATTGATGTATCCCCAGGTTCAGGAGCAGCAGGTTTTCCCTCAGCATCAAGCAAAACGCCCTCTCTTTGACACAATTGGGCACAATTATCAGGCTCCAAGGTTGCCCCTTTTGGATTCGGGGCAAGAGGTGTTTGGCAGGAGGCAGCAAACACAGCTTCCATTATTTCCTCACCATATGCAACAGCAACAACATCAACATCAATCAATTGTTATGCCATCTGCTAAACAGCAGAAGGTGAGTTCCGCCGGAGACGATGCAAGCCACCAGCTTCAGCAGGCTATATTTGATCAGTTATACAAAACTGCTGAGCTGATAGAAGCTGGTAATCCGGTTCATGCGCAAGGGATATTGGCGCGGCTCAATCACCAGCTCTCCCCAATTGGTAAGCCTTTTCAGAGGGCTGCTTTCTATATGAAGGAGGCCTTGATGTCACTGCTTCATTCAAATGCTCACTCTTTCATGGCTTTCTCACCAATCAGTTTCATATTCAAAATTGGAGCTTACAAGTCCTTTTCTGAGATATCACCTGTTCTTCAGTTTGCAAACTTTACTTGTAACCAAGCCCTTATTGAAGCTGTAGAAAGGTTCGACCGAATTCATGTCATTGATTTTGATATTGGGTTTGGAGTGCAGTGGTCATCTTTCATGCAAGAAATTGCCTTGAGAAGCAGTGCTGCACCTTCCCTCAAAGTCACTGCCATTGTGTCACCCTCCACTTGTGATGAGGTTGAACTCAATTTTACTAAAGAAAATTTGATGCAATACGCGAAGGACATCAACGTGTCTTTTGAGTTCAGTGTTCTGAACATTGAATCTTTGCACTCTCCTTCTTCTCCACTGCTTGGCCAATTCTTTGACAATGAGGCTATTGCTGTGAACATGCCAGTTTCAAGTTTCACAAACAATCCATCACTGTTCCCTTCAGCTCTTCACTTTGTAAAGCAGCTCAGGCCAAAGGTTGTGGTCACATTGGATAGAATTTGTGATCGAATTGACGTGTCACTTCCCACAAATGCAGTCCACGTTCTCCAATGTTATTCAGCGTTGCTGGACTCTCTGGACGCTGTGAATGTGAATCTTGATGTTCTTCAAAAGATTGAGAGGCATTTCATTCAACCAGCCATCAAGAAAATCATTCTTGGCCACCACCATTCTCAAGAGAAACTCCCTCCATGGAGGAACCTCTTTCTACAATCTGGATTTTCTCCATTCACATTCAGCAACTTCACTGAAGCTCAAGCTGAGTGTTTAGTTCAGAGGGCACCTGTGAGGGGATTTCACGTGGAAAGAAAGCCTTCATCTCTTGTTCTATGCTGGCAGAGGAAAGAACTCATCTCAGTCTCTACTTGGAGATGCTGA


Promoter Sequence:
>Vu_36066::LG11:11311376-11313376(-)
ATAAAATATTATTTATAAATTTAAACTATGTTTAAATACATTGTAAATCGAACTTTTATTAAGAAAATGAAATTTCAAGAAAAATAGTTAAAAACAACGAAAACACTCTTACAAACGACATCTATAAATAACCTTTTTTTTTCTATGAAAACGACGTCTAAATTCCAATTGTATTTTTATACACATATCTCTTTGTCTTTATGTAATGTAAATCAATCTCAAATTATAACTAAAATTTGTCGCTTTTTGTGTTATAATAGTTTGCAGGCCTAGTGTATACTACACTTTAGAAGTTTACATATATTAATATTTAATTTATTTAGAACTTAAATGTTTTAAATATTTTTTTCATTCATTATTAAAAGTCTTATATATTTAAAAATATTATACTCCCTCCATAAATGCAAAAGAATACATATTATTGAGTTGAATTAGTCATTTGTCGTAACCCAAGTATTGAGTAAATGCTAAATAAAATATTGTATAATGTGATAGATTATTATATCCTTTAGAAAAAATCTATTTGCAAATATATACTTATTTTAATTTGAAATAATAGTTGAGATTAATTAGAAAGAAAAAAAAATTGAGGTATATATATATATATATAAGTATAGATGATGCTGAAAGTATTAATAAAAATAATAATAAAGTCAGGTATAAACAAAGACGTAATTTTTCTCTCCATTGTCACATGTGAAGTTTTTTCTTCTCTTCTATTTTTTTTCACGTATATCTAAATCACATAAATTTAATACTATAATTTAAAAACAAAGGAAATTAATTGTTTTTTTTCCTTTGGTAAGTCTTATTCTTACCGTATTCTTCACATTACTTTTATGCCAAATAATATTTCAAATGTACTCTTAAATATATTATTTGGTTAAAGATTATAATCAATCAACTTTCTTTAATCCATTTAGATGAATTGAAGACATATTAGGATGAGTTATCTGTTAACCCGTCTTTTTTCAAAATTAAAATTAAAAATAATTTAATATCTAAATTAGTTTATATTATATTAATTTAAATATATGATAAAATTGTAATTCAAATATTTAAAAATATGTTTACAAATAAATATACTTTTAATATATAAAAAATTTAAATAAAACATGGAGAAACGATCCACTATTGAAAGGATAAGTCAAAATTTCCAAGTCGTTTTAATATAATGGACTAACCCATCCATTCCCTTTTTATTGAACCAATGGGTCAAACTTACCTATTTTATCAATTTCAAAAAAAATATCTAAAAATAGAAAAGATATAAAGAAAAAGTGTTATATAATAGTAATTTAAATCAATATAATAAATTTTAAAAGTTGTAAACACTATAAATTCTCTCTTAAATAGCCGTTTTATACTTAGATATGTTAATACATACAATTAGTATATTTAAAATTAGAATATAACATGATTATTACGTATCTGTCTTCAGCTTTGATATATTGTTTAAAATATTTAAATTCAACATAAAATAAATTTAAGTCTATCACATAAAAACAAGATACGAAAGAGAAAAAAATTTAAAATTTATAAAAAAGTGAAAAAATGCCAATTTTAATAATTACTTAGAGGAGAGAATGGGATATAAAAAATATTGTTTTATACATATTACGAAGTAAATAAAAAGTAATATGCATAAAAAAAGAATATATATATATTCTTATATATAATTAATTTATAATAATAAATAATAATTTATAATTTAATATTGGTGTAACGTGTAAAGCTGTTTATTTTAAATATCAAACAAAAATAAAATAAAATAAAATACGGTTATTAGATATACATTCGCAAGTGAATTCACGCGCTGGGTGTGTGAGAGTGGAGGAAACTAAGGGAGGCGACAGCAACCCTACCAACCAGAGGGGAAAACTACGTATGCAGACAAGCTGCACAAAATAAATAAATAAATTAATTATTTTTTTTTAAAAAAAAAAGCAGACACAGTGAGAGAGAATGCACTTTACCACTTTTATACGCTGCACGCATCT


Gene Sequence:
>Vu_36066(-)
ACCTTACAAAACACAAGCAACAAAGAGTGTTCCACACAGAAACACACACAACACAACCCACAAAGAATCACATTCATCCATGGCTTTCTTCCCTTACACCTTCAACTCTTTCAATCTTAATATGCCAAACAACAACCACAGAGAACAAAAATACAAGCTTTATGATTAGGGCTATCCAACTTTTCTTTGTTTTTCTCTCCACACTCTATGTGTTTGTTCAGTGTTCCCCAGAGGTTTCTGATATCCCAAAAACAAAACAAATCCACCCCTTTTACTTCTTTCACCACAAAATTTCTTCTTTTCTTTTCTGGCCGTTCTTCATTTGGGGGGTTTAAATTTTAATTTTGGTTTTAATTTAAATTTTCTTAATTTGCAATCCTGGTTTGTATTTTTCTAGATTTGTAGCCCAAAAAAGTTCTTGCTTTCAAATCAGTTGTTCTGGGTGGGCTGTGGGGAACAAAGGTGATACCTTTTGGAAAACTGGAGTCTTTTGGGTGGTTGGTTTTGTGGTCACCATTATTGTTCTTCCCCTTGGCAACTTTCTTAGATGAAGGCCATGCCCTTGCCTTTTGAGGAATTTCAAGGGAAGGGAGTGTTGGATTTCTCTTCGGCCTCAGATTCATTTTCACTGCTTTTGCATCATCCACAACCAAAGTGGACCATAGACAAAGAGGATTATTGCTATGTGGGCAGCACTGAGCCCACCTCAGTTCTTGACTCCAGAAGAAGCCCAAGCCCTCCCACTTCCTCCTCTACAATGTCCTCTTCTCTTGGCAGCAACAGCACCAGCAAGGGTGGCAGTGGCACTTCAGCCACCACCACTACCACCACTGGTGCTGCAGCCCCTACGCCCTCTGACAACAACAACCCTCCTCCGGATTCCAGCCCTGAAAAATGTGGCATCAGGATGGATGACTGGGAGGGTCAAGATCAATCCATTCTCAGGCTAATCATGGGCGATGTTGAAGACCCTTCTGCTGGATTGAGCAAGCTTTTGCAAAGCACTGCCTGTGGTTCTCAAAGTGTTGATTTCAATGCAGGCTTCGGTGTTGTGGATCAAGGGTTGAATATGGTGAGTGGTGCTATTGACCCTTCTGGGAATTACCCTGCTGGTTTCCCTTTCATTGCTGAGAATATTGATGCCCACAATGGCAAGCCTGGTTCTGTGGCTGGCCAGGTTTCAGAATCTGTTGTTTTCTCTGCCAATAATCCTCTTATGGTGTCACCATCTGTGTCTCCTGGTGTGTTCACTTCTCAGCAGCAGCATGAATTTGGAGTGGTGGATGAGAAGCCTCAGGTCATCAACCCCCAGTTCATGTTAAACCAGAACCAAGTTCAGTTCTCAGAGAACCCTTCTTTCTTTGTGCCATTGATGTATCCCCAGGTTCAGGAGCAGCAGGTTTTCCCTCAGCATCAAGCAAAACGCCCTCTCTTTGACACAATTGGGCACAATTATCAGGCTCCAAGGTTGCCCCTTTTGGATTCGGGGCAAGAGGTGTTTGGCAGGAGGCAGCAAACACAGCTTCCATTATTTCCTCACCATATGCAACAGCAACAACATCAACATCAATCAATTGTTATGCCATCTGCTAAACAGCAGAAGGTGAGTTCCGCCGGAGACGATGCAAGCCACCAGCTTCAGCAGGCTATATTTGATCAGTTATACAAAACTGCTGAGCTGATAGAAGCTGGTAATCCGGTTCATGCGCAAGGGATATTGGCGCGGCTCAATCACCAGCTCTCCCCAATTGGTAAGCCTTTTCAGAGGGCTGCTTTCTATATGAAGGAGGCCTTGATGTCACTGCTTCATTCAAATGCTCACTCTTTCATGGCTTTCTCACCAATCAGTTTCATATTCAAAATTGGAGCTTACAAGTCCTTTTCTGAGATATCACCTGTTCTTCAGTTTGCAAACTTTACTTGTAACCAAGCCCTTATTGAAGCTGTAGAAAGGTTCGACCGAATTCATGTCATTGATTTTGATATTGGGTTTGGAGTGCAGTGGTCATCTTTCATGCAAGAAATTGCCTTGAGAAGCAGTGCTGCACCTTCCCTCAAAGTCACTGCCATTGTGTCACCCTCCACTTGTGATGAGGTTGAACTCAATTTTACTAAAGAAAATTTGATGCAATACGCGAAGGACATCAACGTGTCTTTTGAGTTCAGTGTTCTGAACATTGAATCTTTGCACTCTCCTTCTTCTCCACTGCTTGGCCAATTCTTTGACAATGAGGCTATTGCTGTGAACATGCCAGTTTCAAGTTTCACAAACAATCCATCACTGTTCCCTTCAGCTCTTCACTTTGTAAAGCAGCTCAGGCCAAAGGTTGTGGTCACATTGGATAGAATTTGTGATCGAATTGACGTGTCACTTCCCACAAATGCAGTCCACGTTCTCCAATGTTATTCAGCGTTGCTGGACTCTCTGGACGCTGTGAATGTGAATCTTGATGTTCTTCAAAAGATTGAGAGGCATTTCATTCAACCAGCCATCAAGAAAATCATTCTTGGCCACCACCATTCTCAAGAGAAACTCCCTCCATGGAGGAACCTCTTTCTACAATCTGGATTTTCTCCATTCACATTCAGCAACTTCACTGAAGCTCAAGCTGAGTGTTTAGTTCAGAGGGCACCTGTGAGGGGATTTCACGTGGAAAGAAAGCCTTCATCTCTTGTTCTATGCTGGCAGAGGAAAGAACTCATCTCAGTCTCTACTTGGAGATGCTGAGCAGCAGCAGAATCTAATTACCTTATATTTTTAAAGGTGCATGGTAACTTACATTGCAGTTTATGTAATTGTTTGTGTAATTTAGGCTTATTTATGAGATCCACACCCAAATGTTTTCTTAACTGCATGGGTTTGGAATCTACCGTTATATAGTTCTATGATTACTAGTATTCCACTTTTAATATGAGTAGTAATTATGCCTTTCCCATCAATATAGATGGGTAACTGTTTCTTTGTTATCTTGAAAACAAAGCAAATTGCTTAGTAAGAAAGGAACATTTTAGCC